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therascreen GIST RapidScreen Pyro Kit

Pour la détection quantitative de mutations des gènes humains KIT et PDGFRA
  • Résultats fiables et cliniquement pertinents sur le statut de la mutation en quelques heures
  • Détection de l’insertion au niveau de l’exon 9 du KIT liée au dosage de l’imatinib (4)
  • Détection de l’insertion au niveau de l’exon 18 du PDGFRA liée à une résistance à l’imatinib (4) 
  • Développé en association avec le centre de référence GIST du CIO à Cologne en Allemagne
Le kit therascreen GIST RapidScreen Pyro Kit est un kit de détection moléculaire destiné à la détection quantitative rapide des mutations dans les gènes humains KIT et PDGFRA. Ce kit inclut les enzymes, les amorces et les réactifs pour l’amplification des gènes, ainsi que les tampons, amorces et réactifs pour la détection et la quantification des mutations en temps réel via la technologie de pyroséquençage (Pyrosequencing) sur le système PyroMark Q24. (4)
Cat No./ID: 971510
therascreen GIST RapidScreen Pyro Kit (24) CE
Pour 24 réactions sur les systèmes PyroMark Q24 : amorces Seq, amorces de PCR, ADN de contrôle non méthylé, Master Mix PCR PyroMark, CoralLoad concentré, tampon de liaison PyroMark, tampon d’hybridation PyroMark, solution de dénaturation PyroMark, tampon de lavage PyroMark, mélange d’enzyme, mélange de substrat, dATPαS, dCTP, dGTP, dTTP et H2O 

Le therascreen GIST RapidScreen Pyro Kit est destiné à un usage de diagnostic in vitro en Europe.


Le site web n’est pas disponible en français dans son intégralité. Son contenu est international et peut aller à l’encontre des règlementations locales.
Performance
La limite du blanc (LoB) et la limite de détection (LoD) ont été déterminées pour un certain nombre de mutations à l’aide de mélanges de plasmides (voir le tableau « LoB et LoD déterminées pour des mutations spécifiques »). Les LoB et LoD ont été déterminées conformément aux recommandations du protocole EP17A du CLSI (Clinical and Laboratory Standards Institute) « Protocol for determination of limits of detection and limits of quantitation; approved guideline ». Les erreurs alpha et bêta (respectivement faux positif et faux négatif) ont été définies à 5 %. La LoD de certaines délétions rares au niveau de l’exon 18 du gène PDGFRA a été déterminée en ajoutant 3 écarts-types de mesures de blanc à la valeur de LoB. Les valeurs de la LoD ont été définies au moins à 3 unités de % au-dessus de la valeur de LoB. Les valeurs de la LoB représentent la fréquence mesurée obtenue avec un échantillon de type sauvage. Les valeurs de la LoD représentent le signal le plus bas (fréquence mesurée) qui peut être considéré comme positif pour la mutation correspondante. (4)
LoB et LoD déterminées pour des mutations spécifiques
Substitution d’acide nucléique  Substitution d’acide aminé  LoB (unités de %)  LoD (unités de %) ID COSMIC* (V58)
Exon 9 du gène KIT      
1509_1510insGCCTAT  Y503_F504insAY  1,9  4,9 1 326
 Exon 18 du gène PDGFRA        
 2525A>T    D842V  0,6  3,6  736
 2524G>T  D842Y  0,6  3,6  12 396
 2524_2535 del12 ou 526_2537 del12  D842_H845del ou  I843_D846del  2,2  5,2  737 ou 96 892
 2527_2538 del12   I843_D846del†  3,0  5,0  12 400
 2528_2539 del12   I843_S847>T  4,2  7,2  12 407
 2530_2541 del12    M844_S847del  3,2  6,2§  12 402
 2524_2532 del9  D842_M844del  1,5  4,5  12 401
 2524_2526 delGAC   D842del  0,9  3,9§  12 406
 2526_2538 >G¶   D842_D846>E  0,3  3,3§  12 408
 2524_2526 GAC>TAT  D842Y  0,9  3,9§  12 397
* Catalogue des mutations somatiques associées au cancer (Catalogue of Somatic Mutations in Cancer), disponible en ligne sur le site du Sanger Institute à l’adresse www.sanger.ac.uk/genetics/CGP/cosmic. Les mutations 2524G>T et 2524_2526 GAC>TAT, et 2526_2537del12 et 2527_2538 del12, respectivement, engendrent le même changement d’acide aminé. Les mutations 2524_2535del12 et 2526_2537del12 engendrent le même changement d’acide nucléique.§ La LoD de certaines délétions rares au niveau de l’exon 18 du gène PDGFRA a été déterminée en ajoutant 3 écarts-types de mesures de blanc à la valeur de LoB. La mutation 2526_2538 >G ne peut pas être analysée avec l’analyse de quantification des allèles dans le logiciel PyroMark Q24. (4)
Voir le kit du manuel pour obtenir davantage de données sur les performances du kit.
Principle
Le kit therascreen GIST RapidScreen Pyro est utilisé pour les mesures quantitatives de mutations de l’exon 9 du gène KIT et de l’exon 18 du gène PDGFRA. La détection de mutations au niveau de l’exon 9 du gène KIT permet de définir l’utilisation d’une dose d’imatinib appropriée. La détection de mutations au niveau de l’exon 18 du gène PDGFRA contribue à exclure les génotypes moins sensibles ou résistants (1–3). Le kit contient 2 tests : le premier pour la détection des mutations au niveau de l’exon 9 du gène KIT et le second pour la détection des mutations au niveau de l’exon 18 du gène PDGFRA. Les deux régions sont amplifiées séparément par PCR et séquencées dans la région définie. Les séquences entourant les positions définies servent de valeurs maximales de normalisation et de référence pour l’évaluation quantitative et qualitative de l’analyse. Le produit contient un mélange d’amorce PCR et une amorce de séquence pour chaque test. Les amorces sont livrées en solution. Chaque tube contient 32 µl de chaque amorce ou mélange d’amorce.
Références
  1. The ESMO/European Sarcoma Network Working Group (2012) Gastrointestinal stromal tumors: ESMO clinical practice guidelines for diagnosis, treatment and follow-up. Ann. Oncol. 23 (Supplement 7), vii49.
  2. Gastrointestinal Stromal Tumor Meta-Analysis Group (MetaGIST) (2010) Comparison of two doses of imatinib for the treatment of unresectable or metastatic gastrointestinal stromal tumors: A meta-analysis of 1,640 patients. J. Clin. Oncol. 28, 1247.
  3. Joensuu, H. (2006) Gastrointestinal stromal tumor (GIST). Ann. Oncol. 17 (Supplement 10), x280.
  4. Manuel du kit therascreen GIST RapidScreen Pyro. Version 1, révision 1, Mai 2013.
Procedure
Après la PCR à l’aide des amorces ciblant l’exon 9 du gène KIT et l’exon 18 du gène PDGFRA, les amplicons sont immobilisés sur des billes de sépharose recouvertes de streptavidine (Streptavidin Sepharose High Performance). L’ADN simple brin est préparé et les amorces de séquence correspondantes s’hybrident avec l’ADN. Les échantillons sont ensuite analysés sur PyroMark Q24 à l’aide de fichiers de configuration du test et d’un fichier d’analyse. Il est recommandé d’utiliser le GIST RapidScreen Plug-in Report pour analyser le test. Il est possible d’obtenir le GIST RapidScreen Plug-in Report par e-mail en écrivant à l’adresse pyro.plugin@qiagen.com. Toutefois, le test peut également être analysé à l’aide de l’outil d’analyse intégré au système PyroMark Q24. La fonction « Sequence to Analyze » (séquence à analyser) peut être ajustée afin de détecter les mutations rares après l’analyse. (4)
Applications
Le kit therascreen GIST RapidScreen Pyro Kit est un test in vitro de détection fondé sur les séquences d’acide nucléique et la technologie du Pyrosequencing ou pyroséquençage, pour la détection quantitative des mutations au niveau de l’exon 9 du gène KIT humain et de l’exon 18 du gène PDGFRA humain dans l’ADN génomique provenant d’échantillons de tissu humain. Le kit therascreen GIST RapidScreen Pyro vise à fournir aux cliniciens des informations pour les aider dans l’orientation du traitement de patients atteints de tumeurs stromales gastro-intestinales (GIST) les plus susceptibles de bénéficier de médicaments agissant sur les voies de signalisation, tels que l’imatinib. Utilisation prévue pour le diagnostic in vitro. Ce produit n’est pas destiné à être utilisé avec des échantillons de tissus pulmonaires. (4)

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Protocol Files (1)
Version 1.2.0.2
For use with PyroMark Q24 Software version 2.0.7
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Software User Guides (1)

For installation and use with PyroMark Q24 Instruments and PyroMark Q24 Software version 2.0


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