QIAamp DNA FFPE Advanced Kit – FFPE Tissue DNA Extraction

• Récupération d’ADN amplifiable élevée
• Élimination de paraffine sans xylène ou solvants similaires
• Uracile (cytosine désaminée) – élimination d’artéfacts à l’aide d’uracile-N-glycosylase (UNG) lors de l’extraction de l’ADN
• ADN prêt à l’emploi pour PCR, PCR numérique (dPCR) et séquençage à haut débit (NGS)

Augmentez votre récupération d’ADN de haute qualité des tissus FFPE grâce aux QIAamp DNA FFPE Advanced Kits : un protocole de déparaffinage à double lyse sans xylène ni lavage, et une technologie de colonne de centrifugation UCP (production ultrapropre).

Supprimez les transitions C→U des acides nucléiques avec la digestion UNG facultative des kits afin d’optimiser l’ADN récupéré pour l’analyse NGS.

Vous pouvez également automatiser les protocoles de QIAamp DNA FFPE Advanced sur le QIAcube Connect.>

Une des particularités de la quantification d’ADN FFPE est que les résultats obtenus par différentes méthodes seront différents, et que des valeurs élevées en UV-vis ou en fluorimétrie ne sont pas un indicateur fiable de bonnes performances en PCR.

Parce que la real-time PCR, ou la PCR quantitative (qPCR), est l’une des applications en aval les plus courantes pour les FFPE, les QIAamp DNA FFPE Advanced Kits ont été spécialement conçus pour la qPCR.

Sans tenir compte des valeurs obtenues par UV-vis ou fluorimétrie, les QIAamp DNA FFPE Advanced Kits ont montré invariablement de meilleures performances de PCR en quantification qPCR que les autres produits testés (voir la figure «  Optimisé pour les performances de la PCR »).

Le QIAamp DNA FFPE Advanced UNG Kit est également adapté pour la purification d’ADN destiné à une analyse NGS, car il résout le problème des transitions artificielles C→T/G→A, fréquentes dans les échantillons FFPE en raison de la désamination de la cytosine (voir «  Transitions artificielles C→T/G→A »).

Grâce à une digestion d’uracile UNG lors de l’isolement de l’ADN, le protocole QIAamp DNA FFPE Advanced UNG réduit les faux positifs de variants nucléotidiques simples (SNV) en NGS (voir la figure «  Importante réduction des transitions artéfactuelles C→T | G→A »).

Il existe trois défis majeurs lors de la préparation d’ADN à partir de tissus FFPE :

• Les rendements bas dus à un matériel de base limité et un ADN compromis
• Un ADN non amplifiable dû à des nœuds de réticulation causés par la formaline
• Les artéfacts de cytosine désaminée qui peuvent causer de faux résultats lors des analyses mutationnelles par NGS

Les QIAamp DNA FFPE Advanced Kits optimisent les rendements d’ADN d’un échantillon de départ limité par deux moyens :

• En implémentant une procédure de lyse en deux étapes, ce qui assure une haute extraction de l’ADN même à partir des échantillons les plus difficiles à lyser
• En optant pour une solution de déparaffinage (Deparaffinization Solution) plutôt que pour l’élimination de paraffine à base de solvant, ce qui évite toutes les étapes de lavage avant la lyse initiale et permet de réduire considérablement le risque de perdre le matériel rare de l’échantillon

L’élimination de tout nœud de réticulation augmente davantage la récupération d’ADN amplifiable (voir la figure «  Optimisé pour les performances de la PCR »).

L’étape facultative de traitement UNG avant la seconde lyse élimine les artéfacts de cytosine désaminée, ce qui rend l’ADN particulièrement adapté à l’analyse NGS (voir le tableau «  Amorcé pour le NGS », en plus des figures «  Résultats dPCR et NGS fiables » et «  Importante réduction des transitions artéfactuelles C→T | G→A »).

La procédure QIAamp DNA FFPE Advanced consiste en une étape simplifiée de déparaffinage, deux étapes de lyse avec une étape intermédiaire de déréticulation et une étape facultative d’élimination des artéfacts. Elle comprend également les étapes standard de liaison-lavage-élution (voir la figure «  Flux de travail QIAamp DNA FFPE Advanced »).

L’ADN issu de tissus FFPE à l’aide des QIAamp DNA FFPE Advanced Kits peut être utilisé immédiatement pour les PCR, dPCR ou NGS ou bien être conservé à une température comprise entre −30 et −15 °C.