Microbiome, Foundation, Sample technologies

Méthode d’analyse microbienne ou d’étude du microbiome

Produits et méthodes d’analyse microbienne et de l’étude du microbiome

Les outils indispensables pour vos recherches sur le microbiome, du début à la fin

Du prélèvement à l’analyse approfondie, nous proposons des produits adaptés à l’ensemble de vos analyses microbiennes et études du microbiome. Finis les protocoles de fortune : nous disposons de kits, d’instruments et de logiciels conçus pour fonctionner en parfaite harmonie. Découvrez les outils dont vous avez besoin dans le graphique interactif ci-dessous.

Trouvez rapidement les outils, les kits et les produits de laboratoire qu’il vous faut

Qu’il s’agisse de prélèvement d’échantillons, d’extraction d’ARN ou d’ADN, de dPCR, de NGS ou d’analyse des données numériques, découvrez les produits spécialement conçus pour vos recherches sur le microbiome humain, l’identification et la détection microbienne ou les analyses agricoles et alimentaires.

Stabilisation d’échantillons

Lors du prélèvement d’un échantillon de selles, les acides nucléiques et les microbes à l’intérieur réagissent à toute variation de la teneur en oxygène ou en eau ainsi qu’à la température. Ceci, plus un temps de stockage important avant l’extraction des acides nucléiques, peut conduire à l’augmentation et à la chute de certaines espèces et changer la composition microbienne.

Par conséquent, pour obtenir les informations les plus précises sur votre échantillon, la stabilisation de ses microbes et de leurs acides nucléiques est une étape cruciale. Nos solutions de protection ADN/ARN maintiennent vos échantillons intacts et préservent l’intégrité microbienne.

Perturbation des échantillons

Les échantillons microbiens contiennent souvent des mélanges complexes de microbes, avec leurs solides parois cellulaires et leurs produits métaboliques, ainsi que d’autres molécules biotiques et abiotiques. Tous ces composants peuvent être différents polymères extracellulaires et donc très divers. Cette complexité et cette robustesse rendent la lyse des échantillons microbiens plutôt difficile.

Pour assurer une perturbation efficace, l’homogénéisation mécanique est cruciale et évite l’introduction de biais dans la méthode d’analyse

Échantillons microbiens sur des plaques à 96 puits

Comment lyser des échantillons difficiles sur une plaque à 96 puits ? Comment retirer les billes excédentaires et sceller les plaques pour éviter les fuites et la contamination croisée ? Regardez la vidéo pour le découvrir.

Les plaques PowerBead Pro font partie de la nouvelle technologie du kit Pro de QIAGEN. Avec un processus amélioré d’homogénéisation par billes (« bead-beating ») pour le TissueLyser II, elles fournissent un haut débit et un moyen efficace pour lyser les bactéries et les champignons. Pour isoler l’ADN génomique microbien de tous les types de sol et de selles, elles sont comprises dans le DNeasy 96 PowerSoil Pro Kit.

Échantillons de microbiome humain

Human biomedical research, Microbiome, Foundation, Sample Technologies

Les échantillons provenant de différentes sources présentent des défis uniques liés à leurs compositions physiques, chimiques et microbiennes ainsi qu’à leurs substances. C’est pourquoi nos kits de préparation des échantillons pour la recherche biomédicale ont une optimisation spécifique au type d’échantillon, tel que les intestins, les selles, les écouvillons et plus encore.

En outre, l’Inhibitor Removal Technology® (IRT) brevetée permet d’éliminer les inhibiteurs pendant le processus de purification. Il en résulte des rendements élevés en acides nucléiques purs, prêts à l’emploi, même dans les applications en aval exigeantes.

Télécharger le guide

Préparation des échantillons de microbiome humain – points forts

Échantillons environnementaux

A woman interested in marine biology studies a jar containing a rock pool sample, Environmental and agricultural research, Microbiome, Foundation, Sample Technologies

Les échantillons prélevés dans l’environnement contiennent souvent des mélanges complexes de matières inorganiques et organiques, comme des matières végétales, des insectes, des excréments d’animaux ou des microbes. Cela rend les échantillons microbiens environnementaux exceptionnellement difficiles à lyser et à traiter.

Pour obtenir des informations fiables, nos kits de préparation d’échantillons pour la recherche environnementale et agronomique ont une optimisation spécifique au type d’échantillon, tel que sol, biofilm, eau (déchets), plantes et plus.

Télécharger le guide

Préparation des échantillons en recherche environnementale et agronomique – points forts

Moins de temps de travail avec les systèmes automatisés de préparation des échantillons

La préparation des échantillons joue un rôle important dans la réussite et la reproductibilité de chaque méthode d’analyse microbienne. Lorsque différents utilisateurs extraient des acides nucléiques à partir d’échantillons, les risques d’erreurs découlant de multiples interventions manuelles augmentent. Cela peut conduire à des variations dans la qualité des acides nucléiques, comme la dégradation, la concentration ou la présence de contaminants et avoir un impact sur vos résultats. Par conséquent, l’automatisation de l’extraction des acides nucléiques est un moyen d’assurer la reproductibilité. Découvrez plus en détail les solutions automatisées de QIAGEN pour une préparation des échantillons standardisée et fiable.

Analyse d’échantillons

Service d’isolement de l’ADN à partir de tout type d’échantillon

De l’extraction et de la quantification au NGS et à l’analyse au moyen de technologies avancées.

Analyse par NGS, dPCR, qPCR

Détectez, identifiez et quantifiez les cibles microbiennes, la résistance aux antimicrobiens ou les gènes de virulence par dPCR, qPCR ou NGS.

Génome entier et analyse de séquences ciblées avec séquençage nouvelle génération

Avec les méthodes de séquençage nouvelle génération (NGS), il est possible d’analyser simultanément des milliers d’espèces au sein d’une communauté microbienne. Pour cette raison, le NGS a complètement révolutionné la façon d’étudier le microbiome humain et environnemental.

Les réactifs et la sélection des amorces jouent des rôles importants dans la création de banques NGS conçues pour minimiser le biais et maximiser la profondeur de lecture. Nos différents kits satisfont aux différents besoins d’amplification et de séquençage afin d’obtenir des couvertures homogènes et de hautes qualités de lecture.

NGS pour microbiome, la détection et la caractérisation microbiennes – points forts

Détection et quantification des microbes par PCR numérique

La présence de cibles microbiennes à de faibles concentrations dans des échantillons difficiles a entravé leur détection et leur surveillance spécifiques. C’est là que la PCR numérique est pratique :
Non seulement, sa grande précision et sa sensibilité permettent d’identifier dans de nombreux échantillons un large éventail de cibles microbiennes, notamment les gènes bactériens, fongiques, parasites, viraux, de résistance aux antibiotiques et de virulence. En outre, la dPCR permet la quantification absolue des cibles sans avoir besoin de courbes d’étalonnage.

La nouvelle gamme de dosage de détection d’ADN microbien par dPCR :

identifie > 680 cibles
combine la détection d’ADN microbien et d’ARN viral en une seule réaction
détecte jusqu’à cinq cibles par réaction
suit une méthode de dPCR simple et rapide en deux heures environ

QIAstat-Dx, QIAcuity, syndromic testing, digital PCR, dPCR, scan cartridge, Labworker handling the instrument, touch display, Julian Phillips, Amit Singh, Chaimae Safi, mask, wearing masks, labcoat

Plus de 700 dosages microbiens par dosage ou créez votre propre dosage

Accédez à des centaines de dosages de dPCR validés en laboratoire pour la détection de bactérie, de champignons, de parasites ou de virus. Vous pouvez également concevoir votre propre dosage grâce à notre outil unique de conception sur mesure.

Trouver votre cible

ADNA, PCR plate, qPCR, adding DNA the colored MasterMix is turning from blue to green, visual control of correct pipetting, cat. no. 208054 QuantiNova SYBR Green PCR Kits (500), cat. no.208254 QuantiNova Probe PCR Kits (500) 05/2013, (PCR, Spin/Tube/Plate, Photography, Applications DNA (ADNA))

Détection microbienne spécifique et sensible avec real-time PCR

Lors de l’usage de la real-time PCR pour l’identification et le profilage microbiens, deux éléments sont essentiels : la sensibilité et la spécificité. Celles-ci reposent sur une efficacité PCR et des conditions d’amplification uniformes. Nos dosages qPCR d’ADN microbien vérifiés expérimentalement permettent de détecter des espèces microbiennes, des gènes de virulence ou des gènes de résistance aux antibiotiques en utilisant une méthode de qPCR simple. En outre, des tableaux personnalisés peuvent être conçus pour évaluer des cibles d’intérêt spécifiques.

Perspectives numériques

Comprendre les données génomiques microbiennes complexes

Seules des données claires et bien structurées vous aident à comprendre ce qui se passe et vous permettent d’agir. Cependant, le volume et la complexité des données peuvent exiger beaucoup de travail.

C’est pourquoi QIAGEN CLC Genomics Workbench Premium est une plateforme bio-informatique simple et intuitive. Elle offre divers outils et méthodes personnalisables pour faire ce saut du big data à la caractérisation de votre microbe d’intérêt.

Découvrez les informations numériques pour l’analyse du microbiome

FAQ sur les méthodes de recherche sur le microbiome

Qu’est-ce que le séquençage de l’ARNr 16S et des ITS ?

La méthode la plus fréquemment utilisée pour le profilage des communautés microbiennes est le séquençage du gène de l’ARN ribosomique 16S (ARNr) et des régions ITS (Internal Transcribed Spacer) pour les bactéries et les champignons. En raison de leur distribution universelle et de leur conservation, le gène de l’ARNr 16S et les régions ITS sont des marqueurs génétiques bien établis, utilisés pour l’identification et la classification des bactéries et des champignons.

Le gène de l’ARNr 16S est constitué de régions hautement conservées et de régions hypervariables. Les régions conservées servent de sites de fixation des amorces pour l’amplification par PCR des régions variables, et les régions variables contiennent des séquences utilisables dans l’identification et la classification des bactéries.

Qu’est-ce que le séquençage métagénomique shotgun ?

Contrairement au séquençage de l’ARNr 16S et des ITS, le séquençage métagénomique shotgun couvre l’intégralité du génome des organismes présents dans un échantillon.

Le séquençage métagénomique shotgun couvre toutes les informations génétiques dans un échantillon. Par conséquent, les données peuvent être utilisées pour diverses analyses, par exemple, l’assemblage et le binning métagénomiques, le profilage métabolique et le profilage des gènes de résistance aux antibiotiques.

Qu’est-ce que la métatranscriptomique ?

La métatranscriptomique est l’étude du profil d’expression génique complet des communautés microbiennes dans les milieux naturels. Elle permet la quantification des niveaux d’expression génique et de leurs modifications en réponse à différentes conditions, p. ex. dans la comparaison entre les conditions physiologiques et pathologiques d’un organisme.