La puissance de l’inconnu
Vous ne pensiez pas être dehors après la tombée de la nuit. Votre travail a traîné en longueur, votre train a été annulé, une des multiples causes quotidiennes a provoqué un retard. Maintenant vous devez traverser la ville à pied de nuit. Vous croisez des gens dont vous ne distinguez pas les visages dans l’obscurité. Votre téléphone vibre, vous vous arrêtez pour le consulter. Une voiture passe et lorsqu’elle s’éloigne, vous entendez des bruits de pas à côté de vous. Vous levez les yeux, mais aveuglé par les phares des voitures, vous ne voyez personne. Votre rythme cardiaque s’accélère. Les poils sur vos bras se dressent et vous avez envie de courir.
C’est ça, la puissance de l’inconnu. Et dans la recherche, les inconnus sont partout.
Une lumière dans la nuit
Les scientifiques explorent les rues sombres de notre monde, ils mettent l’inconnu en lumière. Un équipement adapté (disons une lampe torche de 20 000 lumens plutôt que des allumettes) peut faciliter leur tâche et offrir une résolution supérieure. Pour autant, dans la recherche en microbiologie et sur le microbiome, il existe une grande variété d’échantillons, de types d’échantillons et de méthodes permettant de les analyser. Dans l’épisode 3 de Q-rieux (Vous vous posez des questions ? Nous vous révélons les secrets du microbiome, désormais disponible à la demande), nous avons abordé bon nombre de ces méthodes, notamment les extractions d’ADN/ARN des sols, la manipulation des filtres à eau, le séquençage du microbiome, la dPCR et l’automatisation. Mais même en 60 minutes, nous n’avons pas pu aborder tous les sujets, et les spectateurs nous ont dit avoir encore des questions.
Quel kit est le plus adapté à mon type d’échantillon ?
Parmi les questions les plus récurrentes au cours de la session Q-rieux, il y avait : « Je manipule un échantillon X. Quel est le kit le plus adapté pour extraire l’ADN ou l’ARN microbien ? » Bien entendu, échantillon X désigne les très nombreux types d’échantillons de microbiome (sols, selles, écouvillons cutanés ou eau, etc.) et types de microbes (virus, bactéries ou champignons, etc.). En d’autres termes, les gens veulent savoir quel est le meilleur instrument pour percer les mystères de l’échantillon X, cet inconnu dans la nuit.
Alors, quel kit est le plus adapté à votre type d’échantillon ? Parfois vous pouvez deviner d’après le nom. Saviez-vous que tous les kits dont le nom contient le terme « Power » présentent la Inhibitor Removal Technology® (IRT) et que les kits dont le nom contient les termes « Power » et « Pro » présentent l’IRT de deuxième génération, appliquée en une même étape ? Par exemple, le RNeasy PowerMax Soil Pro Kit est conçu pour extraire l’ARN à partir d’échantillons de sol, notamment d’échantillons volumineux (« Max ») et il contient l’IRT de deuxième génération (« Power Pro »).
Si vous devez affiner votre recherche, plusieurs ressources sont à votre disposition pour trouver le kit idéal pour extraire des acides nucléiques microbiens purs et de haute qualité. Cela comprend notamment la brochure interactive sur le microbiome, le guide de sélection du microbiome humain et le guide de sélection du microbiome environnemental téléchargeables gratuitement. De plus, vous trouverez les réponses à de nombreuses questions sur l’échantillon X dans la session Q-rieux suivante :
Échantillons d’origine humaine
- ADN dans un échantillon de salive : le PowerFecal Pro est efficace pour ce type d’échantillon tout comme le QIAamp DNA Microbiome Kit pour une extraction de l’ADN hôte.
- ADN dans le tartre : nous n’avons pas de données internes concernant la plaque dentaire. Mais le DNeasy PowerBiofilm Kit avec un échantillon d’environ 50 mg peut être un bon point de départ, et certains de nos clients traitent ces échantillons à l’aide du DNeasy PowerSoil Pro 96 QIAcube HT Kit.
- ADN microbien dans un écouvillon cutané : le QIAamp DNA Microbiome Kit comprend une étape d’extraction d’ADN mammalien, il doit donc être adapté à cette fin.
- ARN dans un échantillon de crachat : le AllPrep PowerFecal Pro DNA/RNA Kit permet d’isoler les acides nucléiques des virus, bactéries et cellules eucaryotes. ®
Échantillons environnementaux
- ADN extrait de filtres à eau de 0,22 µm : le DNeasy PowerWater Kit peut être utilisé avec les types courants de filtre à membrane, notamment les entonnoirs à filtration de 0,45 µm et 0,22 µm.
- ADN dans le fumier : le QIAamp PowerFecal Pro Kit ou le QIAsymphony PowerFecal Pro DNA Kit (pour l’isolement automatisé d’acides nucléiques).
- Extraction d’acide humique à partir d’ADN d’échantillons de sol : tous les kits dont le nom contient le terme « Power » sont capables d’extraire de l’acide humique d’échantillons de sol, notamment les variantes du DNeasy PowerSoil Pro Kit, comme le kit de centrifugation standard, le QIAcube HT Kit ou la plaque à 96 puits. Pour les échantillons de sol de grande quantité, le DNeasy PowerMax Soil Kit est recommandé.
- Protistes dulcicoles dans l’ADN de biofilm : le DNeasy PowerBiofilm Kit regroupe les techniques de lyse chimique et de lyse mécanique et doit être parfaitement adapté à ce type d’échantillon.
- ADN de microbiome extrait de plantes macérées : le DNeasy PowerSoil Pro Kit doit être adapté à ce type d’extraction.
- ADN viral extrait des eaux usées : le DNeasy PowerWater Kit ou le DNeasy PowerWater Sterivex peut être adapté à ces échantillons si vous commencez avec des eaux usées filtrées. Pour d’autres méthodes de concentration, comme la centrifugation, le AllPrep PowerViral ou le AllPrep PowerFecal Pro DNA/RNA est parfait.
- ADN ou ARN extrait d’un sol de faible biomasse : il existe deux kits spécifiquement conçus pour isoler l’ADN ou l’ARN à partir d’échantillons de sol de faible biomasse (ou de biomasse normale). Le DNeasy PowerMax Soil Kit et le RNeasy PowerMax Soil Pro Kit contiennent des tubes de grande capacité, 50 ml, conçus pour traiter des échantillons de sol jusqu’à 10 g (pour l’ADN) ou 15 g (pour l’ARN).