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QIAamp DNA FFPE Advanced Kit (50)
N.º de cat. / ID. 56604
Para 50 preparaciones: QIAamp UCP MinElute Columns, Collection Tubes, Deparaffinization Solution, Proteinase K, RNase A, RNase-Free Water y Buffers
ProductComponente del kit
QIAamp DNA FFPE Advanced Kit (50)
QIAamp DNA FFPE Advanced UNG Kit (50)
Uracil-N-Glycosylase
QIAamp DNA FFPE Advanced Kits están concebidos para su uso en aplicaciones de biología molecular. Estos productos no están concebidos para el diagnóstico, la prevención ni el tratamiento de enfermedades.
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Características
- Alta recuperación de ADN amplificable
- Eliminación de parafina sin xileno ni disolventes similares
- Paso de eliminación de artefactos de uracilo (citosina desaminada) con uracilo N-glicosilasa (UNG) durante la extracción del ADN
- ADN listo para usar en PCR, PCR digital (dPCR) y secuenciación de última generación (NGS)
Detalles del producto
Aumente su recuperación de ADN de alta calidad a partir de tejido FFPE con los QIAamp DNA FFPE Advanced Kits que no utilizan xileno, permiten la desparafinación sin lavado, aplican un protocolo de doble lisis y emplean una tecnología de columna de centrifugación con UCP (Ultra-Clean Production).
Elimine las transiciones de C a U de ácidos nucleicos gracias al uso opcional de enzimas UNG del kit con el fin de optimizar el ADN recuperado para los análisis de NGS.
También puede automatizar los protocolos de QIAamp DNA FFPE Advanced en QIAcube Connect.>
Rendimiento
Una característica de la cuantificación del ADN en FFPE es que cada método proporciona un resultado, y unos valores elevados en espectroscopia UV-visible o en espectroscopia de fluorescencia no implican necesariamente un buen rendimiento de PCR.
Dado que el uso más habitual de las muestras en FFPE es en real-time PCR o PCR cuantitativas (qPCR), los QIAamp DNA FFPE Advanced Kits están optimizados para qPCR.
Independientemente de los valores obtenidos en las mediciones con espectroscopia UV-visible o de fluorescencia, los QIAamp DNA FFPE Advanced Kits mostraron un mejor rendimiento en PCR bajo cuantificación de qPCR en comparación con el resto de los productos que se sometieron a las pruebas (consulte la figura “ Optimización para rendimiento en PCR”).
El QIAamp DNA FFPE Advanced UNG Kit también se puede utilizar para purificar el ADN que se utilizará en análisis de NGS, dado que aborda el problema de las transiciones artificiales de C a T y de G a A, que se dan habitualmente en las muestras de material en FFPE debido a la citosina desaminada (consulte “ Transiciones artificiales de C a T y de G a A”).
A través de la digestión de uracilo basado en UNG durante el aislamiento del ADN, el protocolo del QIAamp DNA FFPE Advanced UNG reduce los falsos positivos de variantes de un solo nucleótido (single-nucleotide variants, SNV) en NGS (consulte la figura “ Reducción drástica en las transiciones artificiales de C a T y de G a A”).
Principio
Hay tres desafíos principales a la hora de preparar el ADN de los tejidos en FFPE:
- Bajos rendimientos debido a una cantidad limitada de material de muestra, lo que puede perjudicar al ADN
- ADN no amplificable debido a la reticulación inducida por formalina
- Artefactos de citosina desaminada que pueden provocar resultados falsos en NGS para análisis de mutación
Los QIAamp DNA FFPE Advanced Kits maximizan los rendimientos de ADN a partir de muestras limitadas de dos formas:
- Implementando un procedimiento de lisis de dos pasos que garantiza una alta extracción de ADN, incluso a partir de muestras de difícil lisado.
- Sustituyendo la eliminación de parafina basada en disolventes por la Deparaffinization Solution, que elimina todos los pasos de lavado antes de la lisis inicial, con lo que se minimiza el riesgo de perder material de una muestra que ya es escasa.
La eliminación de reticulación aumenta la recuperación de ADN amplificable (consulte la figura “ Optimización para rendimiento en PCR”).
El tratamiento de UNG opcional anterior a la segunda lisis elimina los artefactos de citosina desaminada, lo que hace que el ADN sea especialmente adecuado para los análisis de NGS (consulte la tabla “ Cebado para NGS”, así como las figuras “ Resultados de dPCR y NGS fiables” y “ Reducción drástica en las transiciones artificiales de C a T y de G a A”).
Procedimiento
El procedimiento de QIAamp DNA FFPE Advanced consta de un paso de desparafinación simplificado, dos pasos de lisis entre la desreticulación y la eliminación opcional de artefactos, y el paso estándar de unión, lavado y elución (consulte la figura “ Flujo de trabajo de QIAamp DNA FFPE Advanced”).
Aplicaciones
El ADN de muestras en FFPE que utiliza los QIAamp DNA FFPE Advanced Kits puede utilizarse inmediatamente para PCR, dPCR o NGS, o puede almacenarse a una temperatura entre −30 y −15 °C.
Datos y cifras de respaldo
Flujo de trabajo de QIAamp DNA FFPE Advanced.
El procedimiento de QIAamp DNA FFPE Advanced elimina la parafina sin necesidad de llevar a cabo varios pasos de lavado, con la Deparaffinization Solution en lugar de aplicar xileno u otros disolventes.
La lisis se lleva a cabo con Proteinase K. Las reticulaciones se eliminan mediante incubación térmica a 90 °C durante 1 hora. Los artefactos pueden eliminarse con UNG.
A continuación, el ARN se digiere y la muestra se lisa una segunda vez para aumentar la recuperación de ADN.
Se lleva a cabo la unión del ADN con la QIAamp UCP MinElute Spin Column. A continuación, los contaminantes se lavan con Buffer AW1, Buffer AW2 y etanol, y el ADN se eluye en Buffer ATE.
Especificaciones
| Características | Especificaciones |
|---|---|
| Applications | PCR, PCR digital, secuenciación de última generación |
| Elution volume | 20-100 µl |
| Format | Columna de centrifugación |
| Main sample type | Muestras de tejido fijadas con formalina e incluidas en parafina (FFPE) |
| Processing | Manual o automatizado con el QIAcube Connect |
| Purification of total RNA, miRNA, poly A+ mRNA, DNA or protein | ADN genómico |
| Sample amount | Secciones de tejido, cada una con un grosor de 5-10 µm, para un volumen total de 4 mm3 |
| Technology | Tecnología de sílice |
Recursos
Folletos y guías (3)
Manuales de uso de kits (1)
Documentos de la aplicación/protocolo (2)
Hojas de datos sobre seguridad (2)
Protocolos de inicio rápido (1)
Safety Data Sheets (1)
Certificates of Analysis (1)
Preguntas frecuentes
Is the DNA extracted with the QIAamp DNA FFPE Advanced Kits suitable for downstream applications that require more intact DNA such as long range PCR (>1 kb) and long read DNA sequencing?
What are recommended stopping points in the procedure of the QIAamp DNA FFPE Advanced Kits?
Can samples be lysed overnight with Proteinase K in the QIAamp DNA FFPE Advanced procedure?
Can the second Proteinase K lysis step in the QIAamp DNA FFPE Advanced procedure be carried out at lower temperatures than 65°C?
What is the difference of buffer FTB versus Buffer ATL?
Can the 2nd Prot K step be omitted?
What size of DNA can be expected?