El poder de lo desconocido
No esperaba estar afuera después del anochecer Salió tarde del trabajo, se canceló el servicio de tren, una de un millón de circunstancias cotidianas que pueden causar una demora. Ahora, debe recorrer la ciudad de noche. Transeúntes, rostros ocultos en las sombras. Le vibra el teléfono y se detiene a verlo. Pasa un automóvil y cuando se aleja, oye pasos en el callejón que está al lado. Levanta la vista del teléfono, pero le ciegan los faros de los automóviles, el camino está totalmente oscuro. Se le acelera el corazón. Se le pone la carne de gallina y quiere salir corriendo.
Ese es el poder de lo desconocido. En la investigación, hay cosas desconocidas por todas partes.
Una luz en la oscuridad
Los científicos exploran los oscuros callejones de nuestro mundo, esclareciendo lo desconocido. El equipo adecuado (por ejemplo, una linterna de 20 000 lúmenes, en lugar de una caja de cerillas) puede facilitar la tarea y ofrecer una mejor resolución. Sin embargo, en microbiología e investigación de microbioma, existe una enorme variedad de muestras y tipos de muestras y muchos métodos diferentes con los que analizarlos. En el episodio 3 de Q-rious (¿Le molesta algo? Revelación de secretos sobre microbios; ahora disponible bajo demanda), analizamos muchos de estos métodos, incluidas las extracciones de ADN/ARN, el trabajo con filtros de agua, la secuenciación de microbioma, la dPCR y la automatización. Pero, incluso en este episodio de 60 minutos, no pudimos cubrir todo, y la audiencia nos hizo saber que tenía preguntas.
¿Cuál es el mejor kit para mi tipo de muestra?
Durante Q-rious , las preguntas más frecuentes fueron las siguientes: “Trabajo con la muestra X. ¿Cuál es el mejor kit para extraer ADN o ARN microbiano?” Por supuesto, muestra X representa la numerosa variedad de tipos de muestras de microbioma (como suelo, heces, hisopados de piel o agua) y la numerosa variedad de tipos de microbios (como hongos, virus o bacterias). En otras palabras, la mayoría de las personas querían saber cuál es la herramienta adecuada para desvelar los misterios de la muestra X, ese extraño en la oscuridad.
Entonces, ¿cuál es el mejor kit para su tipo de muestra? A veces, el nombre se lo indica. ¿Sabía que todos los kits que tienen la palabra “Power” en su nombre contienen Inhibitor Removal Technology® (IRT) y los kits que tienen las palabras “Power” y “Pro” tienen la segunda generación de IRT, que se ejecuta en un solo paso? Por ejemplo, el RNeasy PowerMax Soil Pro Kit está diseñado para extraer ARN de muestras de suelo, específicamente de masas de muestra más grandes (“Max”), y contiene la segunda generación de IRT (“Power Pro”).
Si necesita más detalles específicos, contamos con varios recursos para ayudarle a encontrar el kit ideal para extraer ácidos nucleicos microbianos de gran calidad. Estos incluyen el folleto interactivo sobre microbioma, la guía de selección de microbioma humano y la guía de selección de microbioma ambiental de descarga gratuita. Además, encuentre respuesta a muchas preguntas sobre la muestra X de Q-rious, a continuación:
Muestras humanas
- ADN de muestra de saliva: PowerFecal Pro es eficaz para estas muestras, tal como lo es el QIAamp DNA Microbiome Kit si se requiere la extracción del ADN del huésped.
- ADN de sarro: No tenemos datos internos sobre placas dentales. Sin embargo, el DNeasy PowerBiofilm Kit con una muestra de alrededor de 50 mg puede ser un buen punto de partida, y algunos de nuestros clientes procesan esas muestras con el DNeasy PowerSoil Pro 96 QIAcube HT kit.
- ADN microbiano de hisopado de piel: El QIAamp DNA Microbiome Kit integra un paso para la eliminación de ADN de mamíferos y debería ser adecuado para este fin.
- ARN de muestra de esputo. El AllPrep PowerFecal Pro DNA/RNA Kit debería aislar ácidos nucleicos víricos, bacterianos y eucarióticos. ®
Muestras del entorno
- ADN de filtros de agua de 0,22 µm El DNeasy PowerWater Kit se puede utilizar con tipos de membrana de filtro comunes, incluidos los embudos con filtro de 0,45 µm y 0,22 µm.
- ADN de estiércol: El QIAamp PowerFecal Pro Kit o el QIAsymphony PowerFecal Pro DNA Kit (para el aislamiento automatizado de ácidos nucleicos).
- Eliminación de ácido húmico de muestras de ADN de suelo: Todos los kits que tienen la palabra ‘power’ en su nombre serán capaces de eliminar los ácidos húmicos del suelo; específicamente cualquiera de las variantes del DNeasy PowerSoil Pro Kit, como el kit de centrifugación estándar, el QIAcube HT Kit o el de placa de 96 pocillos. En el caso de grandes cantidades iniciales de suelo, se recomienda el DNeasy PowerMax Soil Kit.
- Protistas de agua dulce en ADN de biopelícula: El DNeasy PowerBiofilm Kit combina técnicas de lisis química y mecánica y debería funcionar bien para esta muestra.
- ADN de microbioma de productos de plantas fermentadas: El DNeasy PowerSoil Pro Kit debería ser el adecuado para esta extracción.
- ADN vírico de aguas residuales: El DNeasy PowerWater Kit o el DNeasy PowerWater Sterivex podrían ser adecuados para estas muestras si se parte de aguas residuales filtradas. Para otros métodos de concentración, como la centrifugación, son ideales AllPrep PowerViral o AllPrep PowerFecal Pro DNA/RNA.
- ADN o ARN de suelo de biomasa baja: Dos kits están específicamente diseñados para aislar ADN o ARN de muestras de suelo de biomasa baja (o biomasa normal). El DNeasy PowerMax Soil Kit y el RNeasy PowerMax Soil Pro Kit contienen tubos de gran capacidad de 50 ml diseñados para un máximo de 10 g (en el caso del ADN) o 15 g (en el caso del ADN) de suelo.