Ein einzigartiges System für das miRNA-Profiling
Die miRCURY LNA miRNA PCR Assays bieten durch Kombination aus universeller RT mit LNA-PCR-Amplifikation die beste auf dem microRNA Real-time-PCR-Markt verfügbare Kombination aus Leistung und Benutzerfreundlichkeit (siehe Abbildung
Schematischer Überblick über das miRCURY LNA miRNA PCR-System). Die universelle RT ermöglicht die Verwendung einer cDNA-Erststrangsynthesereaktion als Template für mehrere miRNA-Real-time PCR-Assays. Dies spart wertvolle Probe sowie Zeit im Labor und reduziert technische Abweichungen. Darüber hinaus sind sowohl die Vorwärts- als auch die Rückwärtsprimer für die PCR-Amplifikation miRNA-spezifisch und wurden mittels LNA optimiert. Dadurch werden 1) eine außergewöhnliche Sensitivität und ein äußerst schwacher Hintergrund für eine genaue Quantifizierung sehr niedriger miRNA-Konzentrationen und 2) hochspezifische Assays, die die Unterscheidung zwischen eng verwandten miRNA-Sequenzen ermöglichen, erreicht.
Abdeckung
Es sind mehr als 20.000 Assays verfügbar, die alle Organismen in der miRBase 20 abdecken. Über 1.400 Assays wurden im Labor anhand von sowohl synthetischen als auch verschiedenen biologischen Proben vollständig im Hinblick auf Sensitivität, Spezifität, Effizienz und Hintergrund validiert. Die übrigen Assays wurden
in silico anhand eines umfassenden Design-Algorithmus validiert, der hochqualitative, speziesspezifische und LNA-optimierte Assays mit optimaler Sensitivität und Spezifität für jeden Organismus gewährleistet. Das bedeutet, dass mehrere verschiedene Assays auf die gleiche Sequenz abzielen können. Letztendlich wird der Assay für jede Spezies basierend auf dem genetischen Hintergrund des Organismus ausgewählt. Falls Sie mit neuartigen miRNAs, z. B. aus einem NGS-Experiment, arbeiten, sind auch maßgeschneiderte LNA-miRNA-Primersets für jede beliebige miRNA verfügbar.
Referenzgen-Assays für die Normalisierung
Es sind neun Referenzgen-Primersets verfügbar. Sie ermöglichen eine qualitativ hochwertige Datennormalisierung und die Generierung zuverlässiger Daten aus vielen verschiedenen Probentypen (siehe nachstehende Tabelle). Diese Kontrollprimersets zielen auf endogene, kleine, nicht codierende RNAs ab, die konstitutiv und relativ stabil über verschiedene Gewebe hinweg exprimiert werden (siehe Abbildung
Expressionsniveaus von Referenzgenen in verschiedenen humanen Geweben). Die Kontroll-Referenzgene decken einen großen Bereich von C
q-Werten ab und bieten die Möglichkeit zur genauen und zuverlässigen Normalisierung über ein breites Spektrum an miRNA-Expressionsniveaus.
Die Kontrollprimersets wurden als Referenzgene für das miRCURY LNA miRNA PCR System validiert und sind optimal für die Verwendung mit dem miRCURY LNA RT Kit und den miRCURY LNA SYBR Green PCR Kits geeignet. Es ist sehr wichtig, stets die konsistente und gleichbleibende Expression eines Gens in allen Geweben und bei allen Prozeduren innerhalb eines Experiments zu bestätigen, bevor ein Gen als Referenz gewählt wird. Wir empfehlen Ihnen, eine Reihe von Referenzgenen zu testen und für die Auswahl und Validierung von Referenzgenen eine Software wie GeNorm oder NormFinder (Teil der GenEx-Software) zu verwenden.
Liste der verfügbaren Referenzgen-AssaysProduktbezeichnung | Zielorganismus | Alternativnamen | NCBI-Referenz |
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Control primer set, SNORD38B (hsa) | hsa | U38B; RNU38B | NR_001457 |
Control primer set, SNORD44 (hsa) | hsa | U44; RNU44 | NR_002750 |
Control primer set, SNORD48 (hsa) | hsa | U48; RNU48 | NR_002745 |
Control primer set, SNORD49A (hsa) | hsa | U49; U49A; RNU49 | NR_002744 |
Control primer set, SNORA66 (hsa) | hsa | U66; RNU66 | NR_002444 |
Control primer set, 5SrRNA (hsa) | hsa, mmu | V00589 | |
Control primer set, U6-snRNA (hsa, mmu) | hsa, mmu, rno | U6 | X59362 |
Control primer set, RNU5G snRNA (mmu, hsa) | mmu, hsa, rno | Rnu5a; U5a; Rnu5g | NR_002852 |
Control primer set, RNU1A1 (mmu, hsa) | mmu, hsa, rno | Rnu1a-1; Rnu1a1 | NR_004411 |
Control primer set, SNORD65 (mmu) | mmu | U65; RNU65 | NR_028541 |
Control primer set, SNORD68 (mmu) | mmu | U68; RNU68 | NR_028128 |
Control primer set, SNORD110 (mmu) | mmu | U110; RNU110 | NR_028547 |