NGS-Workflows

Mit den durch die Next Generation Sequencing (NGS) erzielten Fortschritten ist RNA-Seq für eine Vielzahl von Studien zu den vielen unterschiedlichen Formen der RNA von entscheidender Bedeutung geworden. Aktuelle Technologien gehen weit über die Betrachtung der reinen mRNA-Expression hinaus und umfassen die Sequenzierung von miRNA sowie ganzer Transkriptome. In jüngster Zeit wurden mehrere Techniken zur Bewältigung der wichtigsten Herausforderungen und Verbesserung der Ergebnisse entwickelt, z. B. durch Abreicherung der rRNA und gezielte Auswahl bestimmter Transkriptsätze mittels digitaler RNA-Sequenzierung.

rRNA-Entfernung

Verbesserung der RNA-Sequenzierung durch effektive rRNA-Entfernung

Bei der Vorbereitung von RNA-Seq-Bibliotheken kann sehr häufig vorkommende RNA von geringem wissenschaftlichem Wert, wie rRNA und/oder Globin-mRNA, wertvolle Sequenzierungskapazität beanspruchen und damit die Fähigkeit gefährden, On-Target-Genexpressions-Reads zu erzielen. Die wirksame Entfernung von unerwünschter RNA ist ein entscheidender Schritt vor der RNA-Sequenzierung.
Die neuartige QIAseq FastSelect rRNA-Entfernungstechnologie entfernt unerwünschte RNA in einem einzigen Pipettierschritt aus RNA-Proben von Säugetieren, Bakterien, Pflanzen und sogar Hefen. Ganz gleich, ob Sie zytoplasmatische und mitochondriale rRNA für die whole transcriptome Analyse entfernen oder Globin-mRNA für die Genexpressionsforschung an Blutproben beseitigen wollen, die neue Technologie kann die verwertbaren Reads maximieren.

Webinar zur rRNA-Entfernung der nächsten Generation:

Unser F&E-Team erläuterte, wie wir unsere QIAseq FastSelect Kits zur rRNA-Entfernung für menschliche, Säugetier-, Bakterien-, Pflanzen- und Hefeproben unter Einsatz sowohl hochwertiger als auch stark fragmentierter Gesamt-RNA entwickelt und getestet haben.

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Webinar] Next-generation rRNA removal: Evolution of new technologies for mammalian, bacterial, plant and yeast samples

Entfernung ribosomaler RNA: Der am meisten unterschätzte Schritt bei der Optimierung der RNA-Sequenzierung

Lesen Sie den Beitrag von Dr. Fabienne Desmots-Loyer, Krankenhaus Rennes, und erfahren Sie, wie QIAseq FastSelect hochwertige Bibliotheken aus FFPE-Tumorproben bereitstellte, die zuvor aufgrund des hohen RNA-Abbaus und der geringen Ausbeute von zwei kommerziellen Labors abgelehnt worden waren.

Lese Sie den Beitrag

Ribosomal RNA removal: The most underestimated step in RNA-seq optimization

QIAseq-Lösungen

Biomarker-Erkennung

„Sample to Insight“ für die optimierte Erkennung von miRNA-Biomarkern

QIAseq miRNA-Sequenzierungslösungen für die Expressionsanalyse von miRNA, piRNA und kleiner RNA, sowie für die Entdeckung neuartiger kleiner RNA ermöglichen die Vorbereitung von NGS-Bibliotheken kleiner RNAs, sowie die Qualitätskontrolle von Probenvorbereitung und NGS-Leistung.

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Webinar – „Die Wahrheit über die RNA-Sequenzierung“

Lernen Sie von einer unserer Top-Experten auf diesem Gebiet, Dr. Barbara R. Gould, und der langjährigen Erfahrung von QIAGEN Genomic Services. Dieses Webinar behandelt Themen wie Bibliotheksvorbereitung, Sequenzierungsparameter, Qualitätskontrolle, Datenanalyse und Validierung von NGS-Ergebnissen.

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NGS zum Nachweis von microRNA

3‘-RNA-Sequenzierung

Die Vorteile der 3'’-Sequenzierung

Bei den Zellsignalwegen hat sich die 3'’-RNA-Sequenzierung als hilfreich erwiesen, um dem wachsenden Bedarf an Lösungen mit hohem Durchsatz gerecht zu werden, die auch eine höhere Genauigkeit, Spezifität und Sensitivität gewährleisten. In diesen Anwenderberichten wird erläutert, wie nach 3'-Transkriptom-NGS mit hohem Durchsatz aus kleinsten RNA-Mengen Genexpressionsanalysen durchgeführt werden konnten.

Die Verkapselung steigert die Inselzell-Signatur bei der Differenzierung von humanen induzierten pluripotenten Stammzellen über die Integrin-Signalgebung.

“Für uns war der QIAseq UPX 3’ Transkriptom-Ansatz ein wahrer Rettungsanker, denn er ermöglichte die Hochdurchsatzsequenzierung kleinster RNA-Mengen, die aus schwer zu verarbeitenden Proben isoliert wurden. Die mit QIAGEN Genomik-Services erzielten Ergebnisse einer Pilotstudie haben unsere Erwartungen übertroffen. Meiner Meinung nach ist dies sicherlich ein überlegenswerter Ansatz, wenn die RNA-Menge unter der Mindestschwelle liegt.” Simon Chera, Ph.D., außerordentlicher Professor, Universität Bergen.

Lesen Sie die Veröffentlichung in Nature

Encapsulation boosts islet-cell signature in differentiating human induced pluripotent stem cells via integrin signaling

Webinar – Aufdecken der Verbindung

„Der UPX 3’ Transkriptom-Service von QIAGEN hat es uns ermöglicht, einen großen RNA-Seq-Datensatz zu generieren, der uns die Entdeckung der wichtigsten Genexpressionsveränderungen, die unser Krankheitsmodell antreiben, erleichtert hat.“' Matthew Dodson, Ph.D., Post-Doc Forscher, Universität von Arizona.