Microbiome Sample X or: How I Learned to Lose My Fear and Find the Perfect Kit

Mikrobiomprobe X oder: Wie ich gelernt habe, meine Angst zu überwinden und das beste Kit zu finden

Die Macht des Unbekannten

Sie hatten nicht damit gerechnet, nach Einbruch der Dunkelheit draußen unterwegs zu sein. Auf der Arbeit hat es länger gedauert, Ihr Zug ist ausgefallen; ein unwahrscheinlicher alltäglicher Umstand verursachte eine Verspätung. Jetzt sind Sie auf dem Weg durch die nächtliche Stadt. Leute gehen an Ihnen vorbei, ihre Gesichter im Schatten verborgen. Ihr Telefon vibriert und Sie bleiben stehen, um nachzusehen. Ein Auto fährt vorbei, und als es weg ist, hören Sie in der Gasse neben sich Schritte. Sie blicken auf, aber geblendet vom Scheinwerferlicht liegt der Weg völlig im Dunkeln. Ihr Herzschlag beschleunigt sich. Die Haare an Ihren Armen richten sich auf, und Sie wollen am liebsten weglaufen.

Das ist die Macht des Unbekannten. In der Forschung begegnen wir dem Unbekannten überall.

Licht in die Dunkelheit bringen

Forschende erkunden die dunklen Gassen unserer Welt und beleuchten das Unbekannte. Die richtige Ausrüstung (also eine Taschenlampe mit 20.000 Lumen anstelle eines Streichholzbriefchens) kann die Aufgabe erleichtern und für eine bessere Auflösung sorgen. In der Mikrobiologie- und Mikrobiomforschung haben wir es jedoch mit einer großen Vielfalt von Proben und Probentypen zu tun, für deren Analyse viele verschiedene Methoden zur Auswahl stehen. In Episode 3 von Q-rious (What's bugging you? Geheimnisse der Mikroorganismen gelüftet; jetzt auf Abruf verfügbar) haben wir viele dieser Methoden besprochen, so etwa die Extraktion von DNA/RNA aus Bodenproben, die Verwendung von Wasserfiltern, die Mikrobiom-Sequenzierung, dPCR und Automatisierung. Aber selbst in dieser 60-minütigen Episode waren wir nicht in der Lage, alles abzudecken, und das Publikum hatte weitere Fragen.

Welches Kit ist das beste für meinen Probentyp?

Zu den häufigsten Fragen bei Q-rious gehörten: “Ich arbeite mit Probe X. Welches Kit eignet sich am besten zur Extraktion von mikrobieller DNA oder RNA?” Probe X ist dabei natürlich ein Platzhalter für die vielen verschiedenen Mikrobiom-Probentypen (wie Boden, Stuhl, Hautabstriche oder Wasser) und die vielen verschiedenen Typen von Mikroorganismen (wie Viren, Bakterien oder Pilze). Mit anderen Worten: Die meisten wollten wissen, welches Tool das richtige ist, um die Geheimnisse von Probe X zu lüften – dem Fremden in der Dunkelheit.

Welches Kit ist also das beste für Ihren Probentyp? Manchmal erkennen Sie das schon am Namen. Wussten Sie, dass alle Kits mit dem Wort “Power” im Namen die Inhibitor Removal Technology® (IRT) enthalten? Und Kits mit sowohl “Power” als auch “Pro” im Namen arbeiten mit der IRT der zweiten Generation, für die nur ein Schritt erforderlich ist. Das RNeasy PowerMax Soil Pro Kit beispielsweise ist für die Extraktion von RNA aus Bodenproben, insbesondere aus solchen mit hohen Probenmassen (“Max”), konzipiert, und enthält die IRT der zweiten Generation (“Power Pro”).

Wenn Sie weitere Informationen benötigen, bieten wir Ihnen verschiedene Ressourcen, die Ihnen helfen, das perfekte Kit zur Extraktion reiner, hochwertiger mikrobieller Nukleinsäuren zu finden. Dazu zählen zum Beispiel die interaktive Broschüre zum Mikrobiom, der Auswahlleitfaden für das menschliche Mikrobiom und der Auswahlleitfaden für das Umwelt-Mikrobiom, die kostenlos zum Download verfügbar sind. Darüber hinaus finden Sie im Folgenden die Antworten auf viele „Probe X“-Fragen aus Q-rious:

Menschliche Proben

  • DNA aus Speichelproben: Das PowerFecal Pro ist für diese Proben geeignet, ebenso wie das QIAamp DNA Microbiome Kit, wenn eine Entfernung der Wirts-DNA erforderlich ist.
  • DNA aus Zahnstein: Wir haben keine internen Daten über Zahnbeläge. Das DNeasy PowerBiofilm Kit mit etwa 50 mg Probe sollte aber ein guter Ausgangspunkt sein, und einige unserer Kunden verarbeiten diese Proben mit dem DNeasy PowerSoil Pro 96 QIAcube HT Kit.
  • Mikrobielle DNA aus Hautabstrichen: Das QIAamp DNA Microbiome Kit umfasst einen Schritt zur Entfernung von Säuger-DNA und sollte für diesen Zweck geeignet sein.
  • RNA aus Sputumproben: Das AllPrep PowerFecal Pro DNA/RNA Kit sollte virale, bakterielle und eukaryotische Nukleinsäuren isolieren. ®

Umweltproben

  • DNA aus 0,22-µm-Wasserfiltern: Das DNeasy PowerWater Kit kann mit gängigen Filtermembrantypen, einschließlich 0,45-µm- und 0,22-µm-Filtertrichtern, verwendet werden.
  • DNA aus Gülle: Das QIAamp PowerFecal Pro Kit oder das QIAsymphony PowerFecal Pro DNA Kit (für die automatisierte Isolierung von Nukleinsäuren).
  • Entfernung von Huminsäure aus Boden-DNA-Proben: Alle Kits mit dem Wort ‘Power’ im Namen sind in der Lage, Huminsäure aus Bodenproben zu entfernen, insbesondere alle Varianten des DNeasy PowerSoil Pro Kit wie das Standard-Spin-Kit, das QIAcube HT Kit oder die 96-Well-Platte. Bei großen Ausgangsmengen an Bodenproben wird das DNeasy PowerMax Soil Kit empfohlen.
  • DNA aus Süßwasser-Protisten in einem Biofilm: Das DNeasy PowerBiofilm Kit kombiniert chemische und mechanische Lysetechniken und sollte für diese Probe gut funktionieren.
  • DNA aus dem Mikrobiom fermentierter Pflanzenprodukte: Das DNeasy PowerSoil Pro Kit sollte sich für diese Extraktion gut eignen.
  • Virus-DNA aus Abwasser: Wenn als Ausgangsmaterial gefiltertes Abwasser eingesetzt wird, könnten sowohl das DNeasy PowerWater Kit als auch das DNeasy PowerWater Sterivex für diese Proben geeignet sein. Für andere Konzentrationsmethoden wie z. B. Zentrifugation sind AllPrep PowerViral und AllPrep PowerFecal Pro DNA/RNA ideal.
  • DNA oder RNA aus Boden mit geringer Biomasse: Wir bieten zwei Kits an, die speziell zur Isolierung von DNA oder RNA aus Bodenproben mit geringer Biomasse (oder normaler Biomasse) konzipiert wurden. Das DNeasy PowerMax Soil Kit und das RNeasy PowerMax Soil Pro Kit enthalten 50-ml-Röhrchen mit hoher Kapazität, mit denen bis zu 10 g (für DNA) oder 15 g (für RNA) Boden verarbeitet werden können.
DNA: Benötigen Sie mehr Informationen oder Kits, die für die Automatisierung geeignet sind?
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RNA: Benötigen Sie mehr Informationen oder Kits, die für die Automatisierung geeignet sind?
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