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Illumina Genotyping Service

用于全基因组SNP基因分型,基因群组的基因分型或拷贝数量变异分析

  • Illumina培训和认证的技术人员
  • 支持标准和用户订制的beadchips
  • 样本容量从几十个到数千个
  • 适用于多种生物

Illumina Genotyping Service提供基因组分析的整套服务,结果可靠,重复性好。该服务可处理多种生物样本,利用尖端工具进行通路或基因组分析,有助于学术、政府和工业环境的技术人员获得更好的结果。QIAGEN是经认证的Illumina服务提供商。

Cat No./ID: 338908 CS30##
Illumina Genotyping Service

Illumina Genotyping Service适用于分子生物学应用。该产品不适用于疾病的诊断、预防或治疗。


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Illumina.
Principle

Illumina Genotyping Service根据Illumina基于Infinium的全基因组DNA分析beadchips和iSelect beadchips,提供全基因组基因分型、集中面板基因分型或拷贝数量变异分析。该产品支持基因组相关研究(GWAS)、DNA拷贝数量/细胞遗传学研究、连锁分析和精确定位研究。Infinium assay使用多种固定内容芯片(见表)确保在不同覆盖水平进行全基因组基因分型研究。QIAGEN是经认证的Illumina服务提供商。

表 1. 固定内容芯片
BeadChip  芯片规格每个样本中的标记数量
HumanOmni5-Quad 4 ~4.3 million
HumanOmni2.5S 8 ~2.5 million
HumanOmni2.5-8 8 ~2.5 million
HumanOmni1S 8 ~1.25 million
HumanOmni1-Quad 4 ~1.1 million
HumanOmniExpress 12 ~700,000
HumanCytoSNP-12 12 ~300,000
Procedure

推荐的样本类型如下:

纯化的基因组DNA

分离基因组DNA使用标准的基因组DNA分离试剂盒,如DNeasy Blood & Tissue Kit,与Illumina基因分型兼容。DNA浓度高于100 ng/µl(DNA浓度用picogreen检测;如果使用分光光度计,请在该样本的提交表格中注明),我们推荐每个样本使用1.5 µg DNA。A260/A280比值需≥1.7。将样本交给QIAGEN前,用户应通过琼脂糖凝胶电泳检测样本的完整性。样本凝胶图片,如果方便的话,应于样本一同提交。Infinium分析,片段大小应≥2 kb。如果样本质量较差(OD比例、降解等)或量较少,请咨询QIAGEN技术服务。

一个订单至少需要48个样本。鼓励用户将提交的样本密封在96孔深孔板中。96孔板的每个孔旁边应预留一个空白位置, QIAGEN用于放置阳性对照样本。用户也可在96孔板或备用板上放置副本(用于误差分析)。空白/阳性对照孔的位置应在样本提交表格中注明。样本提交单推荐使用excel表格形式,该表格应该包含以下信息:样本ID、浓度、 A260/A280A260/A230、总体积和总DNA数量。

唾液或口腔细胞

QIAGEN推荐使用Gentra Puregene Buccal Cell Kit从口腔细胞或漱口水中纯化用于存档的DNA。纯化的DNA在TE(10 mM Tris、1 mM EDTA)中重悬。唾液和稳定液混合,放在由一个小盖子密封的收集管,运输到Illumina Genotyping Service(无需冷藏或冷冻)。用户可通过隔夜邮件运送放在干冰中的口腔细胞。

血液

≥0.5 ml的全血样本,用柠檬酸、肝素或EDTA处理后,放在干冰中提交。白膜层样本(200 µl)和淋巴细胞(每个样本至少5 x 106个细胞)也需放在干冰中提交。

其他样本

有关其他样本的更多信息,请联系QIAGEN技术服务。样本隔夜运送需放在干冰中。目前有关基因组的研究,Illumina Genotyping Service仅适用于纯化的基因组DNA样本。

Illumina Genotyping Service样本实验方案

QIAGEN使用以下步骤处理基因组DNA样本,用于Illumina分析:

扩增 
片段化
沉淀和悬浮
杂交
X染色
成像和数据分析 
数据分析

可在安全的FTP网站上获取结果,只要有需要所有原始图像数据文件(.idat)都提供给用户。

对基因分型项目,可使用Illumina GenomeStudio进行标准数据分析,以Excel工作簿形式提供以下类型的报告,包括:

最终报告包括基因分型数据 
DNA报告 
基因座总结报告
基因座x DNA报告
重复性和遗传报告(重复样本可提供基因型一致的数据)

对LOH/拷贝数量变异分析项目,可提供以下报告:

最终报告包括B等位基因频率(BAF)和Log R比值(LRR)、CNV区域(起点、终点)和数值汇总表
CNV区域显示
基因组的BAF和LRR图作为CNV项目的用户自定义数据分析选项

如需订购信息或咨询您的个人需求,可通过support@sabiosciences.com,联系技术支持服务。

Applications

Illumina Genotyping Service非常适用于需要全基因组SNP基因分型、基因群组的基因分型或拷贝数量变异分析的应用。