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GeneRead DNA FFPE Kit

从FFPE组织样本中高效纯化基因组DNA,适合用于NGS分析
  • 采用优化的裂解液,可从FFPE样品中高效回收gDNA
  • 酶促反应去除胞嘧啶脱氨产物
  • 最大限度减少假阳性SNP检出风险
  • 在DNA测序应用中获得出色结果
  • 可在QIAcube全自动核酸纯化仪上自动运行
GeneRead DNA FFPE Kit采用基于硅胶模离心柱的优化实验方案,能够从福尔马林固定、石蜡包埋(FFPE)组织样本中纯化出高品质基因组DNA。由于胞嘧啶的脱氨作用所导致的C>T人为突变现象在二代测序技术中影响很大。此类人为突变由福尔马林固定以及样本老化所引发,会导致测序结果产生偏差。GeneRead FFPE纯化步骤中引入了酶促处理,能够消除此类人为突变,从而保证了基因组DNA的产量高、纯度好,特别适用于二代测序应用。
Cat No./ID: 180134
GeneRead DNA FFPE Kit
For 50 preps: QIAamp MinElute Columns, Collection Tubes, Deparaffinization Solution, Uracil-N-Glycosylase, RNase-Free Water, RNase A, and Buffers

GeneRead DNA FFPE Kit适用于分子生物学应用。该产品不适用于疾病的诊断、预防或治疗。


0
高产量双链DNA。
采用标准实验方案和GeneRead专用于FFPE组织样本的实验方案,从10 μm FFPE组织样本切片中纯化DNA,对比两种方案的结果。由于起始材料不同,各实验的DNA产量差异较大;这对于FFPE组织样本的DNA纯化是十分常见的。
1
GeneRead DNA FFPE Kit比其他供应商的同类试剂盒表现更优。
使用GeneRead DNA FFPE Kit和另一供应商的同类试剂盒,从10 μm FFPE组织切片中纯化双链DNA。采用Qubit Fluorometric Quantitation测量产量。结果显示,GeneRead DNA FFPE Kit获得的产量是另一试剂盒的四倍。不同实验的DNA产量差异较大,是由于起始样本不同,这对于FFPE组织样本纯化是十分常见的。
2
人为导致的C>T|G>A转变大幅度减少。
分析肝脏样本。GeneRead DNA FFPE Kit去除了90%以上的可能为人为导致的低频突变。
3
保留高频的C>T|G>A转换。
分析肝脏样本。GeneRead DNA FFPE Kit保留了高频度的C>T|G>A转换(包括新出现的和dbSNP中已有的)。
4
胞嘧啶脱氨基作用导致腺嘌呤错配。
在FFPE样品中,胞嘧啶可能脱氨基,导致胞嘧啶配对腺嘌呤,形成尿嘧啶。在测序反应中,这将表现为C>T| G>A转换。(图片修改自1997年Klug和Cummings的图片)
Performance
从有限的起始材料中获得高产率
由于文库制备和测序技术的不断进步,对生物样本库内大量的FFPE组织样本实施高通量测序逐渐成为可能,这无疑吸引了研究者的目光。这些测序技术同时也降低了可靠检测测序突变的频度阈值。不过,对FFPE样本进行测序还是存在多种挑战。FFPE样本的DNA产率可能受到DNA损伤的影响。此外,这些样本通常具有不可替代性,因此需要从最少量的起始材料中获取最多的核酸样本量。除了DNA产率的考虑之外,人为突变对FFPE样本测序的影响在起始样本量有限的情况下也会变得更为严重,此时错误突变的频率也会相应增加。相比标准的FFPE DNA分离方案,GeneRead DNA FFPE Kit能够为小样本(1 x 10 μm切片样本)提供更高产量的双链DNA(参见High yields of double-stranded DNA)。GeneRead DNA FFPE Kit与另一供应商的同类试剂盒相比,可获得高达4倍的双链DNA产率(参见GeneRead DNA FFPE Kit outperforms a kit from another supplier)。

有效减少人为的C>T|G>A转换
由福尔马林固定和储存所致的DNA损伤主要以随机形式发生,因此序列上的突变位置不同。只有少数基因组拷贝上发生了全局性的破坏,因此这些人为突变的发生频率通常较低。而低频度的新突变可能携带有十分重要的信息(例如在癌症分析中),因此很有必要在低频突变中区分真实突变与人为突变。GeneRead DNA FFPE方案通过考查样本的新低频突变,可对人为突变的数目以及清除效率进行测定。GeneRead DNA FFPE Kit极大降低了低频C>T|G>A转换,同时有效保留了真实突变(参见Dramatic reduction in artifactual C>T|G>A mutationsRetention of high-frequency C>T|G>A transitions)。

最大限度减少假阳性突变的风险
在癌症相关的SNP分析过程中,去除C>T|G>A的人为突变显得尤为重要。脱氨作用多为随机发生,如这些人为突变未经有效清除,可能被解释为具有癌症相关性的突变,进而成为假阳性结果。GeneRead DNA FFPE Kit去除人为突变,从而使假阳性风险降至最低。
Principle
从FFPE组织为二代测序制备DNA还有几个挑战。由于样品稀缺和DNA可能存在受损状况,DNA产量通常较为有限。此外,从有限材料开始的测序过程,往往存在由于固定和包埋条件以及长期储存而产生的人为突变。这之中的一个特殊问题是,胞嘧啶碱基脱氨变成脱氧尿嘧啶,从而导致在测序反应中出现C-T转变。此现象的确切机制尚未可知,可能的解释是胞嘧啶的脱氨作用导致在该位置产生了尿嘧啶,后者会与腺嘌呤配对。在测序过程中,这一改变随后会按照C>T转换后的结果读取。如果在文库构建过程中链信息未能保留,则两条链都会被测序,这时此人为突变可能显示为C>T或G>A转换。很有必要去除这些人为突变,特别是对于癌症样本的测序分析而言,因为这些干扰在此类样本中会被检测为假阳性。当进行FFPE样本测序时,由于起始原料有限而假阳性基因突变的相对频率增加,避免人为突变至关重要。

GeneRead DNA FFPE Kit提供了一种从少量FFPE组织切片高效纯化高产率DNA的高效流程。此外,该流程包含去除脱氨基胞嘧啶的步骤,可避免DNA测序出现假阳性结果。
Procedure
在结合QIAamp MinElute柱之前进行脱蜡并对DNA样品的甲醛解交联。加热除去交联后,DNA就可以通过尿嘧啶DNA糖苷酶特异地去除脱氨基胞嘧啶残基。优化的反应混合物提供了适宜的反应条件,使UNG能从FFPE样品的DNA中特异性去除人为导致的尿嘧啶。DNA结合到离心柱之后,经由Buffer AW1、Buffer AW2和乙醇洗去残留的杂质(比如盐)。残留的乙醇可能干扰随后的酶促反应,需另外由离心步骤彻底去除。DNA洗脱后可直接用于二代测序,也可在–20℃下储存。

GeneRead FFPE DNA kit也可在QIAcube全自动核酸纯化仪上自动运行。
Applications
GeneRead DNA FFPE Kit可有效减少胞嘧啶脱氨人为突变,从FFPE样品中纯化出可直接供二代测序使用的DNA。