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qBiomarker Copy Number PCR Arrays

用于分析拷贝数变化和改变

  • 在real-time PCR仪上进行拷贝数分析
  • 经湿法验证
  • 整合的多拷贝对照,用于标准化
  • 免费的即用型数据分析工具

qBiomarker Copy Number PCR Arrays用于检测一组信号通路或疾病相关的基因组位点的拷贝数。芯片可检测生殖细胞(拷贝数变化或CNV)或获得性(拷贝数改变或CNA)的拷贝数变化。基因组位点是根据临床或功能相关性及发生频率,从全面的数据库和文献中挑选。

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qBiomarker Copy Number PCR Arrays适用于分子生物学应用。该产品不适用于疾病的诊断、预防或治疗。


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qBiomarker Copy Number PCR Arrays.

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RNA酶P及其他单拷贝基因不是合适的样本总量标准化因子。
包括多个扩增和/或缺失的基因组DNA样本(如肿瘤DNA)要求用户核实其单拷贝对照基因,以确保对照基因本身无拷贝数变化。2个常见的癌症细胞系中RNA酶P相对拷贝数的检测证明了多拷贝对照分析的优点。利用ΔΔCT方法测定2个乳腺癌细胞系(SKBR3和MCF7)基因组DNA中每个正常基因组拷贝量DNA的RNA酶P的绝对平均拷贝数,使用qBiomarker Multi-Copy Reference Copy Number PCR Assay作为DNA总量的标准化对照。假定对照基因组DNA中每个正常基因组的RNA酶P的绝对拷贝数为2。SKBR3和MCF7中RNA酶P的拷贝数出现显著变化,说明该对照基因不是适用于这些样本的可靠的标准化因子。
8
MRef分析用作确定拷贝数时的标准。
将肿瘤细胞系DNA(SKBR3)和对照基因组DNA(Promega)以不同的比例混合(100%、87.5%、75%、50%、25%、12.5%和0% SKBR3细胞),使用MRef分析(A)或RNA酶P分析(B)作为对照,检测DNA混合物中的GRB7(在SKBR3中大幅扩增的基因)基因拷贝数。假定对照DNA中的GRB7拷贝数为2。根据100% SKBR3 gDNA样本中的GRB7基因拷贝数以及SKBR3 gDNA与对照基因组DNA的混合比例计算以87.5%、75%、50%、25%和12.5%比例混合的样本中预计的GRB7拷贝数。
Performance

使用real-time PCR在DNA样本中进行拷贝数变化检测时,两个因素很关键:real-time PCR分析的表现和对DNA起始量的可靠标准化。在qBiomarker Copy Number PCR Array上的每个qBiomarker Copy Number PCR Assay都经湿法验证,有几个因素影响real-time PCR结果的准确性:特异性、宽动态范围和统一的高扩增效率。分析质量的实验室验证确保qBiomarker Copy Number PCR Assays获得可靠结果。

qBiomarker Copy Number PCR Assays可准确鉴定细胞学方法发现含有染色体畸变的细胞系中的非整倍体。检测X染色体上的ARMECP2,可准备定量含有1、2、3、4拷贝X染色体细胞系的基因拷贝数。

qBiomarker Copy Number PCR Arrays使用qBiomarker Multicopy Reference Copy Number PCR Assay (MRef)对DNA起始量进行优良的标准化。单拷贝参照基因(如RNase P)在癌细胞系中会产生不可靠的标准化。相比起来,MRef分析可提供准确的标准化,产生更可靠地结果。总之,对芯片上的每个qBiomarker Copy Number PCR Assay的实验室验证,以及MRef分析提供的优良的DNA起始量标准化,可确保准确、可靠地结果。

Principle

每个qBiomarker Copy Number PCR Array含有一组qBiomarker Copy Number PCR Assays,分析一套严格筛选的的通路或疾病相关的GOIs或ROIs。每次分析都重复四次,以提高统计分析时拷贝数结果的准确性。芯片有96孔板、384孔板和Rotor-Disc规格。96孔板芯片Rotor-Disc芯片各含有一个样本24个基因(23个靶基因和MRef)的4次重复,或是一个样本96个基因(95个靶基因和MRef)的4次重复。

所有qBiomarker Copy Number PCR Assays都设计在基因组的独特区域。每个芯片都含有一个多拷贝参照分析,即qBiomarker Multicopy Reference Copy Number PCR Assay (MRef)。参照分析检测人体基因组中出现超过40次的稳定序列,其拷贝数不会受自身基因组变化影响或影响很小。检测包含参照分析可运用ΔΔCT法对特定靶标进行准确的拷贝数分析或相对拷贝数变化分析。

qBiomarker Copy Number PCR Array的规格和操作流程的简便性使常规的拷贝数分析可在任何有real-time PCR仪的实验室进行。

Procedure
完成qBiomarker Copy Number PCR Array操作流程的第一步是从新鲜或冷冻样本中分离基因组DNA,或是从福尔马林固定石蜡包埋切片中提取DNA(推荐使用QIAGEN QIAamp DNA Mini Kit或FFPE Tissue Kit)。如果DNA样本量很少,从新鲜或冷冻组织中提取的DNA可使用QIAGEN REPLI-g UltraFast Kit统一扩增。将DNA与合适的qBiomarker SYBR® Green Mastermix混合后,等体积加入到同一qBiomarker Copy Number PCR Array孔板的每个孔中,孔板含有预分配的位点特异性引物分析。使用real-time PCR确定特定样本的拷贝数状态,使用ΔΔCT法将检测样本与参照基因组对比进行分析。在芯片体系构建之前可选择性进行DNA样本质量控制步骤。
Applications

qBiomarker Copy Number PCR Arrays非常适合准确分析一套通路或疾病相关基因的拷贝数改变或变化。

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仪器技术参数 (2)
For profiling copy number variation and alterations
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For gene expression and genomic analysis
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试剂盒操作手册 (1)
For real-time PCR-based copy number alteration and variation analysis
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