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miScript miRNA PCR Arrays

使用miScript PCR System对miRNA进行基于SYBR® Green法的real-time PCR分析

  • 灵敏和特异性的进行miRNA谱分析
  • 分析信号通路和疾病相关的miRNAs或全miRNA组
  • 免费提供在线工具,方便进行数据分析
miScript miRNA PCR Arrays是成熟miRNA的特异性正向引物(miScript Primer Assays),可对生物相关的信号通路和全miRNA组平台进行分析。作为miScript PCR System的一部分,miScript miRNA PCR Arrays用于miRNA定量检测。miScript II RT Kit配合miScript HiSpec Buffer得到的cDNA作为real-time PCR的模板,配合miScript miRNA PCR Array和miScript SYBR Green PCR Kit使用。

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miScript miRNA PCR Arrays适用于分子生物学应用。该产品不适用于疾病的诊断、预防或治疗。


0
按照信号通路或miRNome排列的miScript miRNA PCR Array布局。
A1至G12孔(1–84)分别含有一种针对通路/疾病/功能相关的成熟miRNA的miScript Primer Assay。H1和H2孔含有重复的C. elegans miR-39 miScript Primer Assay,也可用作芯片数据的标准化(Ce)。H3至H8孔分别含有一种针对不同snoRNA/snRNA的分析,可用作芯片数据的标准化对照(SN1=SNORD61 assay,SN2=SNORD68 assay,SN3=SNORD72 assay,SN4=SNORD95 assay,SN5=SNORD96A assay,SN6=RNU6B/RNU6-2 assay)。H9和H10孔含有重复的逆转录对照(miRTC)。H11和H12孔含有重复的阳性PCR对照(PPC)。
1
miRNome miScript miRNA PCR Array和miScript miRNA HC PCR Array的孔板E、G布局
A1至P12孔(1–372)分别含有一种针对通路/疾病/功能相关的成熟miRNA的miScript Primer Assay。P13和P14孔含有重复的C. elegans miR-39 miScript Primer Assay,也可用作芯片数据的标准化(Ce)。P15至P20孔分别含有一种针对不同snoRNA/snRNA的分析,可用作芯片数据的标准化对照(SN1=SNORD61 assay,SN2=SNORD68 assay,SN3=SNORD72 assay,SN4=SNORD95 assay,SN5=SNORD96A assay,SN6=RNU6B/RNU6-2 assay)。P21和P22孔含有重复的miRTC miScript Primer Assay(miRTC)。P23和P24孔含有重复的阳性PCR对照(PPC)。
2
Pathway-Focused miScript miRNA PCR Array的E、G规格孔板布局。
E和G形式的Pathway-Focused miScript miRNA PCR Array中包括与96孔A、C、D和F形式中相同的试剂,每种试剂重复4个。
3
miScript miRNA PCR Array的Rotor-Disc转子布局。
1至84孔分别含有一种针对通路/疾病/功能相关基因的miScript Primer Assay。85和86孔含有重复的C. elegans miR-39 miScript Primer Assay,也可用作芯片数据的标准化(Ce)。87至92孔分别含有一种针对不同snoRNA/snRNA的分析,可用作芯片数据的标准化对照(SN1=SNORD61 assay,SN2=SNORD68 assay,SN3=SNORD72 assay,SN4=SNORD95 assay,SN5=SNORD96A assay,SN6=RNU6B/RNU6-2 assay)。93和94孔含有重复的miRTC miScript Primer Assay(miRTC)。95和96孔含有重复的阳性PCR对照(PPC)。97–100孔为空。
4
miScript miRNA QC PCR Array的A、C、D、F规格孔板布局。
每排的1和2孔含有重复的C. elegans miR-39 miScript Primer Assay(39)。每排的3孔含有miR-16 miScript Primer Assay(16)。每排的4孔含有miR-21 miScript Primer Assay(21)。每排的5孔含有miR-191 miScript Primer Assay(191)。每排的6至8孔分别含有一种针对不同snoRNA的分析(61 = SNORD61 assay,95 = SNORD95 assay,96A = SNORD96A assay)。每排的9和10孔含有重复的miRTC miScript Primer Assay(miRTC)。每排的11和12孔含有重复的阳性PCR对照(PPC)。上述形式可实现至多8个cDNA样本的质量评估。
6
miScript miRNA QC PCR Array的Rotor-Disc转子布局。
1和2孔含有重复的C. elegans miR-39 miScript Primer Assay。3孔含有miR-16 miScript Primer Assay。4孔含有miR-21 miScript Primer Assay。5孔含有miR-191 miScript Primer Assay。6至8孔分别含有一种针对不同snoRNA的分析(6孔 = SNORD61 assay,7孔 = SNORD95 assay,8孔 = SNORD96A assay)。9和10孔含有重复的miRTC miScript Primer Assay(miRTC)。11和12孔含有重复的阳性PCR对照(PPC)。13至96孔重复上述排列7次。97至100孔为空。上述形式可实现至多8个cDNA样本的质量评估。
7
全miRNA组谱分析。
从采用± 5-氮杂-2'-脱氧胞苷(5-aza-2'-dC)去甲基试剂处理的HCT 116结直肠癌细胞中提取总RNA。该试剂通过掺入DNA并与DNA甲基转移酶的活性位点共价结合,不可逆地抑制DNA甲基转移酶介导的甲基化反应。使用miScript II RT Kit及miScript HiSpec Buffer制备cDNA。Human miRNome miScript miRNA PCR Array与miScript SYBR® Green PCR Kit结合使用,通过real-time PCR进行成熟miRNA的表达谱分析。使用在线miScript miRNA PCR Array Data Analysis Tool进行数据分析。[A] 2-ΔCT值散点图显示,2种样本中成熟miRNA的表达水平存在明显差异。[B] 火山图显示了调控miRNA(以±4倍为阈值,并以红线表示)。在5-aza-2'-dC处理的HCT 116细胞中,104种miRNA出现明显上调,30种明显下调。当p值为0.05时(以蓝线表示),104种miRNA中的89种上调明显,30种miRNA中的21种下调明显。
8
对血清或血浆中的游离miRNA表达进行分析,发现潜在的新生物标记物。
散点图显示了使用miScript miRNA PCR Array,健康血清样本和结肠癌血清样本的混合RNA中的相对miRNA表达水平。
Performance
发现血清或血浆样本中的生物标记

以信号通路为主的miScript miRNA PCR Arrays的检测范围不断扩大,可发现生物过程中miRNAs的作用。使用QIAGEN专有的方法,可选择miScript miRNA PCR Arrays的量,确保芯片时时更新且与生物研究息息相关。目前miRNA研究领域突出的是血清或血浆样本中的miRNAs检测。近期发现血清和血浆中的胞外miRNAs相对稳定,研究集中在miRNA水平的变化,可作为一系列疾病研究的潜在非侵入性生物标记。设计Serum & Plasma miScript miRNA PCR Array,可快速分析84个与血清和血浆最具相关性的miRNAs(参见"Analysis of expression of circulating miRNAs in serum or plasma")。

单个cDNA样本完成所有miRNomes分析

除了用于信号通路研究的miScript miRNA PCR Arrays,还有及时更新的miRNome miScript miRNA PCR Arrays用于包括人类、小鼠、大鼠和狗等多个物种。使用不到1 µg RNA即可快速分析人类的所有miRNome(参见"Whole miRNome profiling")。miScript miRNA PCR Array中的每个引物都是经过实验验证的,确保使用real-time PCR高灵敏度、高特异性检测成熟miRNA。

Principle

miScript PCR System配合SYBR Green-based real-time PCR,高灵敏度、高特异性进行miRNA定量检测和分析。可以完成从RNA中合成cDNA及后续的real-time PCR检测miRNAs涉及的所有步骤。

使用miScript PCR System分析成熟miRNA,需要以下组件:

  • miScript II RT Kit,可简单、单步合成cDNA。单个cDNA合成反应可用于检测数以百计的miRNAs。双缓冲体系满足使用real-time PCR进行miRNA定量的独特要求。
  • miScript SYBR Green PCR Kit,包含QuantiTect SYBR Green PCR Master Mix和反向引物miScript Universal Primer,配合miScript Primer Assay或miScript miRNA PCR Array进行miRNAs检测。
  • miScript miRNA PCR Array,前沿的miScript miRNA PCR Arrays包含成熟miRNA的特异性正向引物(miScript Primer Assays),用于miRNome平台及生物相关的、以信号通路为主的平台。
Procedure
使用miScript miRNA PCR Arrays进行miRNA表达分析简单、可靠。首先,使用miScript HiSpec Buffer配合miScript II RT Kit制备cDNA。然后,加入cDNA预混物、miScript Universal Primer、QuantiTect SYBR Green PCR Master Mix和不含RNase的纯水到miScript miRNA PCR Array。接着,运行real-time PCR循环仪,进行反应。最后,使用miScript miRNA PCR Array Data Analysis Tool分析数据。
miScript miRNA PCR Array板布局

miScript miRNA PCR Arrays适用于96孔板、384孔板或Rotor-Disc 100孔盘三种规格(参见"Pathway-Focused or miRNome miScript miRNA PCR Array layout for plate formats A, C, D, F"、"Pathway-Focused miScript miRNA PCR Array layout for plate formats E, G"、"384HC and miRNome miScript miRNA PCR Array layout for plate formats E, G"和"miScript miRNA PCR Array layout for Rotor-Disc format R")。 每个芯片都包含几个对照检测,检测目的见表。

miScript miRNA PCR Arrays对照检测
对照 目的
C. elegans miR-39 miScript Primer
Assay
使用外源标准Syn-cel-miR-39 miScript miRNA Mimic,得到可供选择的标准化数据
6 snoRNA/snRNA miScript Primer
Assays (miScript PCR Controls)
使用相对定量的ΔΔCT方法得到标准化数据
miRNA reverse transcription control
(miRTC)
评估逆转录性能
Positive PCR control (PPC) 评估PCR性能

有关上述对照的更多信息,参见miScript miRNA PCR Array Handbook

miScript miRNA QC PCR Array板布局

miScript miRNA QC PCR Arrays使用real-time PCR进行多个cDNA样本的质量评估。提供96孔板、384孔板或Rotor-Disc 100三种规格(如需更多信息,参见miScript miRNA PCR Array Handbook)。每个miScript miRNA QC PCR Array包含在miScript miRNA PCR Array上进行对照检测的副孔。96孔板和Rotor-Disc 100规格为至多8个cDNA样本提供质量对照。384孔板规格为至多32个cDNA样本提供质量对照。

miScript miRNA PCR Array Data Analysis Tool

在线提供关于miScript miRNA PCR Arrays的即用型数据分析软件,操作方便。每个miScript miRNA PCR Array带有一个专有的数据分析工具。一旦输入原始CT值,该分析工具即可自动分析PCR对照,使用∆∆CT方法进行相对定量。通过多种格式显示结果,可快速解读数据。

Applications

miScript miRNA PCR Arrays是miScript PCR System产品线的一部分,适用于:

  • 分析疾病或信号通路相关的miRNA
  • 全miRNA组分析
  • 生物标记物发现

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