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Custom qBiomarker Copy Number PCR Arrays

用于定制分析拷贝数变化和改变

  • 在real-time PCR仪上进行定制的拷贝数分析
  • 经湿法验证
  • 整合的多拷贝对照,用于标准化
  • 免费的即用型数据分析工具

Custom qBiomarker Copy Number PCR Arrays用于检测您选择的一组基因组位点的拷贝数,每次可检测200个碱基对,可覆盖人类全基因组。Custom qBiomarker Copy Number PCR Arrays十分适合验证SNP芯片或验证acGH数据,提供孔板规格,或Rotor-Disc转子规格。

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Custom qBiomarker Copy Number PCR Arrays

Custom panels of copy number assays in 96-well, 384-well, or Rotor-Disc formats

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Custom qBiomarker Copy Number PCR Arrays适用于分子生物学应用。该产品不适用于疾病的诊断、预防或治疗。


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qBiomarker Copy Number PCR Arrays工作流程。
从不同研究样本中提取DNA,包括细胞、组织、血液和福尔马林固定及石蜡包埋(FFPE)的样本。加入DNA至qBiomarker SYBR® Mastermix,吸取1份样本至1个芯片中。每个芯片反应板包含23或95个位点特异性的分析及一个qBiomarker Multi-Copy Reference Copy Number PCR Assay,每个基因包括四个重复样本。在您的real-time PCR仪上运行反应板,并使用免费的基于网络的数据分析工具进行数据分析。
1
qBiomarker Copy Number PCR Array,96孔板规格。
您可自定义96孔板的拷贝数分析,包括四个重复的MRef分析。
2
qBiomarker Copy Number PCR Array,384孔板规格。
您可自定义384孔板的拷贝数分析,包括MRef分析。
3
qBiomarker Copy Number PCR Array,100孔Rotor-Disc转子规格。
Rotor-Disc转子用于Rotor-Gene系列real-time PCR仪,您可自定义拷贝数分析,包括四个重复的MRef分析。
4
qBiomarker Copy Number Assay可准确鉴别非整倍体。
qBiomarker Copy Number Assay以X染色体上的AR为靶点,利用它检测包括1个拷贝(XY,Coriell NA13619)、2个拷贝(XX,Coriell NA01921)、3个拷贝(XXX,Coriell NA03623)和4个拷贝(XXXX,Coriell NA11226)X染色体的4个细胞系DNA。在此之前,利用细胞遗传学方法鉴别染色体畸变。采用靶向人基因组中稳定的多拷贝区域的对照分析对DNA总量进行标准化。利用ΔΔCT方法计算基因拷贝数,使用XX(Coriell NA01921)作为2拷贝对照。采用该分析检测各样本,每个样本包括四次重复反应,并进行t检验。
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qBiomarker Copy Number Assay可准确鉴别非整倍体。
qBiomarker Copy Number Assay以X染色体上的MECP2为靶点,利用它检测包括1个拷贝(XY,Coriell NA13619)、2个拷贝(XX,Coriell NA01921)、3个拷贝(XXX,Coriell NA03623)和4个拷贝(XXXX,Coriell NA11226)X染色体的4个细胞系DNA。在此之前,利用细胞遗传学方法鉴别染色体畸变。采用靶向人基因组中稳定的多拷贝区域的对照分析对DNA总量进行标准化。利用ΔΔCT方法计算基因拷贝数,使用XX(Coriell NA01921)作为2拷贝对照。采用该分析检测各样本,每个样本包括四次重复反应,并进行t检验。
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RNase P和其他单拷贝基因不适合用作样本的参考基因。
带有扩增和/或缺失的基因组DNA样本,例如肿瘤DNA,需要用户验证其单拷贝参考基因,以确保参考基因本身未发生拷贝数变化。测量RNase P在两种常见癌症细胞系中的相对拷贝数,表明了多拷贝参考基因分析的优势。使用qBiomarker Multi-Copy Reference Copy Number PCR Assay作为DNA样本的标准化对照,采用ΔΔCT方法,对两个乳腺癌细胞系(SKBR3和MCF)中的正常基因组DNA拷贝数的RNase P绝对平均拷贝数进行测量。参考基因组DNA的正常基因组中RNase P绝对平均拷贝数为2。SKBR3和MCF中的RNase P拷贝数有明显变化,表明该参考基因不适于作这些样本的标准化参考基因。
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MRef可作为拷贝数检测的理想参考。
将肿瘤细胞系DNA(SKBR3)与参考基因组DNA(Promega)以不同比例混合(100%, 87.5%, 75%, 50%, 25%, 12.5%, 和0% SKBR3细胞),使用MRef(顶部)或RNase P(底部)作为参考基因,检测混合样本的GRB7(该基因在SKBR3中明显增多)基因拷贝数。在87.5%, 75%, 50%, 25%和12.5%的混合样本中,GRB7基因拷贝数的预期值通过GRB7在100%的SKBR3 gDNA样本中的拷贝数、SKBR3 gDNA和参考基因组DNA的混合比例计算获得。
Performance

使用real-time PCR在DNA样本中进行拷贝数变化检测时,两个因素很关键:real-time PCR分析的表现和对DNA起始量的可靠标准化。在Custom qBiomarker Copy Number PCR Array上的每个qBiomarker Copy Number PCR Assay都经湿法验证,有几个因素影响real-time PCR结果的准确性:特异性、宽动态范围和统一的高扩增效率。分析质量的实验室验证确保qBiomarker Copy Number PCR Assays获得可靠结果。

qBiomarker Copy Number PCR Assays可准确鉴定细胞学方法发现含有染色体畸变的细胞系中的非整倍体。检测X染色体上的ARMECP2,可准备定量含有1、3、4拷贝X染色体细胞系的基因拷贝数。

Custom qBiomarker Copy Number PCR Arrays使用qBiomarker Multicopy Reference Copy Number PCR Assay (MRef)对DNA起始量进行出色的标准化。单拷贝参照基因(如RNase P)在癌细胞系中会产生不可靠的标准化。相比起来,MRef分析可提供准确的标准化,产生更可靠地结果。总之,对芯片上的每个qBiomarker Copy Number PCR Assay的实验室验证,以及MRef分析提供的优良的DNA起始量标准化,可确保准确、可靠的结果。

Principle

每个Custom qBiomarker Copy Number PCR Array含有一组qBiomarker Copy Number PCR Assays,分析一套严格筛选的的通路或疾病相关的GOIs或ROIs。每次分析都重复四次,以提高统计分析时拷贝数结果的准确性。芯片有96孔板384孔板Rotor-Disc转子规格,可满足您的实验需求。

所有qBiomarker Copy Number PCR Assays都设计在基因组的独特区域。每个芯片都含有一个多拷贝参照分析,即qBiomarker Multicopy Reference Copy Number PCR Assay (MRef)。参照分析检测人体基因组中出现超过40次的稳定序列,其拷贝数不会受自身基因组变化影响或影响很小。检测包含参照分析可运用ΔΔCT法对特定靶标进行准确的拷贝数分析或相对拷贝数变化分析。

qBiomarker Copy Number PCR Array的规格和操作流程的简便性使常规的拷贝数分析可在任何有real-time PCR仪的实验室进行。

Procedure

完成qBiomarker Copy Number PCR Array操作的第一步是从新鲜或冷冻样本中分离基因组DNA,或是从福尔马林固定石蜡包埋切片中提取DNA(推荐使用QIAGEN QIAamp DNA Mini Kit或FFPE Tissue Kit)。如果DNA样本量很少,从新鲜或冷冻组织中提取的DNA可使用QIAGEN REPLI-g UltraFast Kit统一扩增。将DNA与合适的qBiomarker SYBR® Green Mastermix混合后,等分后加入到同一qBiomarker Copy Number PCR Array孔板的每个孔中,孔板含有预分配的位点特异性引物。使用real-time PCR确定特定样本的拷贝数状态,使用ΔΔCT法将检测样本与参照基因组对比进行分析。在芯片体系构建之前可选择性进行DNA样本质量控制步骤。

Applications

Custom qBiomarker Copy Number PCR Arrays十分适合于对客户选择的一组基因进行准确的拷贝数变异分析,例如SNP或aCGH数据验证。

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试剂盒操作手册 (1)
For real-time PCR-based copy number alteration and variation analysis
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