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Custom Microbial DNA qPCR Arrays

real-time PCR方法的微生物鉴定或分析
  • 用于分析用户自选的一组微生物基因或物种分析试剂
  • 含有多个高度灵敏和特异性的Microbial DNA qPCR Assays
  • 多种孔板布局供您选择,满足您的实验需求
Custom Microbial DNA qPCR Array含有用户自选的微生物检测产品,用于检测微生物物种或微生物基因。
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Custom Microbial DNA qPCR Array
Array plates and master mix for detection of a user-defined set of microbial species or genes
330161 330161

Custom Microbial DNA qPCR Arrays适用于分子生物学应用。该产品不适用于疾病的诊断、预防或治疗。


0
Microbial DNA qPCR Arrays的线性扩增与灵敏度。
使用从1个拷贝至100万个拷贝的梯度稀释的合成模板,确定了所有Microbial DNA qPCR Array的线性扩增与灵敏度。以下是所有qPCR检测试剂的代表性结果。[A]显示了KPC抗生素耐药性基因qPCR的real-time扩增曲线。[B]中为引物结合效率为103%的对应标准曲线(斜率为–3.3236),相关系数为0.9983,表明KPC的qPCR试剂性能出色。所有Microbial DNA qPCR Assays的引物结合效率都在80–120%之间,且相关系数(R)大于0.995。
1
检测阈限与最低定量阈限。
本图显示了检测阈限(LOD)与最低定量阈限之间的不同。LOD是指可检出95%的阳性样本时的最低模板浓度,而LLOQ是指在标准曲线线性范围内的最低模板浓度。LOD取决于引物、探针与模板的准确结合,需要至少40个重复才能检测为阳性样本 。Microbial DNA qPCR Assays的LLOQ足以确保检测的灵敏性。
2
各种Microbial DNA qPCR Assays的LLOQ都能确保检测灵敏性高。
本图显示了各种Microbial DNA qPCR Assays的LLOQ分布。93%的Microbial DNA qPCR Assays的LLOQ小于100个基因拷贝。
3
微生物鉴定Microbial DNA qPCR Assays的LLOQ能够确保检测灵敏性高。
本图显示了微生物鉴定Microbial DNA qPCR Assays的LLOQ。其中92%的LLOQ都小于100个基因拷贝。
4
毒力因子检测Microbial DNA qPCR Assays的LLOQ能够确保检测灵敏性高。
本图显示了毒力因子检测Microbial DNA qPCR Assays的LLOQ。其中97%的LLOQ都小于100个基因拷贝。
5
抗生素抗性基因检测Microbial DNA qPCR Assays的LLOQ能够确保检测灵敏性高。
本图显示了抗生素抗性基因检测Microbial DNA qPCR Assays的LLOQ。其中95%的LLOQ都小于100个基因拷贝。
6
Microbial DNA qPCR Assays的特异性高。
对119个来自不同细菌和真菌的基因组DNA样本进行了检测,以确定Microbial DNA qPCR Assays的特异性。混合来自不同种类微生物的基因组DNA(每个混合物包含10个不同的基因组DNA样本),使用该产品检测不同的混合物。各个混合物中含有来自同一属的DNA,以便辨别交叉反应物种。各个混合物中每个微生物物种的基因组拷贝数为2000。此外,用该产品的各类别检测了人类、大鼠和小鼠的基因组DNA。图中显示:Streptococcus pyogenes的CT值为26.9,Staphylococcus/Streptococcus混合样本和多物种混合样本的CT值为26.6 [A]。两种混合物都含有Streptococcus pyogenes的基因组DNA。对Staphylococcus/Streptococcus混合样本中的各基因组DNA分别进行检测,以确定Streptococcus pyogenes assay检测的是哪种基因组DNA[B]。只有Streptococcus pyogenes的CT值为26.8,其他的CT值都大于35。多数检测未检测非靶标基因,特异性高。对于可检测其他物种的产品,产品说明页中列出了电脑预测的其他检测靶标。
7
Microbial DNA qPCR Assays对于复杂样本也具有高灵敏性。
复杂样本中可能含有上千种不同物种的微生物,为确保Microbial DNA qPCR Assays检测复杂样本时的性能表现,使用各个类型的该产品检测了粪便、牙菌斑、以及痰样本。对于每种样本,都在反应液中加入了合成的模板靶标,仅将CT值与合成模板相对比。对几种类型的样本进行PCR反应,其中包括混合的合成模板、粪便、粪便和混合的合成模板、菌斑、菌斑和混合的合成模板、痰、痰和混合的合成模板。如果粪便、菌斑或痰样本的CT<35,则计算ΔCT(如,CT粪便 + 混合合成模板 – CT混合合成模板)。对所有类型的该产品都进行如此计算。ΔCT<3表示复杂的基因组信息并未干扰Microbial DNA qPCR Assay的表现。
8
通过焦磷酸测序验证Antibiotic Resistance Genes Microbial DNA qPCR Array的特异性。
通过焦磷酸测序技术,验证Antibiotic Resistance Genes Microbial DNA qPCR Array(货号BAID-1901Z)对克雷伯肠杆菌分离物的检测结果,检测SHV-156G、SHV-156D、SHV-238G240E、SHV-238S240K、SHV-238S240E、SHV-238G240K、ermB、mefA、tetA、tetB、CTX-M-1 Group、CTX-M-2 Group、AAC(6′)-lb-cr和aadA1基因是否存在,及其序列信息。Antibiotic Resistance Genes Microbial DNA qPCR Array检测的所有克雷伯肠杆菌分离物的结果都通过焦磷酸测序验证。图中所示为[A] SHV-156G、[B] SHV-238/240、[C] KPC和[D] CTX-M-1 group的代表性Pyrogram图。Antibiotic Resistance Gene Microbial DNA qPCR Array可靠的区分了SHV基因的多种变异,分辨出不同位点发生的单核苷酸多态性。
9
Microbial DNA qPCR Arrays能够获得可重复性结果。
本实验目的为确定同一实验员和不同实验员使用Microbial DNA qPCR Array的检测是否具有可重复性。实验中使用分离自带式过滤机滤饼过滤的污水样本的500 ng基因组DNA。将其上样至Antibiotic Resistance Genes Microbial DNA qPCR Array(货号BAID-1901Z)。为确定同一实验人员检测的可重复性,同一实验员分别在两天,进行了两次PCR芯片实验,每个实验重复四次。为确定不同实验人员检测的可重复性,两位实验员分别进行PCR芯片实验,每个实验重复四次。结果显示同一实验员和不同实验员的qPCR芯片实验差别较小。
10
Vaginal Flora Microbial DNA qPCR Array能够准确分析子宫颈拭子样本。
阴道微生物是影响女性泌尿生殖系统健康的关键因素。为研究阴道细菌性阴道炎使微生物发生了哪些变化,使用Vaginal Flora Microbial DNA qPCR Array(货号BAID-1902Z)检测了健康个体和细菌性阴道炎患者的子宫颈拭子样本。该芯片产品能够检测多达90种不同物种的微生物。在Vaginal Flora Microbial DNA qPCR Array上对来自三位细菌性阴道炎检测结果阴性的女性、三位Candida阳性的患者、三位Garderella vaginalis阳性的患者、和一位Trichomonas vaginalis阳性的患者(以上结果均为使用BD Affirm™ VPIII Microbial Identification Test的检测结果)的阴道拭子样本进行了分析。使用QIAGEN的QIAamp MinElute Media Kit从ThinPrep样本中分离基因组DNA,每个样本取500 ng基因组DNA进行分析。在Roche LightCycler 480上进行PCR实验,将获得的原始CT值导入Microbial DNA qPCR数据分析软件。通过鉴定标准确定每个微生物物种的阳性(+)/阴性(空白)/不确定(+/-)结果。Vaginal Flora Microbial DNA qPCR Array的检测结果与BD Affirm VPIII Microbial Identification Test一致。
11
与健康样本相比,Gardnerella vaginalis阳性的样本显示出共生细菌和细菌性阴道炎相关的微生物的变化。
为对比健康女性和患细菌性阴道炎的女性的阴道微生物组有何不同,将Vaginal Flora Microbial DNA qPCR Array检测为Gardnerella vaginalis阳性的所有样本,与健康女性的样本进行对比(n=3)。采用ΔΔCT方法计算微生物物种丰度的变化倍数,使用人类基因组DNA作为标准。结果显示,尽管Gardnerella vaginalis的相对丰度升高,共生物种Lactobacillus crispatus的丰度却降低了。Gardnerella vaginalis的丰度升高与其他细菌性阴道炎相关的微生物物种的增多有关。这表明,Lactobacillus crispatus能够抵御细菌性阴道炎相关的微生物物种。
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Microbial DNA qPCR Array能够筛查内脏中微生物是否存在抗生素耐药性基因。
人类肠道中的微生物存在抗生素耐药性基因,而这些微生物可能转化为潜在的致病细菌。为检测肠道微生物中是否存在抗生素耐药性基因,采集五位健康的成人的粪便样本,使用QIAGEN的QIAamp DNA Stool Mini Kit分离基因组DNA。每个样本取500 ng基因组DNA,使用Antibiotic Resistance Genes Microbial DNA qPCR Array(货号BAID-1901Z)分析抗生素耐药性基因。Antibiotic Resistance Genes Microbial DNA qPCR Array含有可分析83种抗生素耐药性基因的试剂,可检测耐甲氧西林Staphylococcus aureus和对照。全部或多数的受检测粪便样本中检测出ErmB、mefA和tetA基因,说明其在肠道中数量较多。这些抗生素耐药性基因可由食物中的细菌株系分离获得,表明耐药性基因的可能来源。这充分说明监测抗生素耐药性基因的重要性,以发现潜在的抗生素耐药性细菌。
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Antibiotic Resistance Genes Microbial qPCR Array检测污水样本中的抗生素耐药性基因。
污水处理厂产生的生物污泥含有大量抗生素耐药性基因,这些基因来自粪便中的微生物。污水处理厂的产物可能会被填埋处理,或售出用作农业肥料;而抗生素耐药性细菌则可能因此再次进入食物链。为确定市政处理的生物污泥中抗生素耐药性基因的种类,通过带式过滤机滤饼过滤污水样本获得基因组DNA,使用Antibiotic Resistance Genes Microbial qPCR Array(货号BAID-1901Z)分析其中是否存在抗生素耐药性基因。将原始CT值导入数据分析软件,依据鉴定标准进行分析。图[A]为污水样本的检测结果。样本中含有不同耐药性的14种抗生素耐药性基因。此外,有些基因的检测结果不确定。为检测这些不确定结果中是否存在抗生素耐药性基因,依据“进一步检测Microbial DNA qPCR Array/Assay检测中的不确定结果”实验方案,检测SHV、ACT-1 group、MIR和LAT是否存在[B]。该验证实验方案得出结果:该污水样本中存在这些基因。这充分显示了监测抗生素耐药性基因的重要性,以发现可能影响食物链的抗生素耐药性细菌来源。
Performance
线性扩增与动态范围
Microbial DNA qPCR Assays可对10至106个拷贝的DNA模板进行符合现行规律的扩增(参见Linearity and sensitivity of Microbial DNA qPCR Assays)。

最低定量阈限(LLOQ)
LLOQ是指在标准曲线线性范围内的最低模板浓度(参见Limit of detection versus lower limit of quantification)。所有Microbial DNA qPCR Assays中的93%具有低至100个基因拷贝的LLOQ(参见The LLOQ for all Microbial DNA qPCR Assays reveals high sensitivity)。该系列产品中的92%微生物鉴定产品能达到这一LLOQ,95%的毒力因子检测产品和97%的抗生素耐药性基因检测产品能达到这一LLOQ(参见The LLOQ for microbial identification Microbial DNA qPCR Assays reveals high sensitivityThe LLOQ for virulence gene detection Microbial DNA qPCR Assays reveals high sensitivityThe LLOQ for antibiotic resistance gene detection Microbial DNA qPCR Assays reveals high sensitivity)。

特异性
所有Microbial DNA qPCR Assay都经过严格检验,确保能够灵敏检测某一物种或基因(参见Microbial DNA qPCR Assays are highly specific)。对于能够检测一种以上五种或基因的产品,产品说明页上附有电脑预测可检测靶标的列表。

即便样本中存在多种物种,该试剂盒仍有极高的检测特异性,此类样本包括粪便、痰和菌斑(参见Microbial DNA qPCR Assays display high sensitivity even in complex metagenomic samples);其特异性可通过测序验证(参见Specificity of the Antibiotic Resistance Genes Microbial DNA qPCR Array is confirmed by pyrosequencing)。


可重复性
同一实验员和不同实验员使用Microbial DNA qPCR Assays进行多次检测,都具有可重复性(参见Microbial DNA qPCR Arrays generate reliably reproducible results)。 
Principle
Microbial DNA qPCR Assays在进行物种检测时,可检测细菌的16S rRNA基因和真菌核糖体rRNA基因序列;采用PCR扩增引物和水解探针,检测毒力因子基因和抗生素耐药性基因。

Custom Microbial DNA qPCR Arrays为96孔板或384孔板规格,用户可自选微生物检测产品,根据您的实验需求设计孔板布局。例如,您可订购96孔板规格,以及用于2个样本的、每样本48组检测试剂,或用于8个样本的、每样本12组检测试剂。每个孔板都含有多种对照,用于检测是否存在真菌DNA、细菌DNA、宿主基因组DNA,以及监测PCR反应是否成功,确保获得可靠结果。
Procedure
Microbial DNA qPCR Assay的实验流程简单,能够在各种实验室real-time PCR仪上使用。使用适用于该类型样本的QIAamp试剂盒从样本中分离DNA,然后使用与PCR仪相应的Microbial qPCR Mastermix构建PCR反应体系。将混合液等分后加入孔板各孔,然后进行real-time PCR,获得每孔的原始CT值。然后使用免费的数据分析软件,分析样本中的基因或微生物物种。
Applications
Custom Microbial DNA qPCR Arrays可进行快速、准确的微生物物种鉴定、毒力因子基因或抗生素耐药性基因分析,客户可自选试剂。例如,我们的实验专家定制了一组微生物物种鉴定试剂,用于研究细菌性阴道炎的致病原因(参见The Vaginal Flora Microbial DNA qPCR Array provides accurate profiling for cervical swab samplesVaginal samples positive for Gardnerella vaginalis also show changes in commensal and bacterial vaginosis-related microbes compared to healthy samples)。而另一组试剂可分析肠道或污水样本中的抗生素耐药性基因(参见The Microbial DNA qPCR Array screens gut microbiota for the presence of antibiotic resistance genesThe Antibiotic Resistance Genes Microbial DNA qPCR Array identified antibiotic resistance genes in sewage samples)。

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