每次对单个基因进行高效RNAi分析

  • 经济高效的siRNA,方便分析更多基因
  • 为每个基因优化的方案
  • 创新的设计最大可能减小脱靶效应
  • 在GeneGlobe可方便的检索并订购siRNA
FlexiTube siRNA可对少量基因进行经济高效的RNAi分析。人类、小鼠和大鼠基因的siRNA提供5 nmol或20 nmol两种规格,对于人类和小鼠基因还有更经济的1 nmol规格可供选择。

FlexiTube GeneSolution含有4条预选的siRNA,用于特定靶基因(各1 nmol)。FlexiTube GeneSolution使用多个siRNA研究一个靶基因,确保结果的可靠性。FlexiTube siRNA和FlexiTube GeneSolution使用创新的HP OnGuard siRNA设计,详情请参见QIAGEN GeneGlobe。

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FlexiTube siRNA (1 nmol)
1 nmol siRNA delivered in tubes
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5 nmol siRNA delivered in tubes
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20 nmol siRNA delivered in tubes
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FlexiTube siRNA (20 nmol)
20 nmol siRNA with modification options delivered in tubes
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FlexiTube GeneSolution
siRNA GeneSolution details
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The FlexiTube siRNA is intended for molecular biology applications. This product is not intended for the diagnosis, prevention, or treatment of a disease.
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Performance
性能保证

FlexiTube siRNA承诺提供一次性更换。如果订购了同一靶基因的多条FlexiTube siRNA,且至少2条未表现≥70%的基因抑制,QIAGEN将提供2条免费的额外siRNA,仅限一次。用户需要提供支持数据,以证明在适宜的转染条件下,siRNA未能成功地在mRNA水平抑制≥70%的靶基因。支持数据需要包括转染率数据,定量沉默数据以及≥70%的阳性对照抑制数据。该承诺自发货之日起6个月内有效。

数千条实验验证的siRNA

数千条人类siRNA已经通过real-time RT-PCR验证,表现出至少70%的基因抑制。关于这些siRNA验证实验的详细信息和抑制水平信息,请参见GeneGlobe网站。这些经验证的siRNA均来自由QIAGEN科学家完成的世界最大规模的siRNA验证项目。如需该项目更多信息,请参见Krueger, U. et al. (2007) Insights into Effective RNAi Gained from Large-Scale siRNA Validation Screening. Oligonucleotides 17, 237.

领先的siRNA设计

QIAGEN在siRNA设计中的进步性,确保其高度创新且精良的HP OnGuard siRNA Design,能提供高效特异的siRNA。根据来自RNAi试验的数据建立极大容量的数据库,并在此基础上利用神经网络技术进行siRNAs设计,然后使用先进的、非冗余序列数据库和同源分析工具,检查该序列与同一基因组内其他序列的同源性。HP OnGuard siRNA Design具有许多独特先进的特性(见下表)。

HP OnGuard siRNA Design特性
特性描述 参考
神经网络技术 使用BioPredsi神经网络设计siRNA,依托于极大的RNAi数据库。 1-3
全球最大的siRNA验证项目 该项目提供的数据使设计过程更完善,QIAGEN科学家已通过成千上万的siRNA确认其效能。该项目证实大量药用基因组siRNA功能至少有70%可被抑制。 4
同源性分析 该分析使用专用工具以及最新的,非冗余序列数据库。
Affymetrix基因芯片分析 基因组范围siRNA设计的创新性发展最大程度减少脱靶效应。
最新的siRNA靶序列 NCBI数据库的最新数据确保设计的准确性。
不对称性 对siRNA的设计基于5’端碱基对的不等稳定性,使得有义链被降解的同时,反义链在5’端的结合度降低而进入RISC。利用不对称性可制备高度可用的siRNA,且大大降低了错误链进入RISC而导致脱靶效应的风险。 5, 6
3' UTR/seed区域分析 使用智能加权分析,多参数搜索与非目的靶标mRNA3’非编码区相匹配的siRNA反义链的源区域。 7-12
SNP位点屏蔽 采用RefSNP数据库排除单核苷酸多态(SNP)的siRNA,由于这种siRNA有效性不同从而提高了siRNA的效果。
干扰素序列屏蔽 屏蔽掉可导致干扰素反应的多重序列基序siRNA,弃用含有这种基序的siRNA。 13, 14
1. Huesken, D. et al. (2005) Design of a genome-wide siRNA library using an artificial neural network. Nat. Biotechnol. 23, 995.
2. Mukherji, M. et al. (2006) Genome-wide functional analysis of human cell-cycle regulators. Proc. Natl. Acad. Sci. 103, 14819.
3. Matveeva, O. et al. (2007) Comparison of approaches for rational siRNA design leading to a new efficient and transparent method. Nucleic Acids Res. 35, e63.
4. Krueger, U. et al. (2007) Insights into effective RNAi gained from large-scale siRNA validation screening. Oligonucleotides 17, 237.
5. Aza-Blanc, P. et al. (2003) Identification of modulators of TRAIL-induced apoptosis via RNAi-based phenotypic screening. Mol. Cell 12, 627.
6. Schwarz, D.S. et al. (2003) Asymmetry in the assembly of the RNAi enzyme complex. Cell 115, 199.
7. Farh, K.K. et al. (2005) The widespread impact of mammalian microRNAs on mRNA repression and evolution. Science 310, 1817.
8. Grimson, A. et al. (2007) MicroRNA targeting specificity in mammals: determinants beyond seed pairing. Mol. Cell 27, 91.
9. Jackson, A.L. et al. (2003) Expression profiling reveals off-target gene regulation by RNAi. Nat. Biotechnol. 21, 635.
10. Lewis, B.P., Burge, C.B., and Bartel, D.P. (2005) Conserved seed pairing, often flanked by adenosines, indicates that thousands of human genes are microRNA targets. Cell 120, 15.
11. Lim, L.P. et al. (2005) Microarray analysis shows that some microRNAs downregulate large numbers of target mRNAs. Nature 433, 769.
12. Saxena, S., Jónsson, Z.O., and Dutta, A. (2003) Small RNAs with imperfect match to endogenous mRNA repress translation. Implications for off-target activity of small inhibitory RNA in mammalian cells. J. Biol. Chem. 278, 44312.
13. Judge, A.D., Sood, V., Shaw, J.R., Fang, D., McClintock, K., and MacLachlan, I. (2005) Sequence-dependent stimulation of the mammalian innate immune response by synthetic siRNA. Nat Biotechnol. 23, 457.
14. Hornung, V. et al. (2005) Sequence-specific potent induction of IFN-alpha by short interfering RNA in plasmacytoid dendritic cells through TLR7. Nat Med. 11, 263. 
3' UTR/seed区域分析

研究表明siRNA反义链源区域与非目的靶标mRNA3’非编码区的匹配(见表),可能导致脱靶效应。siRNA双链的反义链上的2-7位是源区域,包括6个碱基。由于siRNA可模拟miRNA的作用,类似的匹配会促进非靶标mRNA的减少。使用QIAGEN设计的siRNA,与源自miRNA,siRNA和鼠RefSeq数据库的3’非编码区专利产品相配合,可对3’UTR/seed区进行分析研究。将每个siRNA与这些序列比对,检查任何可能导致miRNA类脱靶效应的同源序列。

siRNA源区域所有6个碱基与无关靶标3’非编码区序列完全匹配是常见情况,且无需除去这种siRNA。更罕见的是siRNA序列中出现源区域与10个或更多碱基同源匹配的情况,这种同源性很有可能导致脱靶效应,而这些siRNA可能因为与非靶标基因表现出更高的同源性而被弃用。

对于一些靶位点,很难选择到完全非同源性的siRNA。对于这种情况,非相关基因的EntrezGene ID可能是GeneGlobe提供的siRNA的非靶标基因。对这种类型同源性的关注并不意味这些基因一定会受到siRNA的影响,然而如有必要,后续分析中可以认定上述基因为潜在的非靶标基因。

Principle

FlexiTube siRNA提供冻干粉形态的siRNA,最小订购规格为1 nmol(最少订购4条siRNA),经济实用,还提供5 nmol和20 nmol的规格。

FlexiTube GeneSolution是针对特定基因的最佳解决方案

只需将详细的人类或小鼠基因信息输入GeneGlobe网站,即可获得适合目标基因的高效RNAi解决方案。搜索结果将显示FlexiTube GeneSolution,每个基因推荐4条1 nmol的siRNA。已发表的文献推荐进行重复性实验,以确保RNAi实验结果(Echeverri, C.J. et al. (2006) Minimizing the risk of reporting false positives in large-scale RNAi screens. Nat. Methods. 3, 777; Echeverri, C.J. and Perrimon, N. (2006) High-throughput RNAi screening in cultured cells: a user’s guide. Nature Reviews Genetics 7, 373)的准确性。在重复性实验中,使用靶定同一mRNA不同区域的不同siRNA来降低脱靶效应。siRNA交叉沉默转录物的具体型可能诱导脱靶表现型。由于该表现型直接来源于siRNA序列,因此不同序列siRNA共享同一序列来源脱靶效应的可能性非常低。使用多个不同siRNA确认一个表现型,以证实siRNA特异性的方法易于使用,且十分可靠。使用FlexiPlate GeneSolution可开展人类和小鼠基因的重复性实验。QIAGEN推荐对每个基因使用siRNA,如此则实验所需的最佳解决方案将触手可及。

提供siRNA的完整序列信息

所有siRNA序列信息在购买siRNA时均免费附赠。完整序列信息可用于实验结果分析和抑制验证。如有需要,siRNA序列信息可用于研究报告中。

修饰选择

FlexiTube siRNA的20 nmol规格可提供标记,包括Alexa Fluor、荧光素、罗丹明、Cy3和Cy5染料,或氨基酸接头、硫代接头和磷酸盐修饰等修饰选择。

Procedure

对于低通量和高通量siRNA转染,分别推荐使用HiPerFect Transfection Reagent和HiPerFect HTS Reagent。

Applications

FlexiTube siRNA和FlexiTube GeneSolution是分析少量靶基因的理想产品,适用于功能基因组学和通路分析。

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FAQs
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