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EpiTect Methyl II Custom qPCR Arrays

使用MethylScreen技术分析用户定义基因的DNA甲基化状态
  • 经实验验证的real-time PCR引物
  • 即用于DNA甲基化分析
  • 少于30分钟的手动操作时间
  • 无需亚硫酸氢盐转化
  • 适用于人体、小鼠或大鼠样本

EpiTect Methyl II Custom qPCR Arrays允许用户自定义基因列表,专为您的特定基因量身设计。该产品可发现距离所选靶基因最近的预测CpG位点或其他不同的甲基化区域,用来确定所需的real-time PCR检测。严格的PCR引物验证及生产质量控制确保可靠的检测性能。可使用基因组DNA甲基化引物设计需要的EpiTect Methyl II qPCR Arrays。EpiTect Methyl II Custom qPCR Arrays使用的MethylScreen技术是经Orion Genomics, LLC认证的。

Cat No./ID: 335112
EpiTect Methyl II Custom PCR Arrays
For methylation analysis of a custom panel of human, mouse, or rat genes in 96-well or 384-well plates

EpiTect Methyl II Custom qPCR Arrays适用于分子生物学应用。该产品不适用于疾病的诊断、预防或治疗。


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EpiTect Methyl II PCR Assay检测异构样品中的甲基化。
使用系列稀释的SKBR3基因组DNA和外周血白细胞基因组DNA检测分析灵敏度。使用Human HIC1 DNA EpiTect Methyl II PCR Primers,检测到的相对于起始DNA总量的甲基化HIC1的比例低至6%。HIC1基因的启动子在癌细胞中被甲基化,而在正常细胞中未甲基化。
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与亚硫酸氢盐Sanger测序对比。
使用EpiTect Methyl II PCR Assays 亚硫酸氢盐Sanger测序对CDH13启动子区域的甲基化进行分析。根据EpiTect Methyl II PCR Assay操作手册中实验流程完成EpiTect Methyl II PCR Assays。在亚硫酸氢盐测序中,基因组DNA被亚硫酸氢盐转化,使用基因特异性、不依赖于甲基化的引物进行扩增,序列中包含用于EpiTect Methyl II PCR Assay的扩增子区域。PCR产物被纯化后进行亚克隆;每个细胞系中的每个基因取16个克隆进行测序。
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EpiTect Methyl II PCR Array System实验流程。
系统取决于两种不同限制性核酸内切酶对靶标序列的不同切割。qPCR可同时分析94个靶标的甲基化状态。SEC和DEC是对照,用于监测限制性消化酶的酶活性。
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筛选DNA甲基化的生物标记物。
图中展示的是6个乳腺癌细胞系和一个正常上皮细胞系的79个转录因子基因的甲基化状态。这些结果表明,控制细胞分化的转录因子的异常表达对癌变至关重要,转录因子可能是肿瘤抑制因子,EpiTect Methyl II PCR Arrays可确定新的DNA甲基化生物标记物。
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EpiTect Methyl II PCR Array规格。
Custom EpiTect Methyl II PCR Arrays具有灵活的规格,适应于多种实验设计,包括检测多个样本的同一位点,和检测同一样本的96个不同位点的甲基化。
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EpiTect Methyl II PCR Arrays获得的数据可遇BeadChip平台获得数据相媲美。
对MCF-7细胞进行EpiTect Methyl II PCR Array和Illumina Infinium Human Methylation 27 BeadChip实验。如图所示22个基因的代表性分析。为更好对比,EpiTect Methyl PCR Array的结果转化成平均beta值,0表示完全未甲基化,1表示完全甲基化。
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EpiTect Methyl II PCR Assay检测结果图释。
EpiTect Methyl II PCR Assays and Arrays可提供未甲基化(UM)和甲基化(M)相对于DNA加入量的比例,检测基因甲基化状态。这些例子中,横杠代表一个基因组的一个基因的靶标区域。生物样本通常含有来自多个细胞类型的多个基因组;在此描述了五个基因组。浅色和深色圆圈分别代表未甲基化和甲基化CpG位点。在例2中,一个基因的靶标区域在五个基因组中的两个中含有两个或多个CpG位点。因此,EpiTect Methyl II PCR Assay数据显示这个基因60%未甲基化,40%甲基化。
Performance
EpiTect Methyl II Custom PCR Arrays灵敏度高(参见"EpiTect Methyl II PCR Assay detects methylation in heterogeneous samples")。结果与亚硫酸氢盐测序的甲基化分析结果具有可比性(参见"Comparison with bisulfite Sanger sequencing"),非常适合基因组范围的甲基化分析研究验证(参见"EpiTect Methyl II PCR Arrays generate data comparable to that from BeadChip platforms")。EpiTect Methyl II Custom qPCR Arrays非常适合生物标记物的发现研究(参见"EpiTect Methyl II PCR Arrays discover new candidate breast cancer DNA methylation biomarkers")。
Principle

基因表达过程中,DNA甲基化至关重要,以独有的CpG二核苷酸形式存在,即甲基残留与胞嘧啶残留共价结合。CpG岛是一个GC含量丰富和CpG二核苷酸高频出现的区域,与人类基因60–70%的启动子区域重叠。基因启动子CpG岛的超甲基化多数与基因沉默有关。

EpiTect Methyl II qPCR Array体系,配合MethylScreen技术,使用2个不同的限制性内切酶剪切靶序列,这些酶的活性要求在各自的识别序列中存在或不存在甲基化胞嘧啶。Real-time PCR确定限制性酶切后残留的DNA的量(参见"EpiTect Methyl II PCR Array procedure"),同时简单可靠计算单个基因的甲基化状态和对多个基因进行甲基化分析(参见"Pictorial explanation of results")。同时使用限制性酶切和PCR扩增,能够分析更少量、更多异源性的样本。

使用QIAGEN专有的生物信息学算法选择启动子CpG岛,可呈现最优的定制基因甲基化状态。严格的湿法PCR引物验证和质控生产确保CpG岛特异性分析具有高特异性和高扩增效率。配合RT2 SYBR® Green qPCR Mastermix,EpiTect Methyl II Custom qPCR Arrays的检测性能具有可靠性。

EpiTect Methyl II Custom qPCR Arrays可同时进行基因启动子的DNA甲基化分析。提供96和384孔板两种规格,可分析至多24或96个相关研究领域基因的甲基化状态。只需选择所需基因和孔板规格(参见"EpiTect Methyl qPCR Array formats"),然后联系我们。

Procedure

首先,加入等量的基因组DNA样本到EpiTect Methyl DNA II Restriction Kit,构建四种不同的限制性酶切:模拟(Mo)、甲基敏感(Ms)、甲基依赖(Md)和双甲基敏感(Msd)。酶切和热灭活后,使用RT2 SYBR Green qPCR Mastermix混合酶切产物,等分至EpiTect Methyl II qPCR Array的相应孔中,在real-time PCR仪上运行推荐的循环程序即可。

使用仪器上的软件确定CT值,用于表征每个基因特异性分析的酶切产物。然后,将得到的值粘贴到符合芯片规格的Excel数据表格,计算超甲基化DNA百分比。

Applications
EpiTect Methyl II PCR系列产品是创新的研究工具,用于:

  • 甲基化模式分析
  • 验证基因组内甲基化分析结果
  • 发现癌症和干细胞生物标记物
  • 毒理学和流行病学筛查
  • 表征基因表达调控
  • 表观遗传学DNA甲基化分析

此外,EpiTect Methyl II PCR Arrays也可配合RT2 Profiler PCR Arrays和Assays用于研究基因表达变化的调节机制。