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EpiTect ChIP qPCR Arrays

用于免疫共沉淀实验中对基因组合进行定量检测

  • 同步分析84个通路特异基因
  • 每个阵列所需细胞数低至100万个
  • 简化的流程,即用于大多数扩增仪

EpiTect ChIP qPCR Arrays采用免疫共沉淀法(ChIP)沉淀基因组DNA,可同时研究DNA和蛋白质相互作用。EpiTect ChIP qPCR Arrays中含有仔细挑选的基因组合,代表了表观遗传学调控的信号通路或疾病状态。

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EpiTect ChIP qPCR Arrays适用于分子生物学应用。该产品不适用于疾病的诊断、预防或治疗。


1
不同DNA量、仪器和操作条件都能得到高度可重复的PCR结果。
所有实验重复三次。来自MCF-7细胞(每个样本一百万个)的染色质与anti-RNA Polymerase II (Pol 2)抗体进行ChIP实验,再对GAPDH最近启动子和ORF-free区域(IGX1A)进行real-time PCR分析。用户A和用户B分别使用96孔板或384孔板规格在Stratagene Mx3005或ABI 7900 real-time PCR仪器上进行PCR实验。使用保存了图示时间的相同ChIP DNA样本。结果显示,不同技术的重复实验、不同批次、仪器和操作都能得到高度可重复的PCR结果。
Performance

使用SYBR® Green-based real-time PCR 技术,EpiTect ChIP qPCR Arrays表现出高灵敏度、高特异性和可重现性。

可重现性

完整的EpiTect ChIP qPCR Array系统在技术重复、批次及仪器上都表现出高度可重现性。这种一致性能保证可靠检出生物样品间基因组DNA沉淀物的差异(参见"Consistent intra- and inter-plate performance"和"Consistent performance with different amounts of DNA, instruments, or handling conditions")。

特异性、准确性ChIP-qPCR检测

ChIP qPCR array检测技术的前提是均一、高效的PCR扩增效率,允许待测基因组DNA ChIP沉淀物之间相互比较。专利化ChIP-PCR引物设计法则、经实验严格验证的EpiTect ChIP qPCR Assay及高性能的RT2 SYBR® Green Mastermix联合使用,保证了EpiTect ChIP qPCR Arrays的高性能(参见"Uniform amplification efficiency and specific PCR detection")。

Principle

基因表达调节要求基因组DNA与蛋白如转录因子、转录辅激活因子、辅阻遏物及经修饰的组蛋白之间的相互作用动态可控。核染质免疫共沉淀(ChIP)是一种重要的方法,可用于研究发现新的体内蛋白和DNA间的结合及对已知体内蛋白和DNA间的结合速度及强度进行研究。实验最后的化学交联作用共价捕获并冻结蛋白和DNA相互作用。采用声波降解法将染色质剪接成大小可控制的片段用于灵敏检测特定基因组DNA序列。标准的免疫共沉淀法靶向目标蛋白及与其结合的DNA。交联逆转及DNA纯化后对特定序列进行real-time PCR检测,随后对蛋白结合DNA定量。

EpiTect ChIP qPCR Arrays代表了生物功能及疾病状态相关性基因组区域的集中组合。每个孔中的靶标序列特异性分析都有专门的计算方法以解决基因组DNA序列所呈现的困难。每一个阵列都经实验验证扩增效率高且专门用于经优化的SYBR Green-based real-time PCR 分析。与相应的RT2 SYBR Green qPCR Mastermix配合使用能保证EpiTect ChIP qPCR Arrays的性能

EpiTect ChIP PCR Arrays适用于96孔板及384孔板,用于监测靶蛋白与84个不同的疾病或通路相关性基因的基因位点之间的结合。每一个阵列均包含了蛋白特异性免疫沉淀法所需的阳性及阴性对照,还包含了一般PCR反应所需的对照。

可用的阵列规格

EpiTect ChIP qPCR Arrays具有以下规格:

  • EpiTect ChIP qPCR Array Format A: 96孔板包含干燥的qPCR引物分析和Optical Thin-Wall 8-Cap
  • EpiTect ChIP qPCR Array Format C: 96孔板包含干燥的qPCR 引物分析和Optical Adhesive Film
  • EpiTect ChIP qPCR Array Format D: 96孔板包含干燥的qPCR 引物分析和Optical Thin-Wall 8-Cap Strips
  • EpiTect ChIP qPCR Array Format E: 384孔板包含干燥的qPCR引物分析、Optical Adhesive Film及384EZLoad Covers
  • EpiTect ChIP qPCR Array Format F: 96孔板包含干燥的qPCR引物分析和Optical Adhesive Film
  • EpiTect ChIP qPCR Array Format G: 384孔板包含干燥的qPCR引物分析、Optical Adhesive Film及384EZLoad Covers
Procedure

分别将内源性DNA片段、特异性抗体、IgG对照及ChIP DNA片段与相应的即用型RT2 SYBR Green qPCR Mastermix混合,将片段分成等体积放入各自板上的孔中,然后用推荐的real-time PCR循环程序进行分析。

数据分析基于∆CT法以计算特异性抗体及对照ChIP DNA片段与内源性DNA片段的聚集百分率获得原始数据。易于使用的的Excel数据分析模板使分析过程简化。

Applications
EpiTect ChIP qPCR Arrays可用于肿瘤、免疫、干细胞、毒理研究,生物标记物的开发及验证。EpiTect ChIP qPCR Arrays也可和RT² Profiler PCR Arrays和Assays用于研究基因表达变化的调节机制。EpiTect ChIP qPCR Arrays适用于分析ChIP共沉淀基因组序列、转录因子、辅调控因子、经修饰或未修饰的组蛋白及其他DNA结合蛋白。

EpiTect ChIP qPCR Arrays还可高效应用于:

  • 识别疾病生物标记物
  • 表征信号转导通路
  • 检查转录调控
  • 检测表观遗传变化
  • 验证ChIP-on-chip和ChIP-Seq数据

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