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EpiTect ChIP Custom qPCR Arrays

用于免疫共沉淀实验中对用户选择的基因组合进行定量检测

  • 适用于各种96或384孔规格的定量PCR仪
  • 验证ChIP-on-chip和ChIP-Seq数据
  • 研究多个转录因子结合位点

EpiTect ChIP Custom qPCR Arrays采用免疫共沉淀法(ChIP)沉淀用户选择的基因组DNA,可同时研究DNA和蛋白质相互作用。分析同一转录因子的多个基因特异性结合位点、多个基因近端启动子的组蛋白密码、或整个基因启动子的多个转录因子的组蛋白密码或结合位点。

Cat No./ID: 334111
EpiTect ChIP Custom qPCR Array
96-well plate or 384-well plate containing assays, film or cap strips

EpiTect ChIP Custom qPCR Arrays适用于分子生物学应用。该产品不适用于疾病的诊断、预防或治疗。


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监测不同的组蛋白修饰。
抗修饰组蛋白(H3Ac, H3K4me2, H3K27me3)的EpiTect ChIP抗体或Control IgG (NIS;非免疫血清)用于从一百万个HeLa细胞中沉淀染色质。使用EpiTect ChIP Custom qPCR Array分析每个ChIP DNA组分,分析CDKN1A基因启动子区域30个1 kb长度的片段。结果显示,在CDKN1A转录起始位点(TSS)周围的基因组区域中,有转录活性基因(H3Ac and H3K4me2)的组蛋白标记会富集,而无转录活性基因(H3K27me3)的组蛋白标记不会富集。
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不同孔板间和同一孔板不同反应孔间具有反应稳定性。
使用EpiTect ChIP OneDay Kit将HeLa细胞(20 µg)的超声染色质与2 µg anti-H3ac抗体或对照IgG进行2小时的免疫共沉淀。使用EpiTect ChIP qPCR Assays对获得的ChIP DNA样本进行三次重复的检测,特异性分析活性基因(GAPDH, RPL30, ALDOA)、无活性基因(MYOD1, SERPINA)、重复序列(SAT2, SATa)和ORF-free区域(IGX1A),并检测相同实验孔板或不同实验孔板,以评估孔板内和孔板间的一致性。anti-H3ac抗体可富集活性基因启动子区域的基因组DNA,不管分析类型如何(孔板内或孔板间),都有高信噪比和低变异系数(小于2.02%)。
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不同DNA量、仪器和操作条件都能得到高度可重复的PCR结果。
所有实验重复三次。来自MCF-7细胞(每个样本一百万个)的染色质与anti-RNA Polymerase II (Pol 2)抗体进行ChIP实验,再对GAPDH最近启动子和ORF-free区域(IGX1A)进行real-time PCR分析。用户A和用户B分别使用96孔板或384孔板规格在Stratagene Mx3005或ABI 7900 real-time PCR仪器上进行PCR实验。使用保存了图示时间的相同ChIP DNA样本。结果显示,不同技术的重复实验、不同批次、仪器和操作都能得到高度可重复的PCR结果。
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一致的扩增效率,PCR检测具有特异性。
从基因组引物库中随机挑选一组96 EpiTect ChIP qPCR Assays进行分析。上部:所有分析的平均扩增效率为99%,CI平均为104.5%,在102.5–105.2%之间。统一的高扩增效率确保使用ΔCT法同时准确分析多个基因组位点。下部:使用解离(熔解)曲线和琼脂糖凝胶分析实验验证每个EpiTect ChIP qPCR Assay。在高于75ºC 的熔解温度(Tm)下只有一个解离曲线峰,表明EpiTect ChIP qPCR Array上的每个EpiTect ChIP qPCR Assay都产生一个特异性产物,进一步琼脂糖凝胶分析也验证预期大小处只有一种产物。
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EpiTect ChIP Custom qPCR Array规格。
Performance

使用SYBR® Green-based real-time PCR 技术,EpiTect ChIP qPCR Arrays表现出高灵敏度、高特异性和可重现性。

可重现性

完整的EpiTect ChIP qPCR Array系统在技术重复、批次及仪器上都表现出高度可重现性。这种一致性能保证可靠检出生物样品间基因组DNA沉淀物的差异(参见"Consistent intra- and inter-plate performance"和"Consistent performance with different amounts of DNA, instruments, or handling conditions")。

特异性、准确性ChIP-qPCR检测

ChIP qPCR Array检测技术的前提是统一、高效的PCR扩增效率,允许待测基因组DNA ChIP沉淀物之间相互比较。专利化ChIP-PCR引物设计法则、经实验严格验证的EpiTect ChIP qPCR Assay及高性能的RT2 SYBR® Green Mastermix联合使用,保证了EpiTect ChIP qPCR Arrays的高性能(参见"Uniform amplification efficiency and specific PCR detection")。

分析整个基因启动子的组蛋白编码

EpiTect ChIP Custom qPCR Arrays的应用之一是监测基因的不同组蛋白修饰。EpiTect ChIP Custom qPCR Array可快速绘制CDKN1A基因转录起始位点(TSS)附近的组蛋白修饰图谱(参见"Monitoring of differential histone modifications")。

Principle

基因表达调节要求基因组DNA与蛋白如转录因子、转录辅激活因子、辅阻遏物及经修饰的组蛋白之间的相互作用动态可控。核染质免疫共沉淀(ChIP)是一种重要的方法,可用于研究发现新的体内蛋白和DNA间的结合及对已知体内蛋白和DNA间的结合速度及强度进行研究。实验最后的化学交联作用共价捕获并冻结蛋白和DNA相互作用。采用声波降解法将染色质剪接成大小可控制的片段用于灵敏检测特定基因组DNA序列。标准的免疫共沉淀法靶向目标蛋白及与其结合的DNA。交联逆转及DNA纯化后对特定序列进行real-time PCR检测,随后对蛋白结合DNA定量。

EpiTect ChIP Custom qPCR Array含有一套优化的real-time PCR引物分析,可根据特定研究目的定制相关基因,在96孔板或384孔板分析体内蛋白和DNA相互作用。EpiTect ChIP Custom qPCR Arrays使用的EpiTect ChIP qPCR Assays是基因组范围、实验室验证的real-time PCR工具,用于分析人体、小鼠和大鼠样本的启动子区域。EpiTect ChIP Custom qPCR Array进行的ChIP DNA分析具有real-time PCR的灵敏度以及ChIP-on-chip的多基因组位点分析能力。可在real-time PCR仪上以96孔板或384孔板的形式,同时分析多个基因组位点和样本。与相应的RT2 SYBR Green qPCR Mastermix配合使用能保证EpiTect ChIP Custom qPCR Arrays的性能。

完全定制芯片

EpiTect ChIP Custom qPCR Arrays可选一系列96孔板和384孔板规格(参见"EpiTect ChIP Custom qPCR Array formats")。也可选其他不同规格。请咨询获得更多信息以及订购。EpiTect ChIP Custom qPCR Arrays从订单确定到制造、实验室验证并运输,这个过程需要2–3周。

Procedure

分别将内源性DNA片段、特异性抗体、IgG对照及ChIP DNA片段与相应的即用型RT2 SYBR Green qPCR Mastermix混合,将片段分成等体积放入各自板上的孔中,然后用推荐的real-time PCR循环程序进行分析。

数据分析基于∆CT法以计算特异性抗体及对照ChIP DNA片段与内源性DNA片段的聚集百分率获得原始数据。易于使用的的Excel数据分析模板使分析过程简化。

Applications

EpiTect ChIP qPCR Arrays可用于癌症、免疫学、干细胞和毒理学的研究、以及生物标志物的发现和验证,也可用于基因表达变化的调控机制研究。EpiTect ChIP Custom qPCR Arrays能够可靠分析和转录因子、共调节因子、经修饰或未修饰的组蛋白和其他DNA结合蛋白相关的基因组序列。

EpiTect ChIP Custom qPCR Arrays也可高效的应用于:

  • 识别疾病生物标记物
  • 表征信号转导通路
  • 检查转录调控
  • 检测表观遗传变化
  • 验证ChIP-on-chip和ChIP-Seq数据