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EpiTect Bisulfite Kits

亚硫酸氢盐的完全转化和DNA回收,用于甲基化分析

  • 简化的流程,获得快速、可靠的结果
  • 胞嘧啶完全转化
  • 独特的DNA保护体系,用于高度敏感的分析
  • 优化的试验方案可处理FFPE组织样本DNA
  • 离心柱和高通量96孔板方式
EpiTect Bisulfite Kit可在6小时内将DNA 序列中非甲基化的胞嘧啶完全转化为尿嘧啶。EpiTect 96 Bisulfite操作时间少于7小时。高灵敏度的方法采用全新的保护机制防止DNA降解,确保即使是1 ng的DNA也可获得灵敏的结果,转化率可高达99%。得益于独特的DNA保护技术,EpiTect Bisulfite转化后DNA高度适用于EpiTect Whole Bisulfitome Kits转化后全基因组扩增。因此可在转化后DNA量较少的情况下确保可靠的扩增。EpiTect Bisulfite Kits包括离心柱或96孔板形式的扩增和脱磺酸基过程,确保快速可靠的实验结果用于下游应用。两个试剂盒都可用于离心机或真空装置,另外,EpiTect Bisulfite Kit可在QIAcube全自动核酸纯化仪上全自动运行。
Cat No./ID: 59104
EpiTect Bisulfite Kit (48)
48 EpiTect Bisulfite Spin Columns, Reaction Mix, DNA Protect Buffer, Carrier RNA, Buffers
Cat No./ID: 59110
EpiTect 96 Bisulfite Kit (2)
2x EpiTect Bisulfite 96-well Plates, Reaction Mix, DNA Protect Buffer, Carrier RNA, Buffers

EpiTect Bisulfite Kits适用于分子生物学应用。该产品不适用于疾病的诊断、预防或治疗。


0
长期储存的DNA。
使用EpiTect Kits制备的亚硫酸氢盐转化DNA在–20°C下保存36个月,在几个时间段进行扩增。不同DNA量在不同时间点获得的阈值周期值都与新转化DNA(时间点为0)相当。
1
高效的胞嘧啶转化。
通过6个独立的EpiTect Bisulfite PCR反应(每个1 μg DNA)进行扩增,使用QIAGEN PCR Cloning Kit进行克隆,对获得的超过900个克隆进行测序。测序的450,000个核苷酸中有超过150,000个从未甲基化的胞嘧啶残基(DNA 1)被转化成尿嘧啶残基(DNA 2)。胞嘧啶转化成尿嘧啶的转化率达99.4–99.8%。展示的序列式总序列中的一小部分。DNA 1:未处理DNA;DNA 2:转化DNA。
2
完全的胞嘧啶转化。
根据操作指南,使用EpiTect Bisulfite Kit或其他供应商(Supplier E和Supplier Z)的亚硫酸氢盐转化试剂盒转化1 μg基因组DNA。然后,检测每个样本中未转化DNA的量,检测方法是[A]使用HotStarTaq Plus Master Mix Kit进行终点法PCR和[B]使用QuantiTect SYBR® Green PCR Kit进行SYBR® Green法real-time PCR。EpiTect Bisulfite Kit处理的DNA完全被转化,而使用Suppliers E和Z的试剂盒处理的DNA有很大比例的未转化DNA。
3
独特的DNA Protect Buffer和pH值指示体系。
[A]在亚硫酸氢盐处理DNA时,DNA Protect Buffer可避免DNA片段化,便于单链DNA的形成,确保完全的亚硫酸氢盐转化。[B]DNA Protect Buffer中的pH指示剂使反应混合可视化,确保获得完全胞嘧啶转化所需的正确pH值。
4
对FFPE组织样本进行甲基化检测。
使用QIAamp DNA Mini Kit从FFPE组织样本中分离DNA,再使用EpiTect Bisulfite Kit按照FFPE组织实验方案转化DNA(1 µg)。从40 μl洗脱液中取1 μl进行[A]终点法PCR和[B] TaqMan探针法real-time PCR。都检测在转化DNA中特异的Glutathione S-Transferase基因。每个应用中,未转化的基因组DNA(对照)未被扩增。
5
EpiTect Bisulfite Conversion实验方案。
6
快速、便利的亚硫酸氢盐转化。
使用QIAamp DNA Blood Mini Kit从血液中纯化人类基因组DNA,使用EpiTect Bisulfite Kit转化不同量DNA(1 ng – 1 µg)。使用HotStarTaq Master Mix Kit进行PCR,设计2对引物扩增转化DNA。每个PCR反应取5 µl上样到1.3%琼脂糖凝胶上。使用EpiTect Bisulfite Kit可转化少至1 ng DNA。C: 未处理的基因组DNA(阴性对照)M: 分子量标准。
7
省时的实验流程。
完整的EpiTect Bisulfite Kit离心或真空操作流程(从DNA到用于分析的纯化亚硫酸氢盐转化DNA)只需不到6小时。传统的亚硫酸氢盐转化流程需要超过18小时,且需要繁琐的实验操作。
8
表观遗传学研究的标准工作流程。
  
Performance
快速得到实验结果

完整的EpiTect离心和真空过程只需6小时,包括从DNA到待分析的亚硫酸氢盐转化后的高纯DNA。EpiTect 96 Bisulfite操作时间少于7小时。传统的亚硫酸氢盐转化过程需要18个小时,且需要大量的操作(参见"快速简单的亚硫酸氢盐转化"和"Time saving procedure")。EpiTect Bisulfite Kit为成功进行亚硫酸氢盐转化和DNA回收提供所需的全部试剂。

快速简单的亚硫酸氢盐转化
EpiTect流程 传统流程
反应构建 10分钟;预制溶液 40分钟;需反应构建
亚硫酸氢盐转化 5小时 16小时
纯化 30–45分钟; EpiTect离心柱或孔板 120分钟;纯化、脱璜、沉淀和洗涤
完全的DNA转化

每个EpiTect Bisulfite Kit可以相同的效率转化低至1 ng到2 µg DNA。全新的实验步骤和优化的缓冲液可回收得到高产量的转化DNA。当通过real-time PCR扩增经转化的DNA时,低CT值的实验结果显示了高效的胞嘧啶转化(参见"Complete cytosine conversion")。对转化的DNA的分析显示,EpiTect Bisulfite Kit可转化超过99%的非甲基化的胞嘧啶(参见"Highly efficient cytosine conversion")。高转化率确保了高重复性和可靠的下游分析结果。

Principle
特殊样本的亚硫酸氢盐转化

从珍稀样本和少量样本(如:福尔马林固定、FFPE石蜡包埋或显微切割组织)中确定甲基化模式,由于DNA的量很少,实验尤其困难。但是这些样本类型是成功鉴定有价值的疾病,预测生物标记物的专门研究对象。 EpiTect Bisulfite Kit 为这些类型的样本提供优化的操作流程,从而解决了难题(参见"Methylation detection from FFPE tissue samples")。该试剂盒含有实验所需的全部缓冲液和试剂,只需少量的手动操作。

对于从FFPE样本、细胞、血液及组织中直接进行亚硫酸氢盐转化而无需预先分离DNA,我们推荐使用EpiTect Plus FFPE Bisulfite Kit和EpiTect Plus LyseAll Bisulfite Kit。

防止DNA降解

DNA保护缓冲液采用独特的配方,防止DNA过度降解(在高温、低pH值条件下使用亚硫酸氢盐处理DNA时经常出现严重的DNA降解),并实现有效的DNA变性,从而产生完全转化为胞嘧啶时所需的单链DNA(参见"Unique DNA Protect Buffer and pH indicator system")。防止DNA降解的发生可以保证后续大PCR片段的扩增和分析(参见"Fast and easy bisulfite conversion")。DNA保护缓冲液含有PH指示剂染料,从而可保证用于胞嘧啶转化的正确的pH条件。有效的完整DNA回收可保证转化后的DNA至少保存12个月而不影响DNA的质量(参见"Long-term DNA storage")。

Procedure

EpiTect Bisulfite操作流程基于QIAGEN简单直接的结合、洗涤和洗脱体系,仅需几个简单的步骤(参见"Conversion procedure")。DNA经过热变性和亚硫酸氢盐转化后,被上样到EpiTect离心柱或96孔板上,使用优化的缓冲液和标准化的离心步骤或真空装置,洗去所有的亚硫酸氢钠并洗脱DNA。洗脱的DNA可用于各种下游应用,如:甲基特异性PCR、real-time PCR分析、亚硫酸氢盐转化后测序(bisulfite sequencing)、结合亚硫酸氢盐的限制性内切酶法分析(COBRA)和焦磷酸测序(Pyrosequencing)。

表观遗传学信息对于生物医学研究(尤其是肿瘤学)、干细胞研究以及发育生物学等领域都非常重要。但是分析DNA甲基化的变化目前仍具有挑战性,因为缺乏标准化的方法可从有限的样本中得到可重现性的数据。QIAGEN推出新的表观遗传学解决方案,使样本分析前处理到分析整个过程实现标准化,即从DNA样本收集、稳定和纯化,到亚硫酸氢盐转化和real-time或终点式PCR甲基化分析或测序(参见"Standardized workflows in epigenetics")。

Applications

经EpiTect Bisulfite Kit转化和纯化的DNA适用于多种下游应用,如:

甲基化特异性PCR 、real-time PCR
结合亚硫酸氢盐的限制性内切酶法分析(COBRA) 
测序/焦磷酸测序(Pyrosequencing)/NGS
高分辨率熔解
甲基化芯片
Features
Specifications
应用 Multiplex PCR, real-time PCR, sequencing
转化效率 99.4–99.8%
洗脱体积 Varies
规格 Spin column and 96-well plate
处理 Manual (spin and vacuum)
样本量 1–2 µg
样本类型 Blood, (FFPE) tissue, DNA samples
每次运行或制备时间 <6 hours (1-48 samples), ~ 7 hours (48-96 samples)
产量 Depends on input amount of purified genomic DNA used for conversion

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