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therascreen GIST RapidScreen Pyro Kit

适用于人KITPDGFRA基因突变的定量检测
  • 在几个小时内获得可靠且临床相关的突变状态结果
  • 与伊马替尼用量相关的KIT的第9外显子中的插入片段检测
  • 与伊马替尼抗性相关的PDGFRA的第18外显子突变检测
  • 与德国科隆的GIST reference center CIO共同研发
therascreen GIST RapidScreen Pyro Kit是一款分子检测试剂盒,适用于人KITPDGFRA基因突变的快速定量检测。该试剂盒包括基因扩增所需的酶、引物和试剂,以及在PyroMark Q24实时定量焦磷酸序列分析仪上采用焦磷酸测序技术对突变进行实时检测和定量的缓冲液、引物和试剂。
Cat No./ID: 971510
therascreen GIST RapidScreen Pyro Kit (24) CE
For 24 reactions on PyroMark Q24 Systems: Seq Primers, PCR Primers, Unmethylated Control DNA, PyroMark PCR Master Mix, CoralLoad Concentrate, PyroMark Binding Buffer, PyroMark Annealing Buffer, PyroMark Denaturation Solution, PyroMark Wash Buffer, Enzyme Mixture, Substrate Mixture, dATP[alpha]S, dCTP, dGTP, dTTP, and H2O

therascreen GIST RapidScreen Pyro Kit可在欧洲用于体外诊断。


Performance
使用质粒混合物测定各种突变的空白限(LOB)和检测限(LOD)(参见表格“特异性突变的LOB和LOD测定”)。参照临床和实验室标准化协会(CLSI)指南EP17 A“检测限和定量限测定实验方案;核准指南”中的建议,测定LOB和LOD。α错误和β错误(分别为假阳性和假阴性)设置为5%。在LOB值上加上3个空白测定值的标准差,确定PDGFRA第18外显子中的一些稀有缺失的LOD。LOD值至少高出LOB值3%。
LOB值表示野生型样本中测得的频率。LOD值表示可视作阳性突变的最低信号值(测得的频率)。

特定突变的LOB和LOD值
核酸替换 氨基酸替换 LOB (% units) LOD (% units) Cosmic ID* (v58)
KIT外显子9
1509_1510insGCCTAT Y503_F504insAY 1.9 4.9 1326
PDGFRA外显子18
2525A>T D842V 0.6 3.6 736
2524G>T D842Y 0.6 3.6 12396
2524_2535 del12

2526_2537 del12
D842_H845del

I843_D846del
2.2 5.2 737

96892
2527_2538 del12 I843_D846del† 3.0 5.0 12400
2528_2539 del12 I843_S847>T 4.2 7.2 12407
2530_2541 del12 M844_S847del 3.2 6.2§ 12402
2524_2532 del9 D842_M844del 1.5 4.5 12401
2524_2526 delGAC D842del 0.9 3.9§ 12406
2526_2538 >G D842_D846>E 0.3 3.3§ 12408
2524_2526 GAC>TAT D842Y 0.9 3.9§ 12397
* 来源于癌症的体细胞突变目录,可登录Sanger Institute,网址www.sanger.ac.uk/genetics/CGP/cosmic
 突变2524G>T和2524_2526 GAC>TAT,以及2526_2537 del12和2527_2538 del12分别可引起相同的氨基酸变化。
突变2524_2535del12和2526_2537del12可引起相同的核酸变化。
§ 在LOB值上加上3个空白测定值的标准差,确定PDGFRA第18外显子中的这些缺失的LOD。
在PyroMark Q24 Software的AQ模式下无法分析突变2526_2538 >G。

其他性能数据请参见试剂盒手册。
Principle
therascreen GIST RapidScreen Pyro Kit适用于KIT第9外显子和PDGFRA第18外显子突变的定量检测。通过KIT第9外显子突变检测可确定伊马替尼的合适剂量,PDGFRA第18外显子突变检测有助于排除敏感性较低的或抗性基因分型(1–3)。

该试剂盒包括两套分析试剂:一种用于KIT第9外显子突变检测,另一种可用于PDGFRA第18外显子突变检测。利用PCR分别扩增这两个区域,并对限定区域进行测序。限定位置周围的序列用作定量和分析质量评估的标准化和对照峰。 
援引文献
  1. The ESMO/European Sarcoma Network Working Group (2012) Gastrointestinal stromal tumors: ESMO clinical practice guidelines for diagnosis, treatment and follow-up. Ann. Oncol. 23 (Supplement 7), vii49.
  2. Gastrointestinal Stromal Tumor Meta-Analysis Group (MetaGIST) (2010) Comparison of two doses of imatinib for the treatment of unresectable or metastatic gastrointestinal stromal tumors: A meta-analysis of 1,640 patients. J. Clin. Oncol. 28, 1247.
  3. Joensuu, H. (2006) Gastrointestinal stromal tumor (GIST). Ann. Oncol. 17 (Supplement 10), x280.
Procedure
KIT第9外显子和PDGFRA第18外显子的引物进行PCR反应后,将扩增片段固定于Streptavidin Sepharose High Performance bead上。制备单链DNA,相应的测序引物与DNA退火结合。然后使用分析设置文件和运行文件在PyroMark Q24实时定量焦磷酸序列分析仪上分析样本。

建议使用GIST RapidScreen Plug-in Report分析运行。通过接收来自pyro.plugin@qiagen.com的电子邮件,获取GIST RapidScreen Plug-in Report。但还可以采用PyroMark Q24实时定量焦磷酸序列分析仪上集成的分析工具分析运行。运行结束后,可调整“分析序列”(Sequence to Analyze),检测稀有突变。
Applications
therascreen GIST RapidScreen Pyro Kit是一款利用焦磷酸测序技术的体外核酸序列检测产品,适用于人组织样本来源的基因组DNA中的人KIT基因第9外显子和人PDGFRA基因第18外显子突变的定量检测。

therascreen GIST RapidScreen Pyro Kit旨在为临床医生提供信息,帮助胃肠道间质瘤(GIST)病人的管理,使他们更多地受益于靶向信号通路的药物,如伊马替尼。
 
本产品不适用于肺部组织样本。

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实验方案软件 (1)
Version 1.2.0.2
For use with PyroMark Q24 Software version 2.0.7
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试剂盒操作手册 (1)
(EN) - therascreen GIST RapidScreen Pyro Kit Handbook
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软件使用指南 (1)
For installation and use with PyroMark Q24 Instruments and PyroMark Q24 Software version 2.0
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