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PyroMark Q96 ID

应用焦磷酸测序技术定量分析遗传学或表观遗传学DNA修饰

  • 序列信息提供检测的内置参照
  • 直观的软件支持广泛的分析应用
  • 一次检测多达96个样本,或在一块板上进行96个不同的检测
  • 快速获得直观的和无偏差的序列数据

PyroMark Q96 ID是一个强有力的测序和定量平台,非常适合表观遗传学、突变基因表达分析,以及微生物鉴定和抗性分型。96孔模式、自动化碱基读取功能以及专用的软件用于甲基化分析和实验设计,PyroMark Q96 ID能够解决任何需要真实序列信息以及需要定量的遗传和表观遗传变异的研究问题。

Cat No./ID: 9001525
PyroMark Q96 ID System
Instrument and software for Pyrosequencing analysis: includes installation, training, and 1-year warranty on parts and labor
Cat No./ID: 9001915
PyroMark Q96 ID Priority Package
Instrument and software for Pyrosequencing analysis: includes Priority Package with installation, training, 2-year warranty on parts and labor, and 2 preventive maintenance visits
Cat No./ID: 9001916
PyroMark Q96 ID Priority Package Plus
Instrument and software for Pyrosequencing analysis: includes Priority Package with installation, training, 3-year warranty on parts and labor, and 3 preventive maintenance visits
Cat No./ID: 9022198
PyroMark Q96 ID Software 2.5
Application software for PyroMark Q96 ID systems

PyroMark Q96 ID Instrument和PyroMark Q96 Vacuum Workstation应与相应的QIAGEN试剂盒配合使用,适用于试剂盒用户手册中指定的应用。如果将PyroMark Q96 ID Instrument、PyroMark Q96 Vacuum Workstation与非QIAGEN的试剂盒配合使用,用户应自行确认是否适用于相关应用。



0
幽门螺杆菌的抗菌性分析。
幽门螺杆菌23S基因的突变会导致其具有抗菌性。
1
多个连续CpG位点的分析。
多个连续CpG位点的分析。通过一次焦磷酸测序实验,定量分析9个独立的CpG位点(以灰色突出显示)的甲基化状态。被分析序列含有多个甲基化特征。请注意:胞嘧啶残基组成的质控位点(以黄色突出显示)被转换为胸腺嘧啶,显示被处理的DNA已被完全亚硫酸氢盐转化。
2
分析三个等位基因的SNP。
使用常规方法分析三个或四个等位基因的SNP(单核苷酸多态性)可能比较困难。这些Pyrogram图表现了使用焦磷酸测序方法检测三个等位基因SNP(红色标出)的便利性。在焦磷酸测序反应中,按顺序加入C、T和G,只有整合的核苷酸会释放光信号得到信号峰值。每个等位基因是纯合子或杂合子,其反应结果具有不同的峰值特点。
8
甲基化定量分析符合线性特征。
焦磷酸测序定量分析的甲基化呈线性。采用焦磷酸测序技术分析未甲基化DNA和甲基化DNA(EpiTect Control DNAs)的多种混合物的PCR产物。混合物中已知的甲基化DNA百分比(方块)和焦磷酸测序技术测得的甲基化百分比(三角)紧密相关(r2 = 0.9962)。图为对p16基因的一个CpG位点进行甲基化定量检测的结果。
9
完全整合的系统。
PyroMark Q96 ID可进行快速测序和分析多达96个样本所需的各个步骤。只需设计模板,选择运行模式,将您的样本和试剂上样,仪器可自动完成其余工作。Pyromark Q96 ID会准确的自动分配试剂和核苷酸至每孔中,并通过灵敏的CCD传感器检测光信号。
10
PyroMark Q96 ID.
12
软件直观。
PyroMark Q96 Software和PyroMark补充软件具有友好的界面,可用于模板设计、反应体系构建,并为反应所获结果提供强大的分析工具。该软件通过下拉菜单操作,确保正确选择反应参数和分析模式,方便新用户操作焦磷酸测序实验。
13
高效的模板制备。
PyroMark Q96 Vacuum Workstation可将PCR产物转化为单链DNA用于焦磷酸测序。将PCR扩增子加入多重优化的溶液中进行变性,然后洗涤获得DNA。对96个样本平行进行这一流程,仅需花费几分钟。
14
工作流程解决方案。
PyroMark Q96 ID可简单、高效的整合入焦磷酸测序工作流程。每一步,从引物设计到PCR扩增和测序模板制备,都由专为焦磷酸测序设计的软件、试剂盒、试剂和样本制备仪器提供高品质支持。
Performance

将检测和定量基因突变整合入一个强有力的体系,使用焦磷酸测序技术,相较于其他基于测序的方案在分析靶向短链DNA序列时,PyroMark平台表现更卓越。在表观遗传学研究中分析甲基化状态,焦磷酸测序技术可高重复性的定量甲基化频率,包括单个或连续的CpG位点(参见"Analysis of multiple contiguous CpG sites"),并可检测和定量甲基化水平的微小变化(参见"Linearity of methylation quantification")。

对于遗传检测应用,焦磷酸测序技术可准确定量等位基因的可变位点,且很容易解决杂合性问题(参见"Analysis of a tri-allelic SNP")。 对于微生物鉴定和抗性分型,焦磷酸测序技术能够同时分析多个样本的常见的药物抗性突变的(参见"Analysis of antibacterial resistance in Helicobacter pylori")。

Principle

焦磷酸测序技术基于边合成边测序的原理,数分钟内可获得定量数据。PyroMark Q96 ID是提供实时序列信息的完整体系,高度适用于检测遗传变异、遗传定量和短链DNA测序。以下的产品可配合PyroMark Q96 ID仪器使用:PyroMark Q96 Vacuum Workstation、PyroMark CpG SW、PyroMark Assay Design SW、PyroMark IdentiFire SW、PyroMark Gold Q96 Reagents和PyroMark Control Oligo。同时提供样本制备方案,可使用PyroMark Q96 Vacuum Workstation制备单链DNA。

焦磷酸测序反应步骤:

步骤1:扩增DNA片段,作为焦磷酸测序模板的单链是生物素标记的。变性后,分离生物素标记的单链PCR扩增子,与测序引物杂交。杂交的引物和单链模板同各种酶一起孵育,包括DNA聚合酶、ATP硫酸化酶、荧光素酶、三磷酸腺苷双磷酸酶以及底物腺苷酰硫酸(APS)和荧光素(参见"Principle of Pyrosequencing — step 1")。

步骤2:第一个脱氧核苷三磷酸(dNTP)加入反应中,在DNA聚合酶的作用下,dNTP结合到DNA链上与其互补的碱基位。每次结合都会释放与核苷酸相等摩尔量的焦磷酸(PPi)(参见"Principle of Pyrosequencing — step 2")。

步骤3:在有APS的条件下,ATP硫酸化酶将PPi转化为ATP。在这个ATP的驱动下,荧光素酶将荧光素转化为氧化荧光素,并产生可见光,可见光的量与ATP的量成正比。通过电荷耦合(CCD)相机即可检测到荧光素酶催化反应产生的可见光,并在原始数据输出(Pyrogram)中显示为一个峰,每个峰的高度(光信号)与结合的核苷酸数量成正比(参见"Principle of Pyrosequencing — step 3")。

步骤4:三磷酸腺苷双磷酸酶,是一种核苷酸降解酶,会降解未结合的核苷酸与ATP。完全降解后,加入另一个核苷酸(参见"Principle of Pyrosequencing — step 4")。

步骤5:持续添加dNTP。α-硫代脱氧腺苷三磷酸(dATPαS)在反应中用于替代天然脱氧腺苷三磷酸(dATP),这是因为DNA聚合酶可高效的应用前者,而不被荧光素酶识别。当该过程连续进行时,就会形成互补的DNA链,可根据Pyrogram追踪的信号峰确定核苷酸序列(参见"Principle of Pyrosequencing — step 5")。

简化的工作流程—从样本到结果

多功能PyroMark Q96 ID与表观遗传和遗传分析流程无缝接合,且与QIAGEN先进的样本制备、亚硫酸氢盐转化和PCR扩增技术兼容。借助于高度可靠的仪器可在序列水平上对SNP、插入和缺失、CpG位点的检测以及生成序列信息。简化的工作流程可更快速地获得结果。

快速方便的样本制备

从PCR产物到直接用于测序的单链模板,应用PyroMark Q96 Vacuum Workstation可在15分钟内同时制备96个样本。该工作站操作简单,且手工操作时间少于5分钟。

Procedure
快速方便的样本制备

从PCR产物到直接用于测序的单链模板,应用PyroMark Q96 Vacuum Workstation可在15分钟内同时制备96个样本。该工作站操作简单,且手工操作时间少于5分钟。

在焦磷酸测序之前,形成了一个生物素标记的PCR产物,该产物结合到覆盖链酶亲和素的琼脂糖凝胶珠上。这些胶珠会被真空仪器捕捉并彻底清洗,随后变性,得到适合于焦磷酸测序的单链DNA。该模板DNA放入含测序引物的焦磷酸测序反应板中,随后引物退火,再将该板放入PyroMark仪器中即可。PyroMark Gold试剂包含用于焦磷酸测序反应的酶、核苷酸和底物,将这些试剂移入分配卡夹,按照软件中提供的体积试被加入仪器中,用于焦磷酸测序。

Applications

焦磷酸测序技术对各个领域的研究应用至关重要。PyroMark Q96 ID能够灵敏的分析遗传学和表观遗传学的变化,如检测病原体中药物抗性的发展,基因表达调控中表观遗传学DNA甲基化的作用、牲畜的特异表型的遗传标记,以及法医检材样本中线粒体DNA的多态性。此外,由于焦磷酸测序技术整合了序列检测和定量,提高了分析灵敏度,有助于发现新的信息。

Software
易于使用的PyroMark Q96软件

PyroMark Q96软件能够全面分析您的结果。最近更新的软件包含四个分析程序:AQ(等位基因定量)、SNP(分析SNP和InDel)、CpG(甲基化分析)和SQA(序列鉴定)。这四个不同类型的程序可在同一块板上同时分析样本。

使用PyroMark Assay Design Software,灵活、简单的设计焦磷酸测序实验

PyroMark Assay Design Software 2.0实现轻松的PCR和测序引物的设计。这些产品是经过优化的,可用于所有的PyroMark仪器。

Features
Specifications
海拔 Up to 2000 m (6500 ft)
应用 Methylation analysis, allele quantification (SNP, InDels), sequence analysis
仪器尺寸 490 x 540 x 620 mm (19.3 x 20.5 x 24.4 in)
配合仪器使用的试剂 PyroMark Q96 Tests
运行温度 18–28°C (64–82°F)
过电压保护类别 II
操作地点 For indoor use only
污染水平 2
功率 100–120 V AC, 220–240 V AC; 56–60 Hz
处理温度 28°C (82.4°F) ± 1%
处理时间 10 to 100 minutes for up to 96 samples in parallel
每次处理样本量;通量 1–96
软件 PyroMark Q96 Software (included), PyroMark CpG SW 1.0 (supplementary), PyroMark IndentiFire SW 1.0 (supplementary), PyroMark Assay Design SW 2.0 (supplementary)
技术 Pyrosequencing
重量 52 kg (114.6 lb)

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试剂盒操作手册 (1)
For performing Pyrosequencing reactions on the PyroMark Q96 ID, PyroMark Q96 MD, and PyroMark Q96 MD Automated
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操作软件 (1)
PyroMark Q96 ID Software 2.5 version 2.5.10.7 is the application software for setting up, performing and analyzing runs on PyroMark Q96 ID instruments. The main feature of this release is 64bit compatibility with Windows 7 operating systems.

This software can only be downloaded by users with a registered PyroMark Q96 ID instrument.
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参考文献
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