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PyroMark Q48 Advanced Reagents

PyroMark Q48 Autoprep标准和长读长焦磷酸测序反应

       
  • 整合模板制备功能的自动化焦磷酸测序
  • 更高通量,单次运行检测更多SNP和突变检测体系
  • 先进的技术、软件和试剂,适用于长序列测序
  • 定量甲基化分析,适用于连续CpG或CpN位点
  • 改善任意序列位置的序列变异定量检测结果

PyroMark Q48 Advanced Reagent可配合PyroMark Q48 Autoprep使用,以实现整合模板制备功能的自动化焦磷酸测序。PyroMark Q48 Advanced Reagent适合进行各种序列变异分析,尤其是CpG或CpN位点的DNA甲基化和复杂突变,或者从头测序应用,例如微生物的分型。对于可能需要大体积核苷酸的长序列焦磷酸测序,我们推荐使用PyroMark Q48 Advanced CpG Reagent试剂。

Cat No./ID: 974002
PyroMark Q48 Advanced Reagents (4 x 48)
Reagents for 4 x 48 PyroMark Q48 Autoprep standard reactions: PyroMark Advanced Enzyme Mix, PyroMark Advanced Substrate Mix, Denaturation Solution, Annealing Buffer, Binding Buffer, Nucleotides
Cat No./ID: 974022
PyroMark Q48 Advanced CpG Reagents (4 x 48)
Reagents for 4 x 48 PyroMark Q48 Autoprep CpG and long-read reactions: PyroMark Advanced Enzyme Mix, PyroMark Advanced Substrate Mix, Denaturation Solution, Annealing Buffer, Binding Buffer, Nucleotides
Cat No./ID: 974203
PyroMark Q48 Magnetic Beads (300)
Magnetic streptavidin-coated Sepharose beads for running 300 PyroMark Q48 Autoprep reactions
Cat No./ID: 974230
PyroMark Q48 AutoPrep Starter Kit
PyroMark Q48 Magnetic Beads (300), PyroMark Q48 Advanced CpG Reagents (4 x 48), PyroMark Control Oligo, PyroMark Q48 Discs (50) and PyroMark Q48 Absorber Strips (100)

PyroMark Q48 Advanced Reagents适用于分子生物学应用。该产品不适用于疾病的诊断、预防或治疗。


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焦磷酸测序原理 — 第1步。
扩增一DNA片段,将该片段生物素化,作为焦磷酸测序的模板。变性后,生物素化的单链PCR扩增子分离,与测序引物杂交。杂交的引物和单链模板,与DNA聚合酶、ATP硫酸化酶、萤光素酶、三磷酸腺苷双磷酸酶,以及腺苷5'磷酸化硫酸(APS)和萤光素混合进行孵育。
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焦磷酸测序原理 — 第1步。
扩增一DNA片段,将该片段生物素化,作为焦磷酸测序的模板。变性后,生物素化的单链PCR扩增子分离,与测序引物杂交。杂交的引物和单链模板,与DNA聚合酶、ATP硫酸化酶、萤光素酶、三磷酸腺苷双磷酸酶,以及腺苷5'磷酸化硫酸(APS)和萤光素混合进行孵育。
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焦磷酸测序原理 — 第1步。
扩增一DNA片段,将该片段生物素化,作为焦磷酸测序的模板。变性后,生物素化的单链PCR扩增子分离,与测序引物杂交。杂交的引物和单链模板,与DNA聚合酶、ATP硫酸化酶、萤光素酶、三磷酸腺苷双磷酸酶,以及腺苷5'磷酸化硫酸(APS)和萤光素混合进行孵育。
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焦磷酸测序原理 — 第1步。
扩增一DNA片段,将该片段生物素化,作为焦磷酸测序的模板。变性后,生物素化的单链PCR扩增子分离,与测序引物杂交。杂交的引物和单链模板,与DNA聚合酶、ATP硫酸化酶、萤光素酶、三磷酸腺苷双磷酸酶,以及腺苷5'磷酸化硫酸(APS)和萤光素混合进行孵育。
Performance
根据待分析的序列,一次反应可获得140 bp以上的高精度读长

PyroMark Q48 Autoprep进一步改进了化学试剂和仪器运行算法,同PyroMark Q96、PyroMark Q24系统相比,大幅提高了检测读长和碱基检出、突变分析和甲基化定量分析精确度。以往系统的检测读长会受本底峰值限制,测序读长受到本底峰值和信号衰减的影响。升级后的PyroMark “Advanced”试剂和算法降低了上述本底信号,从而提高了读长和可靠性。根据待分析的序列,一次反应可获得140 bp以上的高精度读长。

​更高通量,每次测序分析更多SNP和突变检测体系

Multiple Primer Dispensation (MPD) 技术是一种在检测体系数目超过可用卡夹储液槽数目时提高测序引物自动分配能力的策略。PyroMark Q48 Autoprep Primer Cartridge有3个储液槽,但是如果一块测序板上需要进行的检测体系多于3个,那么可以将不同引物混合起来放入同一个引物卡夹内。当模板制备完成后,引物混合物将被自动分配到每个孔内。因为每个孔内只有一种PCR模板,所以只有与其对应的引物可以和模板结合。所有其它引物将留在溶液中不发生结合。MPD混合物中的每个引物都要单独设计和验证,避免其形成引物二聚体或与其它模板结合。

​兼容各种PyroMark检测平台

新的PyroMark Q48 Autoprep仪器和“Advanced”化学法直接兼容以往设计的焦磷酸测序检测体系。数据表明,使用不同的PyroMark平台处理同一检测体系时,所获得的突变频率和甲基化分析结果相同。这种跨平台兼容性也不受测序引物中的分析位点距离的影响。这在通过单次反应分析多个序列变异特别有用,因为后者通常需要对连续的CpG位点进行复杂的突变检测或甲基化分析。

​新的测序disc孔盘设计避免了磁性模板制备中的交叉污染

PyroMark Q48 Disc无需用户手动干预即可在同一仪器上完成自动化模板制备和焦磷酸测序。模板制备所需的缓冲液在反应过程中即从样本和disc孔盘中有效地去除,因而每次运行、每个轮次都没有孔间、disc孔盘间的交叉污染风险。
Principle

PyroMark Q48 Autoprep使用基于实时测序的焦磷酸测序技术,在遗传学和表观遗传学研究中进行检测和定量。系统可以同时分析多达48个样本。系统使用一种简单易用的自动化流程制备单链DNA样本,无需人工操作。这一流程使用磁性链霉亲和素包被的Sepharose微珠(PyroMark Q48 Magnetic Beads)来结合生物素标记的PCR链。系统可以同时自动进行四对测序引物的退火。如果需要用到更多的测序引物,则可以人工将这些引物加入到单链DNA样本中。

Procedure
PyroMark Q48 Advanced软件生成一个运行文件并通过USB接口或网络连接传输到仪器中。试剂、核苷酸和缓冲液按照触摸屏上显示的体积被加入到PyroMark Q48 Autoprep测序槽中。将生物素标记的PCR产物和磁性链霉亲和素包被的Sepharose微珠加入到Q48 Disc孔盘内,然后将孔盘和吸收条放入仪器内。单链模板的制备和测序引物的退火现在已经完全自动化,不需要额外的人工操作。仪器可自动分配3种不同测序引物或Multiple Primer Dispensation (MPD)混合物。可选择性的人工加入额外的测序引物,进一步提升了单次运行可检测的检测体系数量。
Applications
焦磷酸测序在多个学科的研究中体现出越来越重要的应用价值。无论是检测病原体的抗药性演化,DNA甲基化对基因表达的表观遗传调控,家畜中特定表型的遗传标记,还是法医样本中的线粒体DNA多态性,PyroMark平台都能提供强大而灵活的遗传和表观遗传变异分析。此外,焦磷酸测序整合了序列检测和定量,其强大的分析能力更易促成新的发现。