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PyroMark Q24

应用焦磷酸测序技术定量分析遗传和表观遗传的DNA变化

  • 在同一台仪器上对同一批样品进行多功能分析
  • 可靠的定量分析等位基因和甲基化状态
  • 序列信息帮助发现稀有突变
  • 15分钟内平行分析1–24个样本
  • 紧凑的检测平台,占用空间最小

PyroMark Q24应用焦磷酸测序技术,对序列突变和表观遗传学甲基化进行实时的基于序列的检测和定量。PyroMark Q24非常适合用于分析CpG位点甲基化、SNPs、插入/缺失、STR、基因拷贝数变异以及微生物鉴定和抗性分型。

Cat No./ID: 9001514
PyroMark Q24 System
Instrument and software for Pyrosequencing analysis: includes installation, training, and 1-year warranty on parts and labor
Cat No./ID: 9001913
PyroMark Q24 Priority Package
Instrument and software for Pyrosequencing analysis: includes Priority Package with installation, training, 2-year warranty on parts and labor, and 2 preventive maintenance visits
Cat No./ID: 9001914
PyroMark Q24 Priority Package Plus
Instrument and software for Pyrosequencing analysis: includes Priority Package Plus with installation, training, 3-year warranty on parts and labor, and 3 preventive maintenance visits
Cat No./ID: 9019062
PyroMark Q24 Software 2.0
Analysis software, for laboratory use only

PyroMark Q24 Instrument和PyroMark Q24 Software应与相应的QIAGEN试剂盒配合使用,适用于试剂盒用户手册中指定的应用。如果将PyroMark Q24 Instrument、PyroMark Q24 Software与非QIAGEN的试剂盒配合使用,用户应自行确认是否适用于相关应用。



0
MLH1基因的CpG位点甲基化分析。
Pyrogram图中标出的部分表示不同的CpG位置(浅灰)和亚硫酸氢盐转化处理的对照(黄色)。在Pyrogram图上方的蓝色框中表示出每个CpG位点的甲基化水平。数据由利物浦分子肿瘤,Roy Castle肺癌基金会的Triantafillos Liloglou博士提供。
1
焦磷酸测序原理 — 第1步。
2
焦磷酸测序原理 — 第2步。
3
焦磷酸测序原理 — 第3步。
4
焦磷酸测序原理 — 第4步。
腺苷三磷酸双磷酸酶是一种核苷酸降解酶,不断降解未结合的核苷酸和ATP。降解完成时,另一个核苷酸被添加上。
5
焦磷酸测序原理 — 第5步。
6
RASSF1A基因的CpG甲基化特征。
图中显示了4个不同肿瘤样本中5个不同的CpG位点的甲基化水平。每个样本一式两份,两个样本之间的一致性清楚的表明焦磷酸测序技术具有可重复性。
7
工作流程解决方案。
PyroMark Q24可简单、高效的整合入焦磷酸测序工作流程。每一步,从引物设计到PCR扩增和测序模板制备,都由专为焦磷酸测序设计的软件、试剂盒、试剂和样本制备仪器提供高品质支持。
8
完全整合的系统。
PyroMark Q24具有较小的体积,但能够胜任快速处理24个样本测序的各个步骤。只需将样本和试剂上样,上传实验文件,测序实验即可自动进行。PyroMark Q24可准确的将试剂和核苷酸加入每个孔中。反应时会发出光信号,由24个CCD传感器(每孔一个)检测,因此可避免信号交叠。
9
便利的数据管理。
PyroMark Q24可单独摆放,因此可便利的放置于实验室任何位置。数据存储于仪器的硬盘中,可在实验进行时在显示屏上查看数据。此外,所有文件存储在U盘中,用户可便利的在安装有PyroMark Q24 Software的电脑上分析数据。
10
高效的模板制备。
PyroMark Q24 Vacuum Workstation可将PCR产物转化为单链DNA用于焦磷酸测序。将PCR扩增子加入多重优化的溶液中进行变性,然后洗涤获得DNA。对24个样本平行进行这一流程,仅需花费几分钟。
11
符合您需求的仪器。
尽管PyroMark Q24结合了易用性、分析多样性和出色的检测灵敏性,但您的实验可能需要更高的通量。PyroMark Q96 ID和PyroMark Q96 MD一次反应可处理多大96个样本,因此能够满足高通量需求。此外,PyroMark Q96 MD可自动化进行反应,无需对多达10个96孔板进行手动处理。
Performance
高度适用于表观遗传学研究的检测工具

焦磷酸测序技术配合QIAGEN表观遗传学产品线,提供高度可靠的序列数据,能够准确、灵敏的定量分析甲基化水平(参见"CpG methylation analysis of the MLH1 gene")。甚至能够检测新的突变,以及低水平的DNA异常甲基化。PyroMark Q24包括了一个完整软件包,用于分析CpG位点甲基化,以及用于确认亚硫酸氢盐处理彻底与否的内置的对照。

定量分析单个CpG位点

分析单个CpG位点对于研究各种肿瘤基因的异常表达是非常重要的(参见"CpG methylation pattern in the RASSF1A gene")。由于传统方法获得的数据分辨率低,通常灵敏度不高。焦磷酸测序技术克服了这一局限,可高度精确地分析有一个或多个CpG位点的甲基化序列单个位点的变化。

Principle

焦磷酸测序技术基于测序原理,数分钟内可获得定量数据。PyroMark Q24是提供实时测序信息的完整体系,高度适用于表观遗传学研究和遗传分析。该系统包括PyroMark Q24、PyroMark Q24 Vacuum Workstation、PyroMark Q24 Software、PyroMark Gold Q24 Reagents、PyroMark Control Oligo和PyroMark Q24 Validation Oligo(见表)。同时提供样本制备方案,可使用PyroMark 24 Vacuum Workstation制备单链DNA。

 体系组成 描述
PyroMark Q24 用于定量分析突变和甲基化的测序分析仪器
PyroMark Q24 Vacuum Workstation 可平行制备24个样本的工作站
PyroMark Q24 Software 分析软件,提供2种分析模式(用于CpG位点分析和等位基因定量)
PyroMark Q24 Gold Q24 Reagents 酶、底物和核苷酸
PyroMark Q24 Control Oligo 对照,用于确定体系的正确安装和运行
PyroMark Q24 Validation Oligo 对照,用于确定体系性能
PyroMark Q24体系
高度适用于遗传分析的平台

遗传分析涵盖多种分析基因组DNA差异的应用,包括突变检测和SNP分型。PyroMark Q24可精确、高度灵敏地分析靶基因突变和定量分析混合细胞群体的等位基因频率。QIAGEN采用焦磷酸测序技术为基因突变分析提供经优化和验证的RUO检测。

焦磷酸测序反应步骤:

步骤1:扩增DNA片段,作为焦磷酸测序模板的单链是生物素标记的。变性后,分离生物素标记的单链PCR扩增子,与测序引物杂交。杂交的引物和单链模板同各种酶,包括DNA聚合酶、ATP硫酸化酶、荧光素酶、三磷酸腺苷双磷酸酶以及底物腺苷酰硫酸(APS)和荧光素一起孵育(参见"Principle of Pyrosequencing — step 1")。

步骤2:第一个脱氧核苷三磷酸(dNTP)加入反应中,在DNA聚合酶的作用下,dNTP结合到DNA链上与其互补的碱基位。每次结合都会释放与核苷酸相等摩尔量的焦磷酸(PPi)(参见"Principle of Pyrosequencing — step 2")。

步骤3:在有APS的条件下,ATP硫酸化酶将PPi转化为ATP。在这个ATP的驱动下,荧光素酶将荧光素转化为氧化荧光素,并产生可见光,可见光的量与ATP的量成正比。通过电荷耦合(CCD)相机即可检测到荧光素酶催化反应产生的可见光,并在原始数据输出(Pyrogram)中显示为一个峰,每个峰的高度(光信号)与结合的核苷酸数量成正比(参见"Principle of Pyrosequencing — step 3")。

步骤4:三磷酸腺苷双磷酸酶,是一种核苷酸降解酶,会降解未结合的核苷酸与ATP。完全降解后,加入另一个核苷酸(参见"Principle of Pyrosequencing — step 4")。

步骤5:持续添加dNTP。α-硫代脱氧腺苷三磷酸(dATPαS)在反应中用于替代天然脱氧腺苷三磷酸(dATP),这是因为DNA聚合酶可高效的应用前者,而不被荧光素酶识别。当该过程连续进行时,就会形成互补的DNA链,可根据Pyrogram追踪的信号峰确定核苷酸序列(参见"Principle of Pyrosequencing — step 5")。

简化的工作流程—从样本到结果

多功能PyroMark Q24与表观遗传学和遗传学分析流程无缝接合,且与QIAGEN先进的样本制备、亚硫酸氢盐转化和PCR扩增技术兼容。借助于高度可靠的仪器可在测序水平上对CpG位点和突变进行检测和定量分析。简化的工作流程可更快速地获得结果。

Procedure
快速方便的样本制备

从PCR产物到直接用于测序的单链模板,应用PyroMark Q24 Vacuum Workstation可在15分钟内同时制备24个样本。该工作站操作简单,且手动时间少于5分钟。

在焦磷酸测序之前,形成了一个生物素标记的PCR产物,该产物结合到覆盖链酶亲和素的琼脂糖凝胶珠上。这些胶珠会被真空仪器捕捉并彻底清洗,随后变性,得到适合于焦磷酸测序的单链DNA。该模板DNA放入含测序引物的焦磷酸测序反应板中,随后引物退火,再将该板放入PyroMark仪器中即可。PyroMark Gold试剂包含用于焦磷酸测序反应的酶、核苷酸和底物,将这些试剂加入分配吸头或卡夹(取决于仪器),按照软件中提供的体积,试剂被加入到仪器中,用于焦磷酸测序。

Applications

焦磷酸测序技术对各个领域的研究应用至关重要。焦磷酸测序技术能够灵敏的分析遗传学和表观遗传学的变化,如检测病原体中药物抗性的发展,基因表达分析中表观遗传学DNA甲基化的作用、牲畜特异性表现型的遗传标记,以及法医检材样本中线粒体DNA的多态性。此外,由于焦磷酸测序技术整合了序列检测和定量,提高了分析灵敏度,助于发现新的信息。

Software
 易于使用的PyroMark Q24软件

安装在电脑上的PyroMark Q24软件能够全面分析您的结果。该软件包含两个分析程序:CpG和AQ(等位基因定量)。两个程序可在同一块板上分析样本,并且能够同时检测不同类型的样本。AQ程序用于分析单个和多个位点,以及双、三和四等位突变。CpG程序能够分析多个连续的CpG位点,并提供亚硫酸氢盐处理的内参。

使用PyroMark Assay Design Software,灵活、简单的设计焦磷酸测序实验

PyroMark Assay Design Software 2.0可简单的设计PCR和测序引物。这些产品是经过优化的,可用于所有的PyroMark仪器。

Features
Specifications
海拔 Up to 2000 m (6500 ft)
应用 Methylation analysis, allele quantification, genotyping, sequence analysis
化学试剂抗性 pH 4 to pH 9, common detergents, 0.5 M sodium hydroxide, ethanol
连接 One USB port (2.0)
湿度 Relative humidity of 20–90% (noncondensing)
仪器尺寸 420 x 390 x 525 mm (16.5 x 15.4 x 20.7 in)
配合仪器使用的试剂 PyroMark Q24 Tests
运行温度 15–32°C (59–90°F)
过电压保护类别 II
操作地点 For indoor use only
污染水平 2
功率 100–240 V AC, 47–63 Hz, 1.1–0.45 A (grounded); from external power supply to the instrument : 12 VDC and 24 VDC nominal
处理温度 28°C (82.4°F) ± 1%
处理时间 Depends on the number of dispensations (20 dispensations take 24 minutes)
每次处理样本量;通量 1–24
软件 PyroMark Q24 Software 2.0 (to be installed on PC)
技术 Pyrosequencing
重量 27.5 kg (60.6 lb)

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操作软件 (1)
This version is compatible with Windows 7 and Windows 10 (64 bit) operating systems. This software may only be downloaded by registered users with a valid PyroMark Q24 software license and registered PyroMark Q24 instrument. If you do not have a valid software license, contact your QIAGEN sales representative.
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参考文献
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