Krebsforschung

Holen Sie das Maximum aus FFPE-Proben heraus

Serie „FFPE im Fokus“

Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler von QIAGEN teilen Ihr Fachwissen

Die rund um den Globus gelagerten Archive formalinfixierter, paraffineingebetteter (FFPE-) Gewebeschnitte stellen eine wertvolle und umfassende Materialquelle für die biomedizinische Forschung dar. FFPE-Gewebe ist ein wertvoller, aber auch anspruchsvoller Probentyp, der hocheffiziente Methoden für die Analytaufreinigung und nachgelagerte molekulare Analyse erfordert, die den Besonderheiten von FFPE-Proben gerecht werden. Registrieren Sie sich für unsere „Tipps und Tricks“-Reihe und profitieren Sie von der Expertise der Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler bei QIAGEN.

Webinare, Videos und mehr

Nukleinsäurepräparation

Präanalytische Überlegungen

Martin Schlumpberger: FFPE-Proben – die Grundlagen

Martin zeigt hier verschiedene Faktoren auf, die sich auf die molekulare Analyse von FFPE-Proben auswirken, sowie wesentliche Herausforderungen und Erwägungen, die bei der Arbeit mit diesem wertvollen und zugleich anspruchsvollen Probentyp zu beachten sind, und liefert damit den Auftakt zu dieser Webinar-Serie.

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Daniel Groelz: Erwägungen vor der Analyse – Standards und wie Sie diese in Ihrem Labor implementieren können

Daniel spricht über präanalytische Faktoren, die sich auf die Analyse von Nukleinsäuren aus FFPE-Proben auswirken, internationale Initiativen und Voraussetzungen für die Standardisierung präanalytischer Workflows sowie Wege zur Implementierung dieser Standards in Ihrem Labor.

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Martin Schlumpberger: Nukleinsäurepräparation – DNA, RNA und Gewinnung von beidem aus einer FFPE-Probe

Martin spricht über die wesentlichen Erwägungen, die nötig sind, um eine hohe Ausbeute und Qualität an DNA und RNA aus FFPE-Proben erreichen und verifizieren zu können – so etwa die effiziente Entparaffinierung, die Entfernung von Quervernetzungen und Artefakten, die Kontrolle der DNA-/RNA-Integrität sowie die Auswirkungen auf nachgelagerte Analysen.

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DNA-Methylierung

Ioanna Andreou: Nachweis von Methylmarkern mittels NGS aus FFPE-Proben

Ioanna spricht über die DNA-Methylierungsanalyse anhand von FFPE-Proben durch gezielte Methylierungssequenzierung. Sie stellt einen Workflow vor, der in nur einem Tag sequenzierfertige Proben liefert und auf den Unique Molecular Index(UMI)- und Single Primer Extension(SPE)-Technologien basiert.

Norbert Hochstein: Methylierungsanalyse mittels Pyrosequenzierung – Einfluss von Amplifikatlänge und der eingesetzten DNA-Menge

Norbert gibt einen Überblick über einen Pyrosequenzierungs-Workflow zur Methylierungsanalyse und spricht anschließend über die wesentlichen Ergebnisse seiner Pyrosequenzierungsstudie unter Einsatz von FFPE-Proben und den Einfluss von Amplikonlänge und eingesetzter DNA-Menge auf die Ergebnisse.

miRNA-Expression

Francesca Di Pasquale: miRNA-Analyse mittels PCR

Francesca spricht über häufige Herausforderungen bei der Arbeit mit miRNA aus FFPE-Proben und die wichtigsten Erwägungen für Primerdesign, Qualitätskontrolle und Datennormalisierung für die miRNA-Expressionsanalyse mittels qPCR.

Marie-Louise Lunn: miRNA-FFPE-ISH bei der Entwicklung von Krebs-Biomarkern

Marie-Louise stellt eine optimierte Methode zur In-situ-Hybridisierung von miRNA für Lokalisierungsstudien unter Einsatz verbrückter Nukleinsäuren (Locked Nucleic Acids, LNAs) vor. Dabei spricht sie über ein optimiertes, nicht toxisches, eintägiges Protokoll zur ISH-Optimierung, einschließlich der nötigen Kontrollen.

RNA-Seq und multimodale NGS

Jonathan Shaffer: Gesamttranskriptom-NGS von FFPE-Proben

Jon stellt eine neue Technologie zur effizienten Entfernung von rRNA aus FFPE-Proben bei der Gesamttranskriptom-RNA-Sequenzierung vor, welche die Zahl der Genen zugeordneter Reads und erkannter Gene drastisch erhöht und so eine robuste differenzielle Expressionsanalyse ermöglicht.

Jonathan Shaffer: Multimodale NGS-Analyse auf Basis von FFPE-Proben

Jon stellt einen neuen Workflow – multimodale NGS – für das gleichzeitige Profiling von DNA-Varianten und RNA-Fusionen vor. Anhand von Beispielen erläutert er, wie diese Lösung eine konsolidierte Erstellung von Targeted DNA- und RNA-Bibliotheken aus FFPE-Proben ermöglicht.

Leif Schauser: NGS-Datenanalyse mit der QIAGEN CLC Genomics Workbench

Leif stellt die QIAGEN CLC Genomics Workbench für die Analyse von NGS-Daten sowie ihre für FFPE relevanten Schlüsselmerkmale vor. In einer Live-Demo führt er durch die wesentlichen Schritte der Workflows zur DNA-Seq- und RNA-Seq-Datenanalyse.

Technische Leitfäden

Erfolgreiches Biomarker-Profiling anhand von FFPE-Proben

FFPE-Gewebeschnitte stellen einen wertvollen, aber anspruchsvollen Probentyp dar, der hocheffiziente Methoden bei der Analytaufreinigung und der nachgelagerten molekularen Analyse erfordert.
Erfahren Sie mehr über die neuesten Methoden und kritischen Erwägungen in Bezug auf die Präparation von FFPE-Proben und die präanalytischen Arbeitsschritte für die molekulare Analyse.

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Produkte

Entdecken Sie das echte Potenzial von FFPE-Proben

Entdecken Sie die Sample to Insight Lösungen von QIAGEN für die erfolgreiche molekulare Analyse von FFPE-Proben – von der Probenvorbereitung bis zur Datenanalyse, für die molekulare Analyse mittels NGS, digitaler PCR, PCR oder qPCR.

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Produkt im Fokus:

QIAamp DNA FFPE Advanced Kit

Dieses Kit der nächsten Generation zur Isolierung von DNA aus FFPE-Gewebeproben hilft Ihnen, die Ausbeuten an amplifizierbarer DNA zu steigern. Das Xylen-freie Protokoll mit Entparaffinierung ohne Waschschritt und doppelter Lyse kann auch automatisiert werden.

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