전 세계에 보관된 포르말린 고정 파라핀 포매(Formalin-Fixed, Paraffin-Embedded, FFPE) 조직 절편 아카이브는 의생명 연구를 위한 가치 있고 광범위한 자료의 원천입니다. FFPE 조직은 귀중하지만, 피분석물 정제 및 다운스트림 분자 분석을 위해 매우 효율적인 방법이 필요한 까다로운 샘플 유형으로, FFPE 샘플의 특성을 잘 처리할 방법이 필요합니다. 팁과 요령 시리즈에 로그인하여 QIAGEN 과학자들의 전문 지식을 활용하세요.
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핵산 준비
분석 전 고려 사항
Martin Schlumpberger: FFPE 샘플 – 기본 사항
Martin이 이 귀중하면서도 까다로운 샘플 유형으로 작업할 때 FFPE 샘플의 분자 분석에 영향을 미치는 다양한 요소와 주요 문제 및 고려 사항을 중점적으로 설명하며 웹 세미나 시리즈를 시작합니다.
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Daniel Groelz: 분석 전 고려사항 – 표준 및 검사실에서의 이행 방법
Daniel이 FFPE 샘플의 핵산 분석에 영향을 미치는 분석 전 요인, 분석 전 워크플로 표준화를 위한 국제 이니셔티브 및 요건, 실험실에서 이러한 표준을 시행하는 방법에 관해 이야기합니다.
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Martin Schlumpberger: 핵산 준비 – DNA, RNA 및 동일한 FFPE 샘플로부터 둘 다 회수
Martin이 효율적인 파라핀 제거, crosslink 및 artifact 제거, DNA/RNA 온전성(integrity) 제어 및 온전성이 다운스트림 분석에 미치는 영향 등 FFPE 샘플에서 높은 수율과 고품질의 DNA와 RNA를 획득하고 확인하기 위한 주요 고려 사항에 관해 설명합니다.
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DNA 메틸화
Ioanna Andreou: FFPE 샘플에서 NGS로 메틸 마커 검출
Ioanna가 표적 메틸화 염기서열 분석을 통한 FFPE 샘플의 DNA 메틸화 분석에 관해 이야기합니다. Ioanna는 고유 분자 식별자(Unique Molecular Index, UMI) 및 단일 프라이머 연장(Single Primer Extension, SPE) 기술을 이용하여 하루 만에 염기서열을 분석하는 워크플로에 관해 설명합니다.
Norbert Hochstein: 파이로시퀀싱에 의한 메틸화 분석 – 앰플리콘 길이 및 DNA 주입량의 영향
Norbert가 메틸화 분석을 위한 파이로시퀀싱 워크플로에 대한 개요와 FFPE 샘플을 이용한 본인의 파이로시퀀싱 연구의 주요 발견 사항 및 앰플리콘 길이와 DNA 투입량이 결과에 미치는 영향에 관해 설명합니다.
miRNA 발현
Francesca Di Pasquale: PCR에 의한 miRNA 분석
Francesca가 FFPE 샘플의 miRNA로 작업할 때 흔히 접하는 문제와 qPCR에 의한 miRNA 발현 분석을 위한 프라이머 설계, 품질 관리, 데이터 정규화에 대한 주요 고려 사항에 관해 설명합니다.
Marie-Louise Lunn: 암 바이오마커 개발에서의 miRNA FFPE ISH
Marie-Louise가 잠금 핵산(Locked Nucleic Acid, LNA)을 이용한 국소화 검사를 위해 최적화된 miRNA in situ 혼성화(hybridization)에 관해 설명합니다. 또한 ISH 프로토콜 최적화를 위해 최적화된 무독성 1일 프로토콜 및 필요한 대조물질에 관해 설명합니다.
RNA-seq 및 멀티모달 NGS
Jonathan Shaffer: FFPE 샘플의 전장 전사체 NGS
Jon이 전장 전사체 RNA-seq 동안 FFPE 샘플에서 rRNA를 효율적으로 제거하여 유전자에 매핑된 판독 결과와 검출된 유전자를 획기적으로 증가시켜 강력한 차등 발현 분석을 이끌어내는 새로운 기술을 소개합니다.
Jonathan Shaffer: FFPE 샘플에서 멀티모달 NGS 분석
Jon이 DNA 변이체와 RNA 융합을 동시에 프로파일링할 수 있는 새로운 워크플로인 멀티모달 NGS에 관해 설명합니다. 그는 이 솔루션을 통해 FFPE 샘플에서 통합 DNA 및 RNA 표적 라이브러리를 제작하는 방법을 예시와 함께 설명합니다.
Leif Schauser: QIAGEN CLC Genomics Workbench를 사용한 NGS 데이터 분석
Leif가 NGS 데이터 분석을 위한 QIAGEN CLC Genomics Workbench 및 FFPE와 관련된 주요 기능을 소개합니다. 라이브 시연에서는 DNA-seq 및 RNA-seq 데이터 분석 워크플로의 주요 단계를 설명합니다.
기술 지침
FFPE 샘플에서 성공적인 바이오마커 프로파일링 수행
FFPE 조직 절편은 귀중하지만, 피분석물 정제 및 다운스트림 분자 분석을 위해 매우 효율적인 방법이 필요한 까다로운 샘플 유형입니다. FFPE 샘플 준비를 위한 최신 방법과 중요 고려 사항 및 분자 분석을 위한 분석 전 워크플로 단계에 대해 알아보세요.
