QuantiTect Virus Kits

ウイルスRANおよび/またはDNAの高感度検出

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QuantiTect Virus Kit (1000)

Cat. No. / ID:   211015

1000 x 50 µl反応の場合:QuantiTect Virus Master Mix (contains ROX dye)、QuantiTect Virus RT Mix、RNase-Free Water、QuantiTect Nucleic Acid Dilution Buffer
Reference dye
Rox in Mastermix
Rox in vial
Reactions
1000
200
50
QuantiTect Virus Kitsは分子生物学的アプリケーション用であり、疾病の診断、予防、あるいは治療に使用することはできません。

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特徴

  • シングルおよびマルチプレックスアッセイにおける高い感度
  • 同じ反応でウイルスRNAおよび/またはDNAを検出
  • 弱い陽性シグナルを明確に検出
  • 迅速なユニバーサル2ステッププロトコール
  • より多くのサンプルインプットでより高い感度が得られる5xマスターミックス

製品詳細

QuantiTect Virus Kitは、配列特異的プローブを使用するマルチプレックス、リアルタイム1ステップRT-PCRにより、最大4つのウイルス核酸標的を高感度で検出することができるよう特別に設計されています。複数のウイルスRNAおよび/またはDNA標的と内部コントロールを、感度を損なうことなく1本のチューブで検出できます。濃縮5xマスターミックスは、より多くのサンプルインプットを可能にし、HotStarTaq Plus DNA Polymeraseを含んでいます。QuantiTect Virus RT Mixには、ウイルスRNAを高感度で検出するように最適化したSensiscript Reverse Transcriptaseの独自の組成が含まれています。蛍光正規化にROX色素を必要とするサイクラー用のQuantiTect Virus Kitと、その他のサイクラー用のQuantiTect Virus +ROX Vial Kitの2つのキット形式があります。マスターミックスは2~8℃で保存できるので便利です。

パフォーマンス

QuantiTect Virus Kitsを使用する増幅では、CT値が高い低テンプレート量でも、広範な希釈液で急峻なシグモイド曲線が得られます(図「  広いダイナミックレンジにおけるCT値の明確な決定」参照)。これにより、リアルタイムPCRでのウイルス核酸定量で、正確なCT値の決定が可能になります。

マルチプレックスアッセイでは、感度を損なうことなく、広い直線範囲にわたって、複数のウイルスRNAおよび/またはDNAターゲットと内部コントロールを検出できます(図「 広い直線範囲にわたるウイルスRNAの確実な検出」および「   少量のウイルスRNAの検出の向上」参照)。

キットに付属のQuantiTect Nucleic Acid Dilution Bufferは、希釈および反応セットアップ中にRNAおよびDNAスタンダードを安定化させ、チューブやピペットチップなどのプラスチック表面での核酸の損失を防ぎます。このバッファーにより、ウイルス核酸の定量に使用されるスタンダードの信頼性の高い希釈が可能になり、低~高CT値までの広い直線範囲が得られ、変性することなく標準を長期間保存できます(図「 RNA標準の信頼性の高い希釈と保存」参照)。

図参照

原理

QuantiTect Virus Kitsは、シングルまたはマルチプレックスアッセイで、最初の試みでウイルス核酸を高感度で検出します(フローチャート「 QIAGENマルチプレックスキット」参照)。最適化されたマスターミックスは、マルチプレックス反応のPCR産物が、対応するシングル増幅反応のPCR産物と同じ効率と感度で増幅されることを保証します。

コントロール遺伝子と標的遺伝子を別々の反応ではなく、同じ反応で増幅すると、ハンドリングエラーが最小限に抑えられ、遺伝子定量の信頼性が向上します。QuantiTect Virus Bufferには、K+イオンとNH4+イオンのバランスの取れた組み合わせと、独自の合成Factor MP安定化剤が含まれており、ともにプライマーとプローブの核酸テンプレートへの安定的かつ効率的なアニーリングを促進し、高いPCR効率を実現します(図「 独自のPCRバッファー」参照)。さらに、Sensiscript Reverse Transcriptaseの独自の組成により、ウイルスRNAの高感度逆転写が保証され、HotStar Plus DNA Polymeraseは厳密なホットスタートを提供し、非特異的産物の形成を防止します。

QuantiTect Virus Kitのコンポーネント
キットのコンポーネント特徴メリット
5x QuantiTect Virus Master Mix濃縮マスターミックス高濃度で、高感度ウイルス検出できるように最適化感度を上げるため、より多くのテンプレート量をアッセイに添加可能
HotStarTaq Plus DNA Polymerase95ºC 5分で活性化室温でqPCR反応をセットアップ
QuantiTect Virus BufferNH4+ イオンとK+ イオンのバランスの取れた組み合わせ特異的なプライマーアニーリングにより信頼性の高いPCR結果を保証
合成Factor MP同じチューブで最大4つの遺伝子を高い信頼性でマルチプレックス分析
追加キットコンポーネントQuantiTect Virus RT MixSensiscript Reverse Transcriptaseの独自の組成を含むウイルスRNAを高感度検出できるように最適化
QuantiTect Nucleic Acid Dilution Buffer核酸スタンダードの希釈および保存のための独自のバッファー組成。希釈および反応セットアップ中のRNAおよびDNAスタンダードを安定化し、チューブやピペットチップなどのプラスチック表面での核酸のロスを防ぎます。
図参照

操作手順

QuantiTect Virus Kitsは、配列特異的プローブを使用してウイルス核酸(RNAおよび/またはDNA)および内部コントロールの高感度リアルタイムPCR分析を提供します。反応は、逆転写ステップの有無にかかわらず実施でき、RNAターゲット、DNAターゲット、またはRNAとDNAターゲットの両方を検出するマルチプレックスアッセイの柔軟な設計が可能です。迅速で信頼性の高い結果を得るためには、ハンドブックのプロトコールに従ってください。

キットは、マスターミックスにROXパッシブレファレンス色素を含むものと含まないものがあります(表参照)。

正しいQuantiTect Virus Kitを選択
ROX色素キット互換性のあるサイクラー
マスターミックスに含まれるQuantiTect Virus KitApplied Biosystems 7500を除くApplied Biosystemsのすべてのサイクラー
別のチューブで提供QuantiTect Virus +ROX Vial KitApplied Biosystems 7500および
Bio-Rad、Cepheid、Eppendorf、QIAGEN、Roche、Agilent、およびその他のサプライヤーのサイクラー

ウイルス検出を含む迅速かつ高感度のエンドポイント1ステップRT-PCRアプリケーションには、QIAGEN OneStep RT-PCR Kitの使用を推奨します。

アプリケーション

QuantiTect Virus Kitsは、ウイルスDNAおよび/またはRNAと内部コントロールの検出に配列特異的プローブを使用する、シングルまたはマルチプレックス高感度リアルタイムPCR、もしくはワンステップRT-PCRを提供します。このキットは、Applied Biosystems、Bio-Rad、Cepheid、Eppendorf、QIAGEN、Roche(キャピラリーサイクラーを除く)、Agilentの装置を含む、幅広いリアルタイムPCRサーマルサイクラーで使用できます。

裏付けデータと数値

Specifications

FeaturesSpecifications
Applicationsウイルス検出
SYBR Green I or sequence-specific probes配列特異的プローブ
Real-time or endpointリアルタイム
Reaction type逆転写およびPCR
Thermal cyclerほとんどのリアルタイムサイクラー(LightCycler® 1.xおよび2.0などのキャピラリーサイクラーを除く)
Sample/target typeRNAおよび/またはDNAターゲット
With or without ROXマスターミックス中のROXと別バイアルとしてのROXが利用可能
Single or multiplexシングルプレックスまたはマルチプレックス

リソース

パンフレット (1)
Now with even more applications!
MSDS (1)
Download Safety Data Sheets for QIAGEN product components.
キットハンドブック (1)
For highly sensitive real-time singleplex or multiplex PCR or one-step RT-PCR using sequence-specific probes for detection of viral DNA and RNA and internal controls
Safety Data Sheets (1)
Certificates of Analysis (1)

FAQ

How do I setup and validate a multiplex PCR assay with QIAGEN PCR kits?

Ensure PCR amplicons are as short as possible, ideally 60–150 bp. Always use the same algorithm or software to design the primers and probes. For optimal results, only combine assays that have been designed using the same parameters.

 

Check the functionality of each set of primers and probes in individual assays before combining the different sets in the multiplex assay. Choose compatible reporters and quenchers based on a specific instrument. See How do I select appropriate reporter and quencher combinations for multiplex PCR.

 

FAQ ID -9093
Can I use uracil-N-glycosylase (UNG) with the QuantiFast and Rotor-Gene PCR kits?

No. UNG treatment does not provide any advantage for the QuantiFast and Rotor-Gene PCR kits because the mastermixes do not contain dUTP. Use the QuantiTect kits if you intend to use the UNG treatment.

FAQ ID -9092
Why do I see multiple high-intensity peaks in my qPCR dissociation curve at temperatures less than 70ºC?

If the extra peaks seem irregular or noisy, do not occur in all samples, and occur at temperatures less than 70 ºC, then these peaks may not represent real PCR products and instead may represent artifacts caused by instrument settings.

 

Usually extra peaks caused by secondary products are smooth and regular, occur reproducibly in most samples, and occur at temperatures greater than 70 ºC. Characterization of the product by agarose gel electrophoresis is the best way to distinguish between these cases. If only one band appears by agarose gel then the extra peaks in the dissociation curve are instrument artifacts and not real products. If this is the case, refer to the thermal cycler user manual, and confirm that all instrument settings (smooth factor, etc.) are set to their optimal values.

 

FAQ ID -90990
How do I quantify gene expression levels if the amplification efficiencies are different between the genes of interest and endogenous reference gene?

The REST 2009 (Relative Expression Software Tool) software applies mathematic models that compensate for the different PCR efficiencies of the gene of interest and reference genes. In addition, the software can use multiple reference gene normalization to improve the reliability of result, as well as provides statistical information suitable for robust comparison of expression in groups of treated and untreated. QIAGEN offers the REST 2009 software free of charge.

FAQ ID -9095
What is the threshold cycle or Ct value?
The Ct or threshold cycle value is the cycle number at which the fluorescence generated within a reaction crosses the fluorescence threshold, a fluorescent signal significantly above the background fluorescence. At the threshold cycle, a detectable amount of amplicon product has been generated during the early exponential phase of the reaction. The threshold cycle is inversely proportional to the original relative expression level of the gene of interest.
FAQ ID -2682
What do I do if no fluorescent signal is detected in a real-time PCR assay?

Check the template quality and integrity by amplifying an endogenous control gene. Check the amplicon by QIAxcel Advanced system or agarose gel electrophoresis to show that amplification was successful.

 

Determine whether the gene of interest is expressed in your sample. See How can I find out if my gene of interest is express in a specific tissue type or cell line.  Ensure the assay setup and cycling conditions are correct, and that the data collection channel matches the emission wavelength of the fluorescent dye used. Use a control sample in which the gene of interest is definitely expressed.

 

If the issue persists, please send the original run file to QIAGEN Technical Services.

FAQ ID -9091
How do I select appropriate reporter and quencher combinations for multiplex PCR?

For duplex analysis, using non-fluorescent quenchers (e.g., Black Hole Quencher®) is preferred over fluorescent quenchers (e.g., TAMRA fluorescent dye). For triplex and 4-plex analysis, QIAGEN strongly recommends using non-fluorescent quenchers. Generally, use the green channel, the yellow channel, and the orange and crimson channels to detect the least abundant target, the second least abundant target, and the two most abundant targets, respectively. For instrument-specific recommendations, please see the handbooks for the QuantiTect Multiplex PCR kit, QuantiFast Multiplex kit or Rotor-Gene Multiplex kit.

 

FAQ ID -9094
Can I skip the gDNA wipeout buffer treatment step for the QuantiTect Reverse Transcription Kit?

The gDNA wipeout buffer incubation step can be skipped when the total RNA is free from genomic DNA. However, the gDNA wipeout buffer is still required to be added because the reverse transcription step is optimized in the presence of components in the gDNA wipeout buffer.

FAQ ID -9098
How should I handle and store absolute quantitation standards for real-time experiments?
Store the standards at a high concentration in aliquots at -20oC to -70oC. If using low concentrations, stabilize standards with carrier nucleic acid. It is always best to use freshly diluted standards for each experiment. If possible, use siliconized tubes for standard (and target) dilutions. This will prevent any unspecific binding of nucleic acids to the plastic.
FAQ ID -9099
How do I ensure reliable results for High Resolution Melting (HRM) assays?

Reliable HRM analysis results depend on template quality, highly specific HRM PCR kit with a saturation dye, a real-time instrument with HRM capability, and powerful software package. Factors critical for successful HRM analysis are:

 

  • Use the same genomic DNA purification procedure for all samples being analyzed by HRM. This avoids variation due to differing composition of elution buffers.
  • DNA template concentrations should be normalized using the same dilution buffer. Ensure the CT values are below 30 and differ no more than 3 CT values across individual samples.
  • Design assays with amplicon length 70–350 bp. For SNP analysis, use amplicon length 70–150 bp.
  • Always start with 0.7 µM primer concentration

 

For more details, please refer to the HRM Technology – FAQs and the Critical Success Factor for HRM performance.

FAQ ID -9097
Why should DNA or cDNA targets be less than 250 bp long for real-time PCR?

Shorter amplification products facilitate high PCR efficiencies. Ideally, amplicon length should be less than 150 bp for optimal amplification efficiency. PCR efficiencies close to 100% are a crucial prerequisite for accurate quantification of target copy numbers in real-time PCR.

FAQ ID-751
What is the difference between QuantiTect Virus Kit and the new QuantiFast Pathogen +IC Kits?
The QuantiTect Virus Kit and the new QuantiFast Pathogen +IC Kits are based on similar reaction chemistry and show identical sensitivity but as a new feature, the QuantiFast Pathogen kits include an Internal Control template and the corresponding primer/probe set for duplex amplification of a user-defined pathogen target with the provided Internal Control. Additional new features are pack size, kit variants, ROX variants, and speed.
FAQ ID -2448
Can the Internal Controls be ordered separately in the QuantiFast Pathogen + IC kit for use during purification?

Yes, the Internal Control RNA (High conc.) and Internal Control DNA (High conc.) templates are available under a separate catalog number. After reconstitution according to the description in the handbook, these IC templates have a 10x higher concentration than the Internal Control templates provided in the kits.   They are sufficiently concentrated to be spiked into the sample prep without replacing too much of the sample input volume.

 

**Please note that there is no assay (primer/probe set) for amplification of the IC included in these separate catalog numbers. The assay is only included in the QuantiFast Pathogen PCR +IC Kit and QuantiFast Pathogen RT-PCR +IC Kit.  The ICs cannot be used with the QuantiTect Virus kits because the assay (primer/probe set) for the detection of the IC is provided with the QuantiFast Pathogen Kits only.

 

FAQ ID -2451
How do I avoid collecting a fluorescence reading from primer-dimer with the QuantiTect SYBR Green PCR Kit?

Depending on primer design and copy number of target, primer-dimer may occur and its signal might be detected. Typical strategies against this are to optimize PCR conditions and/or redesign the assay.

 

Alternatively, an additional data-acquisition step can be added to the 3-step cycling protocol. First, determine the melting temperatures (Tm) for both the amplicon and the primer-dimer. Then, add a 15 second data-acquisition step with a temperature that is higher than the primer-dimer Tm, but approximately 3ºC lower than the specific amplicon Tm.

FAQ ID -9096