NGS-Workflows

Mit den durch die Next Generation Sequencing (NGS) erzielten Fortschritten ist RNA-Seq für eine Vielzahl von Studien zu den vielen unterschiedlichen Formen der RNA von entscheidender Bedeutung geworden. Aktuelle Technologien gehen weit über die Betrachtung der reinen mRNA-Expression hinaus und umfassen die Sequenzierung von miRNA sowie ganzer Transkriptome. In jüngster Zeit wurden mehrere Techniken zur Bewältigung der wichtigsten Herausforderungen und Verbesserung der Ergebnisse entwickelt, z. B. durch Abreicherung der rRNA und gezielte Auswahl bestimmter Transkriptsätze mittels digitaler RNA-Sequenzierung.

Verbesserung der RNA-Sequenzierung durch effektive rRNA-Entfernung

Bei der Vorbereitung von RNA-Seq-Bibliotheken kann sehr häufig vorkommende RNA von geringem wissenschaftlichem Wert, wie rRNA und/oder Globin-mRNA, wertvolle Sequenzierungskapazität beanspruchen und damit die Fähigkeit gefährden, On-Target-Genexpressions-Reads zu erzielen. Die wirksame Entfernung von unerwünschter RNA ist ein entscheidender Schritt vor der RNA-Sequenzierung.
Die neuartige QIAseq FastSelect rRNA-Entfernungstechnologie entfernt unerwünschte RNA in einem einzigen Pipettierschritt aus RNA-Proben von Säugetieren, Bakterien, Pflanzen und sogar Hefen. Ganz gleich, ob Sie zytoplasmatische und mitochondriale rRNA für die whole transcriptome Analyse entfernen oder Globin-mRNA für die Genexpressionsforschung an Blutproben beseitigen wollen, die neue Technologie kann die verwertbaren Reads maximieren.

Die Vorteile der 3'’-Sequenzierung

Bei den Zellsignalwegen hat sich die 3'’-RNA-Sequenzierung als hilfreich erwiesen, um dem wachsenden Bedarf an Lösungen mit hohem Durchsatz gerecht zu werden, die auch eine höhere Genauigkeit, Spezifität und Sensitivität gewährleisten. In diesen Anwenderberichten wird erläutert, wie nach 3'-Transkriptom-NGS mit hohem Durchsatz aus kleinsten RNA-Mengen Genexpressionsanalysen durchgeführt werden konnten.